多数の１細胞から定量性のある網羅的遺伝子発現情報を取り出すための基盤技術の開発

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 24651218
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 笹川 洋平 独立行政法人理化学研究所, 情報基盤センター, 上級センター研究員 (10404344)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: バイオテクノロジー / 単一細胞 / トランスクリプトーム / 1細胞

研究概要

1細胞RNA-seq法は、様々な生理条件で観察される1細胞間に現れるRNA量の不均一性を検出する重要な方法である。1細胞RNA-seq法では、定量性を保ったまま多数の1細胞を解析するスループット性能が重要である。1細胞RNA-seq法は、1細胞からのcDNAの増幅と、その後の増幅cDNAから超並列型シーケンサー用のライブラリDNAへの変換の2つの過程からなる。本申請課題では、両方の過程のスループット性能を上昇させた他、極めて優れた効率を持つシーケンスライブラリDNA作製方法を開発した。

研究成果

• [学会発表] 1細胞RNA-seq をはじめるにあたって (2014)
  • 著者名/発表者名: 笹川洋平
  • 学会等名: "よくわかる次世代シーケンサー解析"〜最先端トランスクリプトーム解析〜
  • 発表場所: 九州大学馬出キャンパス
  • 年月日: 2014-03-17
• [学会発表] 細胞の不均一性を高精度に判別する1細胞Quartz-Seq法の紹介 (2013)
  • 著者名/発表者名: 笹川洋平
  • 学会等名: 日本学術振興会ゲノムテクノロジー第164委員会第41回研究会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2013-11-08
• [学会発表] 細胞集団の不均一性を判別する1細胞Quartz-Seq法の紹介 (2013)
  • 著者名/発表者名: 笹川洋平
  • 学会等名: 東京大学GCOEゲノム情報ビックバンから読み解く生命圏第44回GCOE談話会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2013-11-08
• [学会発表] 1細胞Quartz-Seq法誕生までの開発の道のりと今後の展開 (2013)
  • 著者名/発表者名: 笹川洋平
  • 学会等名: NGS現場の会第3回研究会
  • 発表場所: 神戸市
  • 年月日: 2013-09-04
• [学会発表] 0.1 pgのmRNAをシーケンスする高精度なRNA-seq法 : Quartz-Seq (2013)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛、笹川洋平
  • 学会等名: イルミナウェビナー
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2013-06-04
• [図書] 1細胞RNA-Seq法の最前線と今後の展開(実験医学Vol.31 No.15) (2013)
  • 著者名/発表者名: 笹川洋平、二階堂愛, 上田泰己
  • 総ページ数: 7
  • 出版者: 株式会社羊土社
• [備考]
  • URL: http://bit.accc.riken.jp/protocols/