| 研究課題/領域番号 |
24580402
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| 研究機関 | 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 |
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研究代表者 |
三森 眞琴 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構, 畜産草地研究所家畜生理栄養研究領域, 研究員 (40418588)
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| 研究分担者 |
真貝 拓三 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構, 畜産草地研究所家畜生理栄養研究領域, 研究員 (70510254)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2016-03-31
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| キーワード | ルーメン / ルーメン細菌 / セルロース分解菌 |
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| 研究実績の概要 |
本年度は、改良したルーメン細菌用培地を用いて昨年度までにルーメン内容物から分離された菌株からセルロース分解活性を示す２３菌株を選択し、それらのゲノムDNAを抽出した。得られたゲノムDNAをシークエンサーMiseqでシークエンスし、ゲノム配列を解読し、さらにアセンブルソフトウェアVelvetを用いてゲノム配列をアセンブルデータに変換した。得られたアセンブルデータを国立遺伝学研究所が運営するMiGAP（微生物ゲノム解析用アノテーション実行パイプライン）で解析し、アノテーションデータを取得した。これらの解析により以下の結果を得た。１）得られたアセンブルデータに含まれるContig数は38～5054であったことから、全ゲノム配列を得た菌株はなかった。２）セルロソーム遺伝子が９菌株から見つかり、これらの菌株はセルロース複合体であるセルロソームにより繊維分解を行っていると推定された。３）セルラーゼ遺伝子およびエンドヘミセルラーゼ遺伝子はすべての菌株が有していたが、これらの遺伝子の数と繊維分解性は必ずしも一致しなかった。これは各菌株の繊維分解性がことなるためと推定された。４）多くの菌株からクオラムセンシング（細胞密度依存的遺伝子発現制御系）に関連する遺伝子が見つかったことから、これらの繊維分解菌の代謝はクオラムセンシングにより制御されていることが示唆された。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
予定していた選定した菌株についてのゲノムのドラフト解析、配列のアセンブル、アノテーションが実施された。これらのことから、予定通りに計画は進行している。
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| 今後の研究の推進方策 |
本年度に実施したゲノムのドラフト解析はContig数が多いので、Contig数を減らすため、追加のゲノム解析を実施する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
効率的な予算執行に努めた結果、小額であるが残額が生じた。
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| 次年度使用額の使用計画 |
次年度使用額は、次年度研究費とあわせて、ゲノム解析費の一部として研究計画遂行のために使用する。
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