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2014 年度 研究成果報告書

タンパク質にかかる多様化圧の時空間集積性および適応コストと補償的変異のベイズ評価

研究課題

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研究課題/領域番号 24570249
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 進化生物学
研究機関高知大学

研究代表者

渡部 輝明  高知大学, 教育研究部医療学系, 講師 (90325415)

研究分担者 岸野 洋久  東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (00141987)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
キーワード分子進化 / タンパク質多様化圧
研究成果の概要

タンパク質の環境適応はアミノ酸配列置換によってもたらされるが、それは遺伝子上で起こった突然変異が淘汰された結果である。そのため突然変異の淘汰は環境に特有の選択圧のもとで行われると考えられる。つまりタンパク質適応進化について理解するには、選択圧の空間的な分布を検出することが重要となる。我々は階層ベイズモデルを通して、タンパク質表面における選択圧の空間分布を検出する方法を開発した。事前分布にポッツ模型を採用し、選択圧の空間集積性の強さと広さを決める超パラメータは周辺尤度を最大化することで決定可能である。この方法をインフルエンザウイルスのヘマグルチニンタンパク質に適用し、選択圧の空間分布を検出した。

自由記述の分野

分子進化生物学

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公開日: 2016-06-03  

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