| 研究課題/領域番号 |
24592285
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| 研究機関 | 東京女子医科大学 |
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研究代表者 |
猪狩 勝則 東京女子医科大学, 医学部, 准教授 (80343557)
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| キーワード | 薬剤反応性遺伝子 / メトトレキサート / 関節リウマチ |
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| 研究概要 |
平成24年度に実施したゲノムワイド関連解析（GWAS）では一次スクリーニングの結果、優位な候補が得られず、P< 1 X 10-4をクリアした26SNPについて二次スクリーニングを行ったがやはり優位な結果は得られなかった。そこで幸い他のプロジェクトとして追加のGWASタイピングを行うことになったので、改めて一次スクリーニングからやり直すことになった。GWASのプラットフォームにはこれまで使用していたGenome-Wide Human SNP Array 6.0(アフィメトリクス社)ではなく、HumanOmniExpress(イルミナ社)を使用した。これまでに収集したほぼ全てのDNAサンプルとなる約2400例でタイピングを行った。平成25年度中にタイピングは終了しており、データチェック作業を開始した。またプロジェクトの進行が遅れたことのメリットとして、メトトレキサート(MTX)の治療反応性データを有する患者が増加したことがあげられる。昨年度までにIORRAコホートのうちデータクリーンアップが終了したフェーズ26までのデータが利用可能となった。情報管理担当者による匿名化の上で大容量記録装置を備えた解析用ワークステーションに格納し、データ整理を行った。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
平成24年度に実施したゲノムワイド関連解析（GWAS）では一次スクリーニングの結果、優位な候補が得られず、P< 1 X 10-4をクリアした26SNPについて二次スクリーニングを行ったがやはり優位な結果は得られなかったため、次の段階へ進むことが困難だったため。ただし新たなタイピングが可能となったため、今年度は充分に進捗する見込みがある。
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| 今後の研究の推進方策 |
改めて2400例のGWASタイピング済み患者のうち、MTX治療反応性を調査可能な患者を抽出し、一次スクリーニングを行う。一次スクリーニングを通過したSNPについては周辺のゲノム構造解析を行い、有意な関連を認めるハプロタイプブロッ クを決定する。決定されたハプロタイプブロック内のエクソン領域およびプロモーター領域についてはリシーケンスを行い、より関連 の強いSNPや機能的SNPの検索を行う。検索された機能的SNPについては機能解析による評価を行う。用いる手法は得られたSNPの予想さ れる機能によるが、発現解析、ルシフェラーゼアッセイによるプロモーター活性評価、 ゲルシフトアッセイによる転写因子のDNA結合 能の検出などについて準備している。
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| 次年度の研究費の使用計画 |
二次スクリーニングで有意なSNPが得られず、次の段階であるMTXの効果予測アルゴリズムの作成に進めなかったため。
物品費としては主にバリデーションに必要なTaqMan試薬と関連試薬の購入、機能解析に必要な試薬の購入にあてる。その他、各種学会での報告や会議に使用するための旅費での使用を計画している。
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