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南西諸島でみられる多くのサイトタイプの核型の比較解析から、ハマボッスの染色体多型は単純な端部動原体型染色体（t-染色体）の融合、中部動原体型染色体（m-染色体）の切断だけでは説明できないサイトタイプが存在することが判っていた。その問題を解明するために、南西諸島で見られる18サイトタイプ中、偶数の染色体数を持つ９サイトタイプ：20(4m)の３サイトタイプ、18(6m)、18(4m)、16(8m)の２サイトタイプ、16(6m)の２サイトタイプ、に対して、テロメア、5Sおよび45S rDNAをプローブとしてFISH (Fluorescence in situ hybridization)法にて解析を行った。
その結果、(1)20(4m)の２サイトタイプ、18(4m)、16(8m)は、18(6m)からt-染色体の動原体融合・m-染色体の切断に加えて、相互転座・含動原体型逆位などに起因していることが明らかになった。(2)16(6m)は、18(4m)からt-染色体の動原体融合により生じることが明らかになった。(3)与那国島でみられた16(6m)は、16(8m)から含動原体型逆位により生じることが明らかになった。
一方、研究分担者は、random amplified polymorphic DNA (RAPID)プライマーから得られた反復DNAおよび縦列型反復配列（short tandem repeat：STR）や単純反復配列（simple sequence repeat：SSR）などのマイクロサテライトDNAを用いて、核型変異に関与するDNA配列を特定する研究を行った。この結果と上述のFISH解析結果については、現在、投稿準備中であり、平成27年度中に公表する予定である。
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