• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2012 年度 実施状況報告書

環境細菌の極貧有機炭素源環境下での生育を司る機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 24658068
研究機関東北大学

研究代表者

永田 裕二  東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (30237531)

研究分担者 大坪 嘉行  東北大学, 生命科学研究科, 助教 (40342761)
津田 雅孝  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (90172022)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
キーワード炭酸固定 / 独立栄養細菌 / 環境細菌 / 極貧有機炭素源環境 / 微生物機能開発
研究概要

地球表層環境に広く棲息する好気性従属栄養環境細菌群は極貧有機炭素源環境下でも生育する機構を有していると様々な状況証拠から推定されるが、明確な科学的記述が困難であり、未開拓な研究分野である。申請者は、環境汚染物質分解能を有する典型的な好気性従属栄養環境細菌Sphingobium japonicum UT26株の研究過程で、炭素源非添加無機培地で大気中CO2を生体成分として固定して生育可能な突然変異株を取得した。本研究の目的は、十分な科学的再現性の元に分子機構の解明が可能な本系を利用して、新規なCO2固定系が関与すると推定される本細菌株が有する極貧有機炭素源環境下での生育機構の全貌を解明し、さらに、本機構の好気性従属栄養細菌群における普遍性を明らかにし、細菌の極貧栄養条件下での培養という広範な応用への可能性を検討することである。
本年度は、特に「UT26株でadhX遺伝子が高発現すると炭素源非添加無機培地で生育可能となる現象」に着目して研究を実施し、以下の結果を得た。(1)adhX遺伝子高発現株でも大気中の標識CO2の取り込みが観察された。(2)adhX遺伝子産物のアルコールデヒドロゲナーゼ(ADH)活性に必須と推定されるアミノ酸残基に変異を導入した変異型adhX高発現株では、ADH活性は低下したが、当該表現型に変化はなく、ADH活性と当該表現型との明確な関連性は見出されなかった。(3)adhX高発現株のトランスポゾン変異株ライブラリーを作製し、当該表現型に変異を持つ株を得た。さらに、これらのトランスポゾン挿入部位から、当該表現型に関与する遺伝子として、推定acetyl-CoA synthetase遺伝子、推定pyruvate/phosphate dikinase遺伝子、推定isocitrate lyase遺伝子を同定した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

adhX高発現株でも大気中の標識CO2の取り込みが確認できたことに加え、当該表現型に関与する3つの遺伝子を新たに同定することができたため。

今後の研究の推進方策

(1)adhX自身の機能解析の継続
(2)adhX高発現株を利用して同定した、当該表現型に関与する3つの遺伝子の機能の解明
(3)当該表現型に関与する他の遺伝子の同定と解析
(4)他の環境細菌株でのadhXホモログの機能に関する研究
上記(1)~(3)により、本現象の分子機構を明らかにすると共に、(4)により、普遍性と応用への可能性を検討する。

次年度の研究費の使用計画

上記研究を実施するために、多量の分子生物学および生化学研究用の試薬を使用する。また、研究支援のための謝金を必要とする。さらに、学会等において、情報の収集と成果の発表を行う予定である。

  • 研究成果

    (41件)

すべて 2013 2012

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (33件) (うち招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Coinetgrate-resolution of toluene-catabolic transposon Tn46512013

    • 著者名/発表者名
      Yano, H., H. Genka, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, E.M. Top, M. Tsuda
    • 雑誌名

      Plasmid.

      巻: 69 ページ: 24-35

    • DOI

      10.1016/j.plasmid.2012.07.004

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete genome sequence of Acidovorax sp. KKS102, a polychlorinated biphenyl-degrading strain2012

    • 著者名/発表者名
      Ohtsubo Y, Maruyama F, Mitsui H, Nagata Y, Tsuda M
    • 雑誌名

      J Bacteriol

      巻: 194 ページ: 6970-6971

    • DOI

      10.1128/JB.01848-12

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ParI, an orphan ParA family protein from Pseudomonas putida KT2440-specific genomic island, interferes with the partition system of IncP-7 plasmids2012

    • 著者名/発表者名
      Miyakoshi M, Shintani M, Inoue K, Terabayashi T, Sai F, Ohkuma M, Nojiri H, Nagata Y, Tsuda M
    • 雑誌名

      Environ Microbiol.

