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2013 年度 実績報告書

蛋白質を用いた修飾tRNAの調製法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 24655145
研究機関北海道大学

研究代表者

田中 良和  北海道大学, 先端生命科学研究科(研究院), 准教授 (20374225)

キーワードtRNA / 精製 / 修飾 / 結晶化 / 結晶構造解析
研究概要

本研究では大腸菌体内で構成された蛋白質-tRNA複合体を用いて,目的の成熟tRNAを簡便かつ高純度に調製する系を構築する事を目指す.
平成24年度までに,複数種の蛋白質-tRNA複合体が得られていたが,平成25年度は,セレン導入蛋白質とtRNAの複合体に注目し,その解析を目指した.この蛋白質はtRNA(Gln),tRNA(Glu),tRNA(Lys)を基質とするため,これらの共発現系を構築した.tRNAの発現ベクターにはpET22b,蛋白質の発現にはpCOLAを用いた.大腸菌中で形成した複合体を精製し,Urea PAGEにより解析した結果,非常に高純度のtRNAが得られた.詳細についての知見を得るために,蛋白質-tRNA複合体の結晶化を行ったところ,PEG3350を含む条件下で結晶が得られた.クライオプロテクタントの添加などの結晶化条件の最適化の末,4Åの分解能のX線回折データを収集する事に成功した.格子定数はa=90, b=104, c=130 alpha=90, beta=108, gamma=90である事がわかった.分子置換法による構造解析を試みたが,有意な解は得られなかった.解析に向け,今後,良質な結晶を得る必要がある.
期間全体を通し,TmcA(K205A)変異体を用いたtRNA(Met)の調製系,およびセレン導入蛋白質を用いたtRNA(Gln),tRNA(Glu),tRNA(Lys)の調製系を構築した.これらのRNAはいずれも,Niアフィニティクロマトグラフィーを用いて大腸菌破砕液から簡便に得る事ができ,本研究の有用性が示された.さらに,生体内から得られたこれらの成熟tRNAの詳細な解析に向け,各々のtRNAの結晶化および初期X線回折データの収集を行った.構造解析には至らなかったが,結晶学的パラメータを決定する事ができた.詳細な構造解析に向け,今後は,これらの結晶の改良を進める必要がある.

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Direct interaction between EFL1 and SBDS is mediated by an intrinsically disordered insertion domain2014

    • 著者名/発表者名
      Nozomi Asano, Haruka Atsuumi, Akiyoshi Nakamura, Yoshikazu Tanaka, Isao Tanaka, Min Yao
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 443 ページ: 1251-1256

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2013.12.143

    • 査読あり
  • [雑誌論文] SCO4008, a Putative TetR Transcriptional Repressor from Streptomyces coelicolor A3 (2), Regulates Transcription of sco4007 by Multidrug Recognition2013

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Hayashi, Yoshikazu Tanaka, Naoki Sakai, Ui Okada, Min Yao, Nobuhisa Watanabe, Tomohiro Tamura and Isao Tanaka
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol.

      巻: 425 ページ: 3289-3300

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2013.06.013

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure of dihydrouridine synthase C (DusC) from Escherichia coli2013

    • 著者名/発表者名
      Minghao Chen, Jian Yu, Yoshikazu Tanaka, Miyuki Tanaka, Isao Tanaka and Min Yao
    • 雑誌名

      Acta Cryst.

      巻: F69 ページ: 834-838

    • DOI

      10.1107/S1744309113019489

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural and genomic DNA analysis of a putative transcription factor SCO5550 from Streptomyces coelicolor A3(2): Regulating the expression of gene sco5551 as a transcriptional activator with a novel dimer shape2013

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Hayashi, Yoshikazu Tanaka, Naoki Sakai, Nobuhisa Watanabe, Tomohiro Tamura, Isao Tanaka, Min Yao
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 435 ページ: 28-33

    • DOI

      doi: 10.1016/j.bbrc.2013.04.017.

    • 査読あり
  • [学会発表] Crystal structure analysis of a DING protein2014

    • 著者名/発表者名
      Zuoqi Gai, Akiyoshi Nakamura, Yoshikazu Tanaka, Nagisa Hirano, Isao Tanaka, and Min Yao
    • 学会等名
      International life-science symposium for young scientists
    • 発表場所
      北海道大学理学部(札幌市)
    • 年月日
      20140306-20140306
  • [備考] 北海道大学 X線構造生物学研究室 ホームページ

    • URL

      http://altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/

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公開日: 2015-05-28  

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