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本研究では，遺伝子機能を推定するために，配列情報ではなくネットワークの相同性を基準に，機能推定を行った．ネットワークの比較方法として，大域的ネットワーク比較技術ANGIEを開発した．これは，２つのネットワークが与えられた時，なるべく両者から得られるネットワークの概要構造が一致するように，それぞれのネットワークを簡略化する技術である．また，必ずしもネットワーク構造のみだと精度が高くないので，２つの頂点間に類似度を利用することも可能とした．この技術を使い，異なる種のたんぱく質相互作用ネットワークや発現量の類似性をグラフ，配列相同性を頂点間の類似度としたデータを与え，種間の比較をすることに成功した．
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