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2012 年度 実施状況報告書

反応パスウェイネットワーク数理解析ツールの開発

研究課題

研究課題/領域番号 24654023
研究種目

挑戦的萌芽研究

研究機関大阪大学

研究代表者

鈴木 貴  大阪大学, 基礎工学研究科, 教授 (40114516)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
キーワード細胞分子パスウェイ / MT1-MMP / 分泌型基底膜分解酵素 / 浸潤突起 / 酵素反応 / 質量作用 / 質量保存 / 反応速度論
研究概要

本課題は生物学研究と連携し, 細胞分子パスウェイネットワークの数学研究を実施している. 本年度は, がん細胞における分泌型基底膜分解酵素活性化パスウェイを取り上げた. がん細胞は無限増殖能, 運動能, 転移能を獲得して悪性度を増大する. 浸潤は転移の初期段階に現出する現象で, がん細胞がその表面に浸潤突起を形成し, 細胞外マトリックス(ECM)を分解して侵入することを指している. MT1-MMPは浸潤突起内に多数発現する膜タンパクであり, そのひとつの役割が浸潤初期段階で細胞外にある分泌型基底膜分解酵素MMP2を活性化することである. このメカニズムはTIMP2というもう一つの分子が介在した酵素反応で, MT1-MMP, MMP2, TIMP2の3分子の結合・解離パスネットワークとして生物学的シナリオが提出され, 実験データが蓄積されてきた. 最近, このシナリオに基づいて, 実験で観察, 測定した結合則と反応速度を使用した数理モデルが公理的に構築された. このモデルは数値シミュレーションによってキーパスの予測がなされ, その予測が実験によって検証されたことで, 医学的にも重要なものとして認められている. そこで本課題ではその数学解析を行うことにした. その結果, 質量作用の法則に基づく3つの質量保存則, 19のパスウェイを反応則によるグルーピングに基づく3つの反応則を演繹的に導出することができた

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

質量作用の法則に基づく3つの質量保存則と, 19のパスウェイを反応則によるグルーピングに基づく3つの反応則が演繹的に導出されたことは従来のモデリングとシミュレーションを数学解析によって厳密に裏付けたものであるばかりでなく, 複雑なネットワークからいくつかの数学法則を導出する方法を提示したもので, 研究は当初の計画以上に進展しているこれは従来のモデリングとシミュレーションを数学解析によって厳密に裏付けたものであるばかりでなく, 複雑なネットワークからいくつかの数学法則を導出する方法を提示したもので, 研究は当初の計画以上に進展している

今後の研究の推進方策

MT1-MMP, MMP2, TIMP2の3分子の結合・解離パスネットワークの分析をさらに進め, 比較定理によって解の漸近挙動を数学的に決定することを試みる. またこの分析を通して数値シミュレーションや, 実験で観察, 測定した結合則と反応速度によってモデルを公理的に構築することの正当性を明らかにし, 適用対象を広げることを考える

次年度の研究費の使用計画

研究を進めていく上で必要に応じて研究費を執行したため、当初の見込み額と執行額は異なったが、研究計画に変更はなく、前年度の研究費も含め当初予定通りの計画を進めていく。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2013 2012

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Control and inhibition analysis of complex formation processes2013

    • 著者名/発表者名
      T. Saitou, K. Itano, D. Hoshino, N. Koshikawa, M. Seiki, K. Ichikawa, and T. Suzuki
    • 雑誌名

      Theoretical Biology and Medical Medelling

      巻: 0

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mathematical models of tumor growth systems2012

    • 著者名/発表者名
      T. Suzuki
    • 雑誌名

      Mathematica Bohemica

      巻: 137 ページ: 201-218

    • 査読あり
  • [学会発表] 数理細胞生物学の方法2013

    • 著者名/発表者名
      鈴木貴
    • 学会等名
      応用トポロジーとシステムバイオロジー:数理医学の新たな挑戦
    • 発表場所
      大阪大学
    • 年月日
      20130222-20130222
  • [学会発表] Mathematical methods in cancer research - bottom up and top down modeling2012

    • 著者名/発表者名
      T. Suzuki
    • 学会等名
      CREST Seminar, Towards Deeper Understanding of Biodynamic Principles
    • 発表場所
      OIST
    • 年月日
      20121203-20121203
  • [学会発表] 細胞生物学における数理的方法2012

    • 著者名/発表者名
      鈴木貴
    • 学会等名
      Seminar Supported by Electron Microscope
    • 発表場所
      理化学研究所発生・再生科学総合研究センター
    • 年月日
      20121112-20121112

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公開日: 2014-07-24  

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