2015 年度研究成果報告書

完全線形符号に基づくＤＮＡの符号化によるゲノムマッピングの高速化

研究課題

研究課題/領域番号	24650155
研究種目	挑戦的萌芽研究
配分区分	基金
研究分野	生体生命情報学
研究機関	大阪大学
研究代表者	竹中要一大阪大学, 情報科学研究科, 准教授 (00324830)
研究期間 (年度)	2012-04-01 – 2016-03-31
キーワード	ゲノム / 完全線形符号 / 次世代シークエンサー
研究成果の概要	高速なＤＮＡシーケンサー技術の発展により，生物のゲノム，遺伝子のDNA断片の読み取りを大量，かつ安価に取得する事が可能となった．読み取り速度の向上に伴うデータ産生速度は，計算機の計算速度向上度を大幅に上回っており，新たな解析アルゴリズムを必要としている．本研究は4元完全線形符号が有効である事を明らかにする事を目的とした．４元完全線形符号によって類似塩基配列を探索する際の解空間が大幅に削減される事を明らかにし，ゲノムマッピング，メタゲノム解析に有効である事を示した．
自由記述の分野	生物情報学