2013 年度研究成果報告書

遺伝子コピー数変異の野外集団解析による新たな疾病生態学の開拓

研究課題

研究課題/領域番号	24657011
研究種目	挑戦的萌芽研究
配分区分	補助金
研究分野	生態・環境
研究機関	東北大学
研究代表者	河田雅圭東北大学, 生命科学研究科, 教授 (90204734)
連携研究者	牧野能士東北大学, 大学院生命科学研究科, 助教 (20443442)
研究期間 (年度)	2012-04-01 – 2014-03-31
キーワード	分子生態 / 疾病生態学 / 保全生態学
研究概要	ヤマアカガエルの抗菌ペプチドのコピー数変異のゲノムでの重複の状態を調べるため、フォスミドライブラリーを作成し、抗菌ペプチドを含むクローンの配列を十世代シークエンサーでの決定を試みた。次世代シークエンサーで解読したリードを複数のアセンブラでアセンブルした結果、約40kbpの配列のうち33kbはtemporinを含まない非コード領域で、残りの配列の中に、temporin-1Ojと1Ocを含む少なくとも3コピーの配列があることが明らかになった。今回得られたコンティグの情報では、temporin-1O遺伝子の詳細のゲノム上の位置を断定することはできなかった。