      巻: 14 ページ: 2946-2959

    • DOI

      10.1111/j.1462-2920.2012.02861.x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray analysis of the haloalkane dehalogenase DatA from Agrobacterium tumefaciens C582012

    • 著者名/発表者名
      Mase, T., H. Yabuki, M. Okai, J. Ohtsuka, F. L. Imai, Y. Nagata, and M. Tanokura
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section F

      巻: F68 ページ: 652-654

    • DOI

      10.1107/S1744309112013942

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conjugal transfer of polychlorinated biphenyl/biphenyl degradation genes in Acidovorax sp. strain KKS102, which are located on an integrative and conjugative element2012

    • 著者名/発表者名
      Ohtsubo Y., Y. Ishibashi, H. Naganawa, S. Hirokawa, S. Atobe, Y. Nagata, M. Tsuda
    • 雑誌名

      J Bacteriol

      巻: 194 ページ: 4237-4248

    • DOI

      10.1128/JB.00352-12

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Suppression of pleiotrophic phenotypes of Burkholderia multivorans fur mutant by oxyR mutation2012

    • 著者名/発表者名
      A. Kimura et al.
    • 雑誌名

      Microbiology

      巻: 158 ページ: 1284-1293

    • DOI

      10.1099/mic.0.057372-0

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Povotal role of anthranilate dioxygenase genes in the adaptation of Burkholderia multivorans ATCC 17616 in soil2012

    • 著者名/発表者名
      E. Nishiyama et al.
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Letters

      巻: 330 ページ: 46-55

    • DOI

      10.1111/j.1574-6968.2012.02532.x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase gene with its flanking regions from soil by activity-based screening techniques2012

    • 著者名/発表者名
      M. Ito et al.
    • 雑誌名

      European J. Soil Biology

      巻: 52 ページ: 16-19

    • DOI

      10.1016/j.ejsobi.2012.05.001

    • 査読あり
  • [学会発表] 人為起源物質分解細菌の出現と進化2013

    • 著者名/発表者名
      永田裕二
    • 学会等名
      日本農芸化学会 第20回記念フロンティアシンポジウム
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20130327-20130328
    • 招待講演
  • [学会発表] 芳香族化合物複合汚染土壌における新規芳香族化合物分解酵素遺伝子の機能相補に基づく探索2013

    • 著者名/発表者名
      永山浩史ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20130324-20130327
  • [学会発表] 人為起源環境汚染物質分解能を有するスフィンゴモナス細菌群のゲノムと可動性遺伝因子に関する研究2013

    • 著者名/発表者名
      永田裕二ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20130324-20130327
  • [学会発表] ハロアルカンデハロゲナーゼ DatAの立体構造解析2013

    • 著者名/発表者名
      管 立軍ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20130324-20130327
  • [学会発表] 多様な細菌のゲノム上に存在するハロアルカンデハロゲナーゼの機能解析2013

    • 著者名/発表者名
      田中裕興ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20130324-20130327
  • [学会発表] IncP-9群 NAH7接合伝達系のoriTを中心とした解析2013

    • 著者名/発表者名
      岸田康平ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20130324-20130327
  • [学会発表] フィニッシング支援ツールGenoFinisherとAceFileViewer2013

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20130324-20130327
  • [学会発表] γ-HCH分解細菌Sphingomonas sp. MM-1株が有する多重プラスミドに関する研究2013

    • 著者名/発表者名
      田端理朗ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20130324-20130327
  • [学会発表] リダクターゼ機能相補による新規芳香族化合物分解酵素遺伝子の芳香族化合物複合汚染土壌メタゲノムからの探索2013

    • 著者名/発表者名
      永山浩史ら
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 年月日
      20130308-20130310
  • [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株におけるFurの機能及び発現制御機構の解析2013

    • 著者名/発表者名
      佐藤拓哉ら
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 年月日
      20130308-20130310
  • [学会発表] gamma-HCH分解能を示すSphingobium属細菌のTKS株とMI1205株の全ゲノム配列決定とgamma-HCH分解関与遺伝子群周辺領域の解析2013

    • 著者名/発表者名
      大畑智史ら
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 年月日
      20130308-20130310
  • [学会発表] 人為起源物質分解能を有するsphingomonad細菌群のゲノムと可動性遺伝因子2013

    • 著者名/発表者名
      永田裕二ら
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 年月日
      20130308-20130310
  • [学会発表] Finishing関連の3つのツール: GenoFinisher、AceFileViewer、ShortReadManager2013

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行ら
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 年月日
      20130308-20130310
  • [学会発表] IncP-9群プラスミドNAH7の接合伝達開始配列の解析2013

    • 著者名/発表者名
      岸田康平ら
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 年月日
      20130308-20130310
  • [学会発表] 次世代シーケンサーによる土壌細菌の環境適応遺伝子の新規探索手法 の開発2013

    • 著者名/発表者名
      石橋蓉子ら
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 年月日
      20130308-20130310
  • [学会発表] 撹乱に対する土壌微生物のレジリエンス2013

    • 著者名/発表者名
      加藤広海ら
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 年月日
      20130308-20130310
  • [学会発表] 細菌群集動態のモデリング2013

    • 著者名/発表者名
      伊藤貴広ら
    • 学会等名
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      長浜
    • 年月日
      20130308-20130310
  • [学会発表] Genetic analysis of multiple plasmids in γ-hexachlorocylohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp. MM-12012

