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2013 年度 研究成果報告書

遺伝子コピー数変異の野外集団解析による新たな疾病生態学の開拓

研究課題

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研究課題/領域番号 24657011
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 生態・環境
研究機関東北大学

研究代表者

河田 雅圭  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (90204734)

連携研究者 牧野 能士  東北大学, 大学院生命科学研究科, 助教 (20443442)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
キーワード分子生態 / 疾病生態学 / 保全生態学
研究概要

ヤマアカガエルの抗菌ペプチドのコピー数変異のゲノムでの重複の状態を調べるため、フォスミドライブラリーを作成し、抗菌ペプチドを含むクローンの配列を十世代シークエンサーでの決定を試みた。次世代シークエンサーで解読したリードを複数のアセンブラでアセンブルした結果、約40kbpの配列のうち33kbはtemporinを含まない非コード領域で、残りの配列の中に、temporin-1Ojと1Ocを含む少なくとも3コピーの配列があることが明らかになった。今回得られたコンティグの情報では、temporin-1O遺伝子の詳細のゲノム上の位置を断定することはできなかった。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Contribution of non-ohnologous duplicated genes to high habitat variability in mammals2014

    • 著者名/発表者名
      Tamate, S., Kawata, M. and T. Makino
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: (Advanced Access Publication)

    • DOI

      10.1093/molbev/mss133

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome-wide deserts for copy number variants in vertebrates2013

    • 著者名/発表者名
      Makino, T., McLysaght, A and Kawata, M.
    • 雑誌名

      Nature Commnuications

      巻: 4 ページ: 2283

    • DOI

      10.1038/ncomms3283

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic and environmental factors affecting cryptic variations in gene regulatory networks2013

    • 著者名/発表者名
      Iwasaki, W., Tsuda, M. and Kawata M.
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology

      巻: 13 ページ: 19

    • DOI

      10.1186/1471-2148-13-91

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Habitat variability correlates with duplicate content of Drosophila genomes2012

    • 著者名/発表者名
      Makino, T. and Kawata, M.
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 29 ページ: 3169-3179

    • DOI

      10.1093/molbev/mss133

    • 査読あり
  • [学会発表] Genome-wide deserts for copy number variation in vertebrates2014

    • 著者名/発表者名
      Makino T.
    • 学会等名
      Plant and Animal Genomics XXII
    • 発表場所
      San Diego, USA
    • 年月日
      20140110-15

URL: 

公開日: 2015-06-25  

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