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PEG-IFN+RBV+NS3-4 protease阻害剤（TVR/SMV）の治療効果はPEG-IFN+RBVと同様、HCV NS5A -ISDR、-IRRDR、coreアミノ酸変異（R70Q)と関連し、R70Qは、宿主のIFNの感受性を規定するIL28B SNPとも関連した。またDAAに対する薬剤耐性変異はDAA未治療例にも存在しIFN感受性株に多いこと、宿主内ではHCVは多数の変異体の集合体（quasispecies) であり、薬剤耐性変異は野生株から出現し、治療前とは異なる変異体の集合体を形成し、耐性部位が逆変異してもなおこの集合体が維持されることを次世代シーケンサーで明らかにした。
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