| 研究実績の概要 |
1. Hwa1-1, Hwa2-1領域のクローニング Fosmidライブラリーを作成し，両遺伝子をクローニングする予定であったが，塩基配列が基準品種とかなり異なっていると思われ，遺伝子を含むクローンの選抜が困難であったため，PacBioRS IIによる全ゲノム解析に切り替えた．費用の関係でHwa2-1遺伝子のみを4セルで分析することになった．現在，コンティグを作成中である．1セルのデータはおよそイネゲノムに相当するため，平均して4×の深度で読まれている計算になる．PacBioは1リードごとの塩基配列読み取り精度は低く，リード数を多くして精度を高めるので，4リードでは不十分と思われる．コンティグを作成した後，以前に取得したIllumina Hiseqの100bp ペアエンド 約 10 ×のデータを貼り付け，候補領域の配列を推定した後で，サンガー法によって改めて配列決定する．
2 HWC2遺伝子の分布の再検討 生物研世界イネコアコレクション(WRC系統)，生物研日本在来イネコアコレクション(JRC系統)におけるHWC2遺伝子の分布を再検討した．Hwc2-1の分布，遺伝子周辺のハプロタイプは分析済だが，品種分化との関係を統計的に分析してこなかった．WRC系統，JRC系統全ての材料を統一的に解析したDNA多型データを作成し，温帯日本型，熱帯日本型，インディカ，アウス，中間型に分類した．雑種弱勢を引き起こすHwc2-1遺伝子は温帯日本型に偏り，引き起こさないhwc2-2遺伝子はそれ以外の品種群に偏った．ハプロタイプ分析の結果，Hwc2-1をもつ系統は1ハプロタイプをもち，hwc2-2をもつ系統は13のハプロタイプに分けられた．そのうちの３つは13系統以上が所属する大きなグループであり，残りは6以下であった．大きなグループの構成はいずれも複数の型から成り，ゲノム全体の品種分類とは異なることが示された．
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