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2013 年度 実績報告書

Virome miningによる極限環境からの遺伝子資源探索法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 24658083
研究機関九州大学

研究代表者

土居 克実  九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 講師 (40253520)

研究分担者 田代 康介  九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 准教授 (00192170)
キーワード好熱性ウイルス / Thermus thermophilus / Thermus aquaticus / Inovirus / DNA複製 / ゲノム
研究概要

前年度実施した長崎県小浜温泉排水口沈殿物(75℃、pH 7.2)からのウイルスの探索・単離では、海洋熱水に近い環境下に生息するウイルスの単離が可能であった。今年度は、これに加え、山間地の地熱地帯として、大分県玖珠郡九重町小松地獄を選択し、本地の地熱熱水からのウイルス粒子およびウイルスDNAの探索と単離を行った。
今年度は、昨年度の研究で小浜温泉排水口沈殿物から単離したφOH3以外に、計40種のウイルスを単離し、これらのうち、小浜温泉排水口沈殿物からの単離ファージφOH16、小松地獄地熱熱水からの単離ファージφKJ3, φKJ4, φKJ5について、プラーク形状、電子顕微鏡観察による形態、宿主域、ゲノム構造および推定ORF、宿主内での複製形態、等について性状を解析し、それぞれについて比較・検討した。
その結果、小浜温泉排水口沈殿物から単離したφOH3、φOH16、および、小松地獄地熱熱水から単離したφKJ3, φKJ4, φKJ5はすべて、turbid plaqueを形成する繊維状ファージであり、Inovirus科に分類された。また、φOH3はThermus thermophilus HB8のみを宿主としたが、他のファージはT. thermophilus HB8以外に、Thermus aquaticus YT-1にも感染性を示した。さらに、それぞれのファージのゲノムサイズは、φOH3が5688 bp、φOH16が6733 bp、φKJ4が5651 bp, φKJ5とφKJ3が共に5687 bpであることが分かった。それぞれのファージゲノムを比較したところ、φOH16のみがtransposase遺伝子を持つ以外、他のファージ上のORFはそれぞれ90%以上の高い相同性を示し、単離地域の違いに関わらず、Thermus属繊維状ファージには非常に高い類似性が認められた。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (4件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Efficient synthesis of D-branched-chain amino acids and their labeled compounds with stable isotopes using D-amino acid dehydrogenase2014

    • 著者名/発表者名
      H. Akita, H. Suzuki, K. Doi and T. Ohshima
    • 雑誌名

      Appl. Microbiol. Biotechnol.

      巻: Vol. 98, No. 3 ページ: 1135-1143

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Wild mushroom in Nepal: Some potential candidates as antioxidant and ACE inhibition sources2014

    • 著者名/発表者名
      T. H. Bang, H. Suhara, K. Doi, H. Ishikawa, K. Fukami, G. P. Parajuli, Y. Katakura, S. Yamashita, K. Watanabe, M. K. Adhikari, H. K. Manandhar, R. Kondo and K. Shimizu
    • 雑誌名

      Evid. Based Complement. Alternat. Med.

      巻: 2014 ページ: 195305

    • DOI

      10.1155/2014/195305

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biochemical characterization of two glutamate dehydrogenases with different cofactor specificities from a hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum calidifontis2013

    • 著者名/発表者名
      T. Wakamatsu, C. Higashi, T. Ohmori, K. Doi and T. Ohshima
    • 雑誌名

      Extremophiles

      巻: Vol. 17, No. 3 ページ: 379-389

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distribution of D-amino acids in vinegars and involvement of lactic acid bacteria in the production of D-amino acids2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Mutaguchi, T. Ohmori, H. Akano, K. Doi and T. Ohshima
    • 雑誌名

      SpringerPlus

      巻: Vol.2 ページ: 691

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of thermo tolerant lactic acid bacteria isolated from silage prepared in the hot and humid climate of Southwestern Japan2013

    • 著者名/発表者名
      K. Doi, Y. Nishizaki, H. Kimura, M. Kitahara, Y. Fujino, S. Ohmomo, T. Ohshima and S. Ogata
    • 雑誌名

      SpringerPlus

      巻: Vol. 2 ページ: 485

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification and characterization of lactic acid bacteria isolated from fermented rice bran product2013

    • 著者名/発表者名
      K. Doi, O. T. A. Phuong, F. Kawatou, Y. Nagayoshi, Y. Fujino and T. Ohshima
    • 雑誌名

      Adv. Microbiol.

      巻: Vol. 3 ページ: 265-272

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of D-amino acid aminotransferase from Lactobacillus salivarius2013

    • 著者名/発表者名
      J. Kobayashi, Y.Shimizu, Y. Mutaguchi, K. Doi and T. Ohshima
    • 雑誌名

      J. Mol. Catal. B: Enzym.

      巻: 94 ページ: 15-22

    • DOI

      10.1016/j.molcatb.2013.04.013

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel amino acid racemase, isoleucine 2-epimerase, from Lactobacillus species: Identification, purification and characterization2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Mutaguchi, T. Ohmori, T. Wakamatsu, K. Doi, and T. Ohshima
    • 雑誌名

      J. Bacteriol.

      巻: 195 ページ: 5207-5215

    • DOI

      10.1128/JB.00709-13

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Geobacillus kaustophilus GBlys, a lysogenic strain with bacteriophage φOH22013

    • 著者名/発表者名
      K. Doi, K. Mori, H. Martono, Y. Nagayoshi, Y. Fujino, K. Tashiro, S. Kuhara and T. Ohshima
    • 雑誌名

      Genome Announc.

      巻: 1 ページ: e00634-13

    • DOI

      10.1128/genomeA.00634-13

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A ternary conjugation system to construct DNA libraries in Geobacillus kaustophilus HTA4262013

    • 著者名/発表者名
      H. Suzuki, K. Wada, M. Furukawa, K. Doi and T. Ohshima
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem.

      巻: 77 ページ: 2316-2318

    • DOI

      10.1271/bbb.130492

    • 査読あり
  • [学会発表] 三者接合法によるGeobacillus kaustophilus HTA426 への高効率プラスミド導入2013

    • 著者名/発表者名
      鈴木 宏和、和田 圭介、古川 恵、土居 克実、大島 敏久
    • 学会等名
      第65回 日本生物工学会大会
    • 発表場所
      広島国際会議場
    • 年月日
      20130918-20130920
  • [学会発表] 藍瓶由来アルカリ性Bacillus族細菌のインジゴカルミン還元酵素の機能解析2013

    • 著者名/発表者名
      安部 友昭、鈴木 宏和、土居 克実, 大島 敏久
    • 学会等名
      日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部、日本ビタミン学会近畿・中国四国・九州沖縄地区合同大会
    • 発表場所
      県立広島大学
    • 年月日
      20130905-20130906
  • [学会発表] 小浜温泉より単離したファージφOH2 由来耐熱性溶菌 酵素の特性解析

    • 著者名/発表者名
      Martono Hindra、永吉佑子、藤野泰寛、大島敏久、土居克実
    • 学会等名
      第50回化学関連支部合同九州大会
    • 発表場所
      北九州国際会議場
  • [学会発表] 小浜温泉より単離したThermus属繊維状ファージの特性解析

    • 著者名/発表者名
      相川浩輝、永吉佑子、藤野泰寛、大島敏久、土居克実
    • 学会等名
      第20回日本生物工学会九州支部佐賀大会
    • 発表場所
      佐賀大学
  • [図書] 環境と微生物の事典2014

    • 著者名/発表者名
      土居克実、大島敏久
    • 総ページ数
      448
    • 出版者
      朝倉書店

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公開日: 2015-05-28  

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