| 研究課題/領域番号 |
24651225
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
児玉 大樹 東京大学, 数理(科)学研究科(研究院), 特任准教授 (40466826)
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| 研究分担者 |
井原 茂男 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (30345136)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| キーワード | タンパク質 / ファットグラフ / SO(3)-接続 / 国際研究者交流（オーストリア） / 国際研究者交流（デンマーク） |
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| 研究概要 |
研究実施計画(1)に挙げた50個から200個程度のアミノ酸からなるタンパク質の静的状態の座標から情報を取り出すシステムの構築は大田佳宏らの協力により非常にグラフィカルで直感的な表示を伴うシステムを構築することができた。このシステムでは元々の予定だったファットグラフからの情報ではなく、隣り合うアミノ酸同士の結合のより細かい情報として、SO(3)-接続の情報を利用している。このシステムについての論文は現在投稿中である。
タンパク質の高次構造の情報を拾う方法として、研究実施計画(2)においては、(2-a)一つの酸素原子が複数の水素原子と水素結合することを許容したモデル (2-b)αヘリックスやβシートをグラフの一つの頂点だと思い、それらの相対的な位置関係を考察する方法 の二つを提案したが、24年度は主に(2-b)のαヘリックスやβシートの相対的位置を考察する方向で話を進めている。(2-b)を選んだ理由としては、(1)でも用いたSO(3)の情報を利用することが思っていたよりも強力であることが大きい。βシートは枠の情報、つまりSO(3)-接続を定めるのに必要な情報を自ずから持つが、αヘリックスは向きの情報しか持たないのでSO(3)-接続を定めるための情報が不足しており、これをどのように扱うかが今後の課題である。
情報公開について研究実施計画(a)で挙げたR.C.Pennerや坪井俊らとの情報交換は順調に進んでいる。一方で情報の公表に関しては上記(1)の論文がまだアクセプトされていないので、公表できないでいる状態である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
情報の公開をのぞいて、概ね予定通りまたは予定より良い結果を得ている。情報の公開の遅れに関しても、論文自体は書けていて投稿中なので大きな問題ではないと考えている。
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| 今後の研究の推進方策 |
当初の計画通り、25年度にはタンパク質の高次構造や修飾を反映する解析システムの構築を、26年度にはChIP-seqのデータを扱えるようになることを目標とする。
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| 次年度の研究費の使用計画 |
R.C.Pennerが2013年2月～3月ごろに計画していたタンパク質の構造についてのワークショップが中止になったために旅費相当分の研究費を次年度に繰り越した。次年度は研究内容の発表や新たな情報交換のため、国内外の出張にこのお金を当てたいと考えている。
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