老化細胞に蓄積するｍａｄＲＮＡの機能解明

2013 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 24657122
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 飯田 哲史 国立遺伝学研究所, 細胞遺伝研究系, 助教 (60391851)
• キーワード: RNA / Webツール / 変異点同定

研究概要

非対称な細胞分裂(出芽)で増殖する出芽酵母では、母細胞の老化進行と娘細胞の若返りが同時に起こることから、ゲノムの不安定化などを引き起こす未知の老化因子が母細胞へ非対称に分配蓄積することによって、母細胞の老化が振興すると考えられます。当年度の研究では、昨年度に引き続きエルトリエーターで娘細胞から老化が進行した母細胞まで段階的に分画した細胞から全DNAとRNAを調製し、DNA量あたりのRNA量の比較検討とmadRNAの精製を行いました。その結果、母細胞ではRNAの量自体が全体的に増えている可能性が考えられました。精製madRNAの配列決定の準備がようやく終わり、現在配列決定実験を行う段階まで進めることができました。
madRNA同定後の遺伝学的解析を想定すると、変異体スクリーニング後の変異体同定を高速化する必要が考えられました。そこで、これまで数週間から数ヶ月以上掛かっていた変異体の原因変異点同定を革命的に高速化し解析する次世代シークエンサーデータ解析法の確立と解析Webツールの開発を行いました。Webツール"Mudi"は、戻し交配をし得られた変異体をプールし次世代シークエンサーをもちいて全ゲノムDNA解析を行うことで、候補変異点のランク付けを行うツールです。このツールによって挙げられた候補変異は、極めて正確に候補を引き当てることを確認できたことから、今後次世代シークエンサーを用いた解析を一般的に容易にする重要な成果です。

研究成果

• [雑誌論文] Mudi, a web tool for identifying mutations by bioinformatics analysis of whole-genome sequence (2014)
  • 著者名/発表者名: Naoko Iida, Fumiaki Yamao, Yasukazu Nakamura, Tetsushi Iida.
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: Vol.19、No.1 ページ: 517-527
  • DOI: 10.1111/gtc.12151
  • 査読あり
• [雑誌論文] Spt6 prevents transcription-coupled loss of posttranslationally modified histone H3. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kato, H., Okazaki, K., Iida, T., Nakayama, J. Murakami, Y. and Urano, T.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 3 ページ: 2186
  • DOI: 10.1038/srep02186
  • 査読あり
• [備考] Mudi: Mutation discovery in yeast
  • URL: http://naoii.nig.ac.jp/mudi_top.html