    • 著者名/発表者名
      M. Tabata et al.
    • 学会等名
      International Forum for Ecosystem Adaptability Science IV: Interface Between Policy and Science
    • 発表場所
      Sendai, Japan
    • 年月日
      20121212-20121213
  • [学会発表] Analysis of nitrogen-related phosphotransferase system in recipient cells involved in regulation of conjugative transfer2012

    • 著者名/発表者名
      K. Inoue et al.
    • 学会等名
      International Forum for Ecosystem Adaptability Science IV: Interface Between Policy and Science
    • 発表場所
      Sendai, Japan
    • 年月日
      20121212-20121213
  • [学会発表] ハロアルカンデハロゲナーセLinBのbeta-HCH分解活性に関する機能進化2012

    • 著者名/発表者名
      田中裕興ら
    • 学会等名
      第85回日本生化学会大会・第35回日本分子生物学会年会合同大会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20121211-20121214
  • [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌のゲノムと可動性遺伝因子に関する研究2012

    • 著者名/発表者名
      永田裕二ら
    • 学会等名
      第64回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20121023-20121026
  • [学会発表] 細菌ゲノムに存在する多様なハロアルカンデハロゲナーゼ遺伝子の機能解析2012

    • 著者名/発表者名
      田中裕興ら
    • 学会等名
      第64回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20121023-20121026
  • [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌が突然変異により炭素源非添加無機寒天培地上で生育可能となる機構の解析2012

    • 著者名/発表者名
      平野丈ら
    • 学会等名
      第64回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20121023-20121026
  • [学会発表] Genomes and mobile genetic elements of gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterial strains2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Nagata et al.
    • 学会等名
      15th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS 2012)
    • 発表場所
      Daegu, Korea
    • 年月日
      20120916-20120921
  • [学会発表] Isolation of aromatic ring-hydroxylating oxygenase genes by cultivation-independent functional screening of metagenome from soil artificially contaminated with aromatic hydrocarbons2012

    • 著者名/発表者名
      H. Nagayama et al.
    • 学会等名
      15th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS 2012)
    • 発表場所
      Daegu, Korea
    • 年月日
      20120916-20120921
  • [学会発表] Multiple plasmids of γ-hexachlorocylohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp. MM-12012

    • 著者名/発表者名
      M. Tabata et al.
    • 学会等名
      International Plasmid Biology Conference 2012
    • 発表場所
      Santander, Spain
    • 年月日
      20120911-20120916
  • [学会発表] Relationship between intergeneric conjugative transfer of plasmid NAH7 and nitrogen-related phosphotransferase system2012

    • 著者名/発表者名
      K. Inoue et al.
    • 学会等名
      International Plasmid Biology Conference 2012
    • 発表場所
      Santander, Spain
    • 年月日
      20120911-20120916
  • [学会発表] Response of soil microbial community against pulse perturbation by aromatic pollutants2012

    • 著者名/発表者名
      H. Kato et al.
    • 学会等名
      14th International Symposium on Microbial Ecology
    • 発表場所
      Copenhagen, Denmark
    • 年月日
      20120819-20120824
  • [学会発表] 細菌由来のβ-ヘキサクロロシクロヘキサン (β-HCH) 分解酵素linB_MIを導入したカボチャ毛状根のβ-HCH分解能の解析2012

    • 著者名/発表者名
      七里吉彦ら
    • 学会等名
      第30回 日本植物細胞分子生物学会 (生駒) 大会・シンポジウム
    • 発表場所
      奈良県生駒市
    • 年月日
      20120803-20120805
    • 招待講演
  • [学会発表] 環境汚染物質gamma-hexachlorocyclohexaneの分解能を有するSphingobium sp. TKS株のゲノム構造の解明2012

    • 著者名/発表者名
      大畑智史ら
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2012年度大会
    • 発表場所
      宇治
    • 年月日
      20120625-20120626
  • [学会発表] 培養非依存的手法を用いた芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の探索2012

    • 著者名/発表者名
      永山浩史ら
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2012年度大会
    • 発表場所
      宇治
    • 年月日
      20120625-20120626
  • [学会発表] 細菌の有機塩素系殺虫剤分解資化能力を支えるABCトランスポーター2012

    • 著者名/発表者名
      永田裕二、遠藤諒、大坪嘉行、津田雅孝
    • 学会等名
      第7回トランスポーター研究会年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      20120609-10
    • 招待講演
  • [学会発表] Metagenomic Analysis of Microbial Community in Soil Contaminated with Aromatic Pollutants2012

    • 著者名/発表者名
      M. Tsudaら
    • 学会等名
      Japan-Finland Biotechnology Symposium 2012
    • 発表場所
      Sendai, Japan
    • 年月日
      20120604-20120608
    • 招待講演

URL: 

公開日: 2014-07-24  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi