造血器腫瘍におけるゲノム構造異常とキメラ転写産物の多様性の解明と臨床応用

2014 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 24591407
• 研究機関: 京都府立医科大学
• 研究代表者: 滝 智彦 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (50322053)
• 研究分担者: 川村 眞智子 公益財団法人東京都医学総合研究所, その他部局等, 研究員 (80450592)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• キーワード: PVT1 / NSMCE2 / キメラ遺伝子 / RNAシーケンス

研究実績の概要

１．Homogeneously staining regions (HSRs)やdouble minute chromosomes (DMs)などの高度ゲノム増幅領域の中で形成されている2種類の新規のキメラ転写産物を同定した。急性骨髄性白血病でしばしばみられる8q24の高度増幅では、増幅はある領域の単純な増幅ではなく、複数の領域の複雑な組み合わせによって形成されている。1臨床検体および細胞株における8q24増幅を詳細に検討し、まずその増幅単位の境界に存在する遺伝子を抽出した。それらの向きと構造を検討し、キメラ遺伝子を形成する可能性が考えられる遺伝子についてプライマーを設定し、さまざまな組み合わせでのRT-PCRによって、臨床検体からPVT1-NSMCE2、細胞株からBF104016-NSMCE2という2種類の新規のキメラ遺伝子を同定した。PVT1とBF104016はいずれも非コード遺伝子であるが、両者に共通したNSMCE2は染色体再構成を抑制する働きが知られている。非コード遺伝子との融合によりNSMCE2の機能が抑制されることがゲノム不安定性につながり、chromothripsis（染色体破砕）によって説明されるようなこのような高度の複雑な増幅に関与している可能性が示唆された。
２．未知のキメラ転写産物の同定のためのRNAシーケンスでは、種々の染色体異常を有する造血器腫瘍6検体の解析を行った。リボゾームRNA除去により、100bpのペアエンドでのシーケンスで平均1.3億塩基（1.1～1.45億塩基）の配列を読み、データについては現在解析途中であるが、defuseとfusionhunterという2種類の解析ソフトによる検討では、今のところ染色体転座に相当すると思われるキメラ転写産物は同定されていない。今後引き続き解析を進めていく。

研究成果

• [雑誌論文] Identification of SPAG9 as a novel JAK2 fusion partner gene in pediatric acute lymphoblastic leukemia with t(9;17)(p24;q21). (2015)
  • 著者名/発表者名: Kawamura M, Taki T, Kaku H, Ohki K, Hayashi Y
  • 雑誌名: Genes Chromosomes Cancer 巻: 印刷中 ページ: 印刷中
  • DOI: DOI 10.1002/gcc.22251
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 8q24 amplified segments involve novel fusion genes between NSMCE2 and long noncoding RNAs in acute myelogenous leukemia. (2014)
  • 著者名/発表者名: Chinen Y, Sakamoto N, Nagoshi H, Taki T, Maegawa S, Tatekawa S, Tsukamoto T, Mizutani S, Shimura Y, Yamamoto-Sugitani M, Kobayashi T, Matsumoto Y, Horiike S, Kuroda J, Taniwaki M.
  • 雑誌名: J Hematol Oncol 巻: 7 ページ: 68
  • DOI: 10.1186/s13045-014-0068-2
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] EVI1 overexpression is a poor prognostic factor in pediatric patients with mixed lineage leukemia-AF9 rearranged acute myeloid leukemia. (2014)
  • 著者名/発表者名: Matsuo H, Kajihara M, Tomizawa D, Watanabe T, Saito AM, Fujimoto J, Horibe K, Kodama K, Tokumasu M, Itoh H, Nakayama H, Kinoshita A, Taga T, Tawa A, Taki T, Shiba N, Ohki K, Hayashi Y, Yamashita Y, Shimada A, Tanaka S, Adachi S.
  • 雑誌名: Haematologica 巻: 99 ページ: e225-227
  • DOI: 10.3324/haematol.2014.107128
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prognostic implications of CEBPA mutations in pediatric acute myeloid leukemia: a report from the Japanese Pediatric Leukemia/Lymphoma Study Group. (2014)
  • 著者名/発表者名: Matsuo H, Kajihara M, Tomizawa D, Watanabe T, Saito AM, Fujimoto J, Horibe K, Kodama K, Tokumasu M, Itoh H, Nakayama H, Kinoshita A, Taga T, Tawa A, Taki T, Tanaka S, Adachi S.
  • 雑誌名: Blood Cancer J 巻: 4 ページ: e226
  • DOI: 10.1038/bcj.2014.47
  • 査読あり
• [雑誌論文] Loss of NDRG2 expression activates PI3K-AKT signalling via PTEN phosphorylation in ATLL and other cancers. (2014)
  • 著者名/発表者名: Nakahata S, Ichikawa T, Maneesaay P, Saito Y, Nagai K, Tamura T, Manachai N, Yamakawa N, Hamasaki M, Kitabayashi I, Arai Y, Kanai Y, Taki T, Abe T, Kiyonari H, Shimoda K, Ohshima K, Horii A, Shima H, Taniwaki M, Yamaguchi R, Morishita K.
  • 雑誌名: Nat Commun 巻: 5 ページ: 3393
  • DOI: 10.1038/ncomms4393.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prognostic impact of gained chromosomes in high-hyperdiploid childhood acute lymphoblastic leukemia: a collaborative retrospective study of the Tokyo Children’s Cancer Study Group (TCCSG) and Japan Association of Childhood Leukemia Study (JACLS). (2014)
  • 著者名/発表者名: Kato M, Imamura T, Manabe A, Hashii Y, Koh K, Sato A, Takahashi H, Hori H, Taki T, Inoue M, Hayashi Y, Horibe K, Tsuchida M, Kojima S, Oda M, Ohara A.
  • 雑誌名: Br J Haematol 巻: 166 ページ: 295-298
  • DOI: 10.1111/bjh.12836
  • 査読あり
• [学会発表] 卵巣胚細胞腫から発症した急性骨髄性白血病のゲノム解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 犬飼岳史, 滝 智彦, 根本 篤, 赤羽 弘資, 合井久美子, 黒田 格, 廣瀬衣子, 阿部正子, 加賀美恵子, 杉田完爾
  • 学会等名: 第56回日本小児血液・がん学会学術集会
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 2014-11-28 – 2014-11-30
• [学会発表] PVT1-NSMCE2 fusion gene enhances BCL-XL expression and drug resistance in leukemic cells. (2014)
  • 著者名/発表者名: Yoshiaki Chinen, Natsumi Sakamoto, Hisao Nagoshi, Tomohiko Taki, Satoru Kobayashi, Kazuhiro Nishida, Saori Maegawa, Miki Kiyota, Shinsuke Mizutani, Yuji Shimura, Mio Sugitani, Tsutomu Kobayashi, Yosuke Matsumoto, Shigeo Horiike, Junya Kuroda, Masafumi Taniwaki
  • 学会等名: 第76回日本血液学会学術集会
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2014-10-31 – 2014-11-02
• [学会発表] The prognostic impact of high EVI1-related genes expression in pediatric acute myeloid leukemia. (2014)
  • 著者名/発表者名: Norio Shiba, Yusuke Hara, Kentaro Ohki, Genki Yamato, Myoung-Ja Park, Tohru Kobayashi, Hitoshi Ichikawa, Daisuke Tomizawa, Tomohiko Taki, Akira Shimada, Manabu Sotomatsu, Hirokazu Arakawa, Keizo Horibe, Souichi Adachi, Akio Tawa, Yasuhide Hayashi
  • 学会等名: 第76回日本血液学会学術集会
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2014-10-31 – 2014-11-02