疾患モデルの責任遺伝子の迅速同定を可能にするラットゲノム解析ツールの体系的構築

2012 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 24650238
• 研究機関: 徳島大学
• 研究代表者: 井本 逸勢(橘逸勢) 徳島大学, ヘルスバイオサイエンス研究部, 教授 (30258610)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2013-03-31
• キーワード: ラット / 疾患モデル動物 / エクソーム / 次世代シーケンサー / 責任遺伝子変異 / ゲノム情報 / 連鎖解析

研究概要

有用な疾患モデル動物であるラットの形質責任遺伝子を効率よく同定し表現型形成の分子基盤を解明するため、高効率の体系的ラットゲノム解析システムを整備して実際のモデルラットでの検証までを行うことを目的として、以下の成果を得た。
１．改訂されたラットゲノム情報を解析し、Ver.1よりキャプチャーできるexonを増加させたカスタムラットエクソンキャプチャーVer.2を設計し、液相反応タイプとして作製した。さらに、アノーテーション情報も可能な限り改訂を行い、解析可能なexon数を10%増加（約1500の増加）させることができた。
２．6系統のラットゲノム解析を行いその多型情報を収集してデータベース上の情報と統合し、多系統の遺伝子多型の情報SNP情報も可能な限り整備した新規の次世代シーケンサー解析パイプラインを構築した。研究期間内に次世代シーケンサーのコストダウンとハイスループット化が進んだことにより、予定していたSNPアレイの作製は行わずシーケンス解析並びに低密度マイクロサテライト解析系に置き換えた。
３．Ver,2キャプチャーシステムによるエクソーム解析の検証と表現型責任遺伝子の同定を目的に、モデルラットの解析による実証実験を行った。予定していたIS/Kyo、IS-Tlk/Kyoに代えて、新規に樹立されたモデルラット（未発表データのため詳細省略）とその対照個体を対象にして候補遺伝子変異の同定と絞り込みを行うことに成功した。今後、候補遺伝子群の中から機能解析や多型解析を進めることで、責任遺伝子の同定を図る。
上記の成果により、詳細なラットゲノム解析が迅速に可能な解析ツールと情報分析パイプラインの整備が達成され、今後ラットをモデル動物として用いる医科学、生命科学研究への貢献が期待できる。

研究成果

• [雑誌論文] Esophageal squamous cell carcinoma developed 11 years after allogeneic bone marrow transplantation for acute lymphatic leukemia. (2013)
  • 著者名/発表者名: Miyawaki Y, et al.
  • 雑誌名: Jpn J Clin Oncol. 巻: 43 ページ: 69-73
  • DOI: 10.1093/jjco/hys184.
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA methylation signatures of peripheral leukocytes in schizophrenia. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita M, et al.
  • 雑誌名: Neuromolecular Med 巻: 15 ページ: 95-101
  • DOI: 10.1007/s12017-012-8198-6.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stabilization of phenotypic plasticity through mesenchymal-specific DNA hypermethylation in cancer cells. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kurasawa Y, Kozaki K, Pimkhaokham A, Muramatsu T, Ono H, Ishihara T, Uzawa N, Imoto I, Amagasa T, Inazawa J.
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 31(15) ページ: 1963-1974
  • DOI: DOI:10.1038/onc.2011.373.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integrative array-based approach identifies MZB1 as a frequently methylated putative tumor-suppressor in hepatocellular carcinoma. (2012)
  • 著者名/発表者名: Matsumura S, et al.
  • 雑誌名: Clin Cancer Res 巻: 18 ページ: 3541-3551
  • DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-11-1007.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic copy-number alterations of MYC and FHIT genes are associated with survival in esophageal squamous-cell carcinoma. (2012)
  • 著者名/発表者名: Miyawaki Y, et al.
  • 雑誌名: Cancer Sci 巻: 103 ページ: 1558-1566
  • DOI: 10.1111/j.1349-7006.2012.02329.x.
  • 査読あり
• [雑誌論文] The incidence of hypoplasia of the corpus callosum in patients with dup (X)(q28) involving MECP2 is associated with the location of distal breakpoints. (2012)
  • 著者名/発表者名: Honda S, et al.
  • 雑誌名: Am J Med Genet A 巻: 158 ページ: 1292-1303
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.35321.
  • 査読あり
• [雑誌論文] SIX1 promotes epithelial-mesenchymal transition in colorectal cancer through ZEB1 activation. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ono H,
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 31 ページ: 4923-4934
  • DOI: 10.1038/onc.2011.646.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Meta-analysis of association studies between DISC1 missense variants and schizophrenia in the Japanese population. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita M, et al.
  • 雑誌名: Schizophr Res 巻: 141 ページ: 271-273
  • DOI: 10.1016/j.schres.2012.07.020.
  • 査読あり
• [学会発表] A tumor-suppressive microRNA cluster targets multiple cell cycle regulators in hepatocellular carcinoma. (2012)
  • 著者名/発表者名: Furuta M, et al.
  • 学会等名: 第71回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: さっぽろ芸文館（北海道）
  • 年月日: 20120919-20120921
• [学会発表] Genomic copy-number alterations of MYC and FHIT genes are associated with survival in esophageal squamous-cell carcinoma. (2012)
  • 著者名/発表者名: Miyawaki Y, et al.
  • 学会等名: 第71回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 札幌教育文化会館（北海道）
  • 年月日: 20120919-20120921
• [学会発表] Copy number alterations in urothelial carcinomas: Their clinicopathological correlation with DNA methylation. (2012)
  • 著者名/発表者名: Nishiyama N, et al.
  • 学会等名: 第71回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: ロイトン札幌（北海道）
  • 年月日: 20120919-20120921
• [学会発表] Genetic variations in primary breast cancer and its metastatic tumor. (2012)
  • 著者名/発表者名: Hosoda F, et al.
  • 学会等名: 第71回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: ロイトン札幌（北海道）
  • 年月日: 20120919-20120921
• [備考] 徳島大学医学部人類遺伝学分野
  • URL: http://www.tokushima-u.ac.jp/med/culture/jinruiiden/