| 研究課題/領域番号 |
24590704
|
|---|
| 研究機関 | 慶應義塾大学 |
|---|
研究代表者 |
満山 進 慶應義塾大学, 医学部, 特任助教 (30296727)
|
|---|
| キーワード | 遺伝子 / 蛋白質 / 疾患 / データベース / 予測システム |
|---|
| 研究概要 |
平成25年度は、1:癌関連疾患と原因遺伝子の関連付け、2:癌関連遺伝子のタンパク質ドメイン構造と遺伝子変異、癌疾患との対応付け、3:既知タンパク質・遺伝子相互作用、ドメイン構造、疾患の関連付けによる疾患予測モデル化、4:疾患未同定遺伝子のタンパク質相互作用とドメイン構造の相似性からの疾患予測、5:癌疾患予測検索システムと疾患パスウェイの作成（CancerProViewとの統合化）を行うために、HUGO Gene Nomenclature Committeeのデータベースで遺伝子記号の確認を行いながら平成24年度に作成をした1759疾患の原因遺伝子／タンパク質のリストから収集済み1033遺伝子分と遺伝子記号統合により消滅した1遺伝子を除いた725遺伝子分のタンパク質のうち87遺伝子についてSMARTによりタンパク質ドメイン検索とドメイン情報の取得を行った。それに加えてNCBIのRefseqに記述されている17456遺伝子、遺伝子の転写の多様性を含む32354タンパク質ドメインのデータをデータベース上に取り込んだ。その後、タンパク質ドメインの詳細表示の改良を行い、SMARTドメインとNCBIのRefseqに記述されているタンパク質ドメインの両方を表示できるプログラムの開発を行った。さらにCancerProView中の疾患未同定遺伝子／タンパク質についてSMARTとNCBI Refseqの両方のタンパク質ドメインを使いタンパク質ドメインの比較を行うことにより疾患の推測を行うプログラムの開発を行いトップメニューの検索部分に追加を行った。現在、遺伝子記号から関与していると考えられる疾患の一覧を表示できるようにプログラムの動作、検証中を行い調整中である。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
平成25年度は、1:癌関連疾患と原因遺伝子の関連付け、2:癌関連遺伝子のタンパク質ドメイン構造と遺伝子変異、癌疾患との対応付け、3:既知タンパク質・遺伝子相互作用、ドメイン構造、疾患の関連付けによる疾患予測モデル化、4:疾患未同定遺伝子のタンパク質相互作用とドメイン構造の相似性からの疾患予測、5:癌疾患予測検索システムと疾患パスウェイの作成（CancerProViewとの統合化）を行うために、平成24年度に作成をした1759疾患の原因遺伝子／タンパク質のリストから収集済み1033遺伝子分と遺伝子記号統合により消滅した1遺伝子を除いた725遺伝子分のタンパク質ドメインの収集をSMARTから行う予定であったが、そのうち87遺伝子についてタンパク質ドメイン検索と取得を行った。それに加えて効率良くタンパク質ドメインの情報を得るためにNCBIのRefseqに記述されている17456遺伝子、32354タンパク質ドメインのデータをデータベース上に取り込んだ。その後、タンパク質ドメインの詳細表示の改良を行い、SMARTドメインとNCBIのRefseqに記述されているタンパク質ドメインの両方を表示できるプログラムの開発を行った。平成25年度に予定していたCancerProView中の疾患未同定遺伝子／タンパク質についてSMARTとNCBI Refseqの両方のタンパク質ドメインを使いタンパク質ドメインの比較を行うことにより疾患の推測を行うプログラムの開発を行いトップメニューの検索部分に追加を行った。疾患未同定遺伝子について、タンパク質相互作用図に記述してある遺伝子記号に疾患予測のボタンを付け疾患候補を表示できるようにする部分と、疾患パスウェイの表示部分の作成は開発に要する時間の都合で平成26年度に開発を行うことになった。計画全体ではおおむね予定通りである。
|
| 今後の研究の推進方策 |
平成26年度は、平成25年度から継続をして1:癌関連疾患と原因遺伝子の関連付け、2:癌関連遺伝子のタンパク質ドメイン構造と遺伝子変異、癌疾患との対応付け、3:既知タンパク質・遺伝子相互作用、ドメイン構造、疾患の関連付けによる疾患予測モデル化、4:疾患未同定遺伝子のタンパク質相互作用とドメイン構造の相似性からの疾患予測を行う。平成24年度に作成をした1759疾患原因遺伝子／タンパク質のリストから収集済み1120遺伝子と遺伝記号統合により減った1遺伝子分を除いた638遺伝子分のタンパク質についてSMARTによりタンパク質ドメイン検索と取得を行う。平成25年度に収集したNCBIのRefseq記述の17456のタンパク質ドメインを用い、収集したSMARTタンパク質ドメインともに疾患との関連付けを行い、CancerProView中の204疾患未同定遺伝子／タンパク質についてタンパク質ドメインを比較することにより疾患の推測を行う。その後、平成25年から開発をしているCancerProView中の疾患未同定遺伝子／タンパク質についてタンパク質ドメイン比較を行うプログラムにより疾患の推測を継続して行う。推測された疾患は、癌疾患予測検索システムと疾患パスウェイの作成を行うためにCancerProViewに取り込みを行う。取り込んだデータは検索部分のメニューにボタンを追加し、タンパク質ドメイン名から関与している疾患の一覧を表示できるようにする。疾患未同定遺伝子については、タンパク質相互作用図に記述してある遺伝子記号に疾患予測のボタンを付け疾患候補を表示できるようにする。その後、疾患パスウェイの表示部分の作成を行う。その後、インターネットで公開を行い、学術雑誌に論文を投稿する予定である。
|
