爬虫類ミトコンドリアにおける遺伝子発現様式の多様性と進化

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 24657163
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 進化生物学
• 研究機関: 名古屋市立大学
• 研究代表者: 熊澤 慶伯 名古屋市立大学, 大学院システム自然科学研究科, 教授 (60221941)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: ミトコンドリア / RNA-Seq / 爬虫類 / 次世代シーケンス / RNA編集 / polyA付加

研究概要

本研究では、爬虫綱有鱗目の様々な系統を代表する種につき、次世代シーケンサーを利用したRNA-Seqデータを取得した。このデータを解析して、爬虫類ミトコンドリアDNAに由来するmRNAへのpolyA付加サイトの網羅的決定を行ったところ、種ごとに一部異なるパターンが発見された。またミトコンドリアDNAの遺伝子配置の変化がある種において、一部のタンパク質遺伝子のmRNA量が増加している結果を得た。このように爬虫類のミトコンドリア遺伝子発現系には多様性があり、進化していることが示唆された。

研究成果

• [雑誌論文] Molecular phylogeny and biogeography of air sac catfishes of the Heteropneustes fossilis species complex (Siluriformes : Hetero- pneustidae) (2014)
  • 著者名/発表者名: Ratmuangkhwang, S., Musikasinthorn, P., and Kumazawa, Y.
  • 雑誌名: Molecular Phylogenetics and Evolution 巻: (in press)
  • DOI: 10.1016/j.ympev.2014.05.009
  • 査読あり
• [雑誌論文] 脊椎動物嗅覚受容体遺伝子ファミリーの進化研究における次世代シーケンサーの活用 (2013)
  • 著者名/発表者名: 橋口康之、熊澤慶伯
  • 雑誌名: 生物科学 巻: 64 ページ: 131-140
  • URL: http://www.ruralnet.or.jp/seibutsu/064_03.htm
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of squamate olfactory receptor genes and their transcript by the high-throughput sequencing approach (2012)
  • 著者名/発表者名: Dehara, Y., Hashiguchi, Y., Matsubara, K., Yanai, T., Kubo, M., and Kumazawa, Y.
  • 雑誌名: Genome Biology and Evolution 巻: 4 ページ: 602-616
  • DOI: 10.1093/gbe/evs041
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitochondrial genomes of two African geckos of genus Hemitheconyx (Squamata : Eublephari- dae) (2012)
  • 著者名/発表者名: Jonniaux, P., Hashiguchi, Y., and Kumazawa, Y.
  • 雑誌名: Mitochondrial DNA 巻: 23 ページ: 278-279
  • DOI: 10.3109/19401736.2012.668898
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intra-genomic GC heterogeneity in sauropsids : evolutionary insights from cDNA mapping and GC3 profiling in snake (2012)
  • 著者名/発表者名: Matsubara, K., Kuraku, S., Tarui, H., Nishimura, O., Nishida, C., Agata, K., Kumazawa, Y., and Matsuda, Y.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 13 ページ: 604
  • DOI: 10.1186/1471-2164-13-604
  • 査読あり
• [学会発表] RNA-Seqデータから脊椎動物の分子系統解析に繋げるためのパイプラインの構築 (2013)
  • 著者名/発表者名: 栗崎政希、Pierre Jonniaux、松原和純、熊澤慶伯
  • 学会等名: 日本進化学会第15回大会
  • 発表場所: 筑波大学
  • 年月日: 2013-08-30
• [学会発表] 爬虫類ミトコンドリアRNAの構造多様性の網羅的探索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 孫ぎょう、栗崎政希、熊澤慶伯
  • 学会等名: 日本進化学会第15回大会
  • 発表場所: 筑波大学
  • 年月日: 2013-08-29
• [学会発表] 爬虫類ミトコンドリアにおける転写物の網羅的解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 孫ぎょう、栗崎政希、熊澤慶伯
  • 学会等名: 日本進化学会第14回大会
  • 発表場所: 首都大学東京
  • 年月日: 2013-08-22
• [学会発表] ヤモリ類のミトコンドリアゲノミクス : 遺伝子配置変動と系統関係 (2012)
  • 著者名/発表者名: 熊澤慶伯、三浦沙綾、孫ぎょう、ピエールジョニオ、山田知江美、橋口康之
  • 学会等名: 日本分子生物学会第35回大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場&マリンメッセ博多
  • 年月日: 2012-12-12
• [学会発表] 尾張地区におけるカスミサンショウウオの遺伝的解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 藤谷武史、能登原盛弘、熊澤慶伯
  • 学会等名: 日本爬虫両棲類学会第51回大会
  • 発表場所: 愛知学泉大学
  • 年月日: 2012-11-10
• [学会発表] カメ類ミトコンドリアゲノムにおける翻訳フレームシフトの分子進化 (2012)
  • 著者名/発表者名: 山田知江美、柴田弘紀、熊澤慶伯
  • 学会等名: 日本進化学会第14回大会
  • 発表場所: 首都大学東京
  • 年月日: 2012-08-23
• [学会発表] Characteristics of mitogenomic data for vertebrate phylogenetics (2012)
  • 著者名/発表者名: Kumazawa, Y., Kurisaki, M., and Sun, Y.
  • 学会等名: The Plenary International Symposium "Phylogenetics", Society of Evolutionary Studies, Japan
  • 発表場所: 首都大学東京
  • 年月日: 2012-08-22
  • 招待講演
• [学会発表] トランスクリプトームを用いたヘビ類の系統的位置付けの解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 栗崎政希、松原和純、熊澤慶伯
  • 学会等名: 日本進化学会第14回大会
  • 発表場所: 首都大学東京
  • 年月日: 2012-08-21