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ニホンスッポン種群の計374標本についてmtDNAのND4領域（約900bp）の配列変異を解析した．狭義のニホンスッポン（P. japonicus: PJ），チュウゴクスッポン（P. sinensis: PS），ナイリクスッポン（P. paviformes: PP）に対応する３クレード42ハプロタイプが認められた．
このうちPPはわずか３個体のみであった。PJは日本に，PSは台湾と大陸南部・東部に在来分布しする一方で，それぞれ大陸北部と国内でも、外来と思われる個体多数が捕獲された．マイクロサテライト（MS）10座の交雑解析からは．特に日本本土内でのPSからPJへの遺伝浸透の進行が懸念された．
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