次世代型分子系統解析の標準手法の開発：急速な適応放散史の可視化に向けて

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 24657065
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生物多様性・分類
• 研究機関: 独立行政法人国立科学博物館
• 研究代表者: 奥山 雄大 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 研究員 (40522529)
• 研究分担者: 田辺 晶史 (40549044)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: 分子系統樹 / 次世代シーケンサー / RAD-seq

研究概要

本研究は、急速に種分化を遂げているため従来法では系統解析が困難な種群で、系統推定を可能とする標準手法を確立することを目標とし、RAD法の応用による巨大データ取得の手法と、RNA-seq法の応用による種分化関連遺伝子の探索の両方を試みた。RAD法の応用については、当初利用を試みた次世代シーケンサーGS Juniorでは出力データ量が不足することが明らかになった。そこでよりデータ出力量の大きいシーケンサーHiseq2000を用いる手法に切り替え、現在は解析結果待ちである。また、RNA-seqにより花の発現遺伝子を網羅的に読むことで、種分化に関係する少数の遺伝子を絞り込むことにも成功した。

研究成果

• [雑誌論文] The genetic basis of flower-related phenotypic differences between closely related species of Asian Mitella (Saxifragaceae) (2013)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama, Mio Akashi
  • 雑誌名: Bulletin of the National Museum of Nature and Science. Series B, Botany 巻: 39 ページ: 131-136
  • 査読あり
• [学会発表] チャルメルソウ属雑種F2集団を用いた生殖隔離形質および生活史形質遺伝子群のマッピング (2013)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 日本植物学会第77回大会シンポジウム「RAD-Seqが切り拓く植物研究―栽培種から野生種まで」
  • 発表場所: 北海道大学札幌キャンパス
  • 年月日: 20130900
• [学会発表] チャルメルソウ属の生態的種分化の謎に迫る-フィールドからゲノムまで- (2013)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 第249回生態研セミナー
  • 発表場所: 京都大学生態学研究センター
  • 年月日: 20130900
• [学会発表] 遺伝子から迫るチャルメルソウ属の生態的種分化 (2013)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 日本進化学会第15回つくば大会シンポジウム「種分化を伴う進化と伴わない進化-環境傾度に対する植物の適応進化とその生態・遺伝的背景」
  • 発表場所: 筑波大学筑波キャンパス
  • 年月日: 20130800
• [学会発表] The speciation gene complex underlying recurrent pollinator shifts in Asian Mitella (2013)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama
  • 学会等名: Memorial Symposium for the 29th International Prize for Biology
  • 発表場所: Kyushu University Ito Campus, Fukuoka, Japan
  • 年月日: 2013-11-21
• [備考]
  • URL: http://www.kahaku.go.jp/research/researcher/researcher.php?d=yokuyama
• [備考]
  • URL: https://sites.google.com/site/okuyamanokenkyuupeji/home