| 研究課題/領域番号 |
24659625
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
中島 淳 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (90188954)
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| 研究分担者 |
佐野 厚 東京大学, 医学部附属病院, その他 (20569834)
村川 知弘 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (50359626)
垣見 和宏 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80273358)
松下 博和 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (80597782)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| キーワード | 肺癌 / 膵臓癌 / 次世代シーケンス / 全エクソームシーケンス / 全ＲＮＡシーケンス / ミスセンス変異 / 変異ペプチド / 固有抗原 |
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| 研究実績の概要 |
本研究の目的は、個々の肺癌における遺伝子変異に基づく固有抗原の同定と肺癌の個別化がん免疫治療の開発である。次世代シーケンスとMHC class I binding prediction法を用いて、肺癌患者から免疫原性の強い固有抗原の同定を行う。肺癌組織の癌部と非癌部から次世代シーケンサーにより癌特異的なミスセンス変異を同定する。この変異によりつくられる変異ペプチドのアフィニティをImmune Epitope Database and Analysis Resourceを用いて計算し候補となる固有抗原を選出する。
肺癌に先立ち、当院で癌組織の癌部と非癌部のが既にそろっていた膵癌組織5例で固有抗原同定システムを構築した。全エクソームシーケンスにより、癌部と非癌部のエクソームを比較することで１例あたり平均1028個（719-1673個）の腫瘍特異的変異を同定し、その中でコーディング領域に存在する変異を平均147個（86-299個）同定した。さらに、全RNA シーケンスのデータからRNA発現が見られるものに絞り、最終的には１例あたりミスセンス変異を平均128個（78-251個）同定した。この変異由来の変異ペプチドのMHC class Iへのアフィニティ（IC50<500）を指標とし、固有抗原数 (HLA-A2あるいはHLA-A24拘束性のいずれか)を計算すると、１例あたり平均53個（11-116個）となった。
肺癌では、癌部と非癌部がそろう症例6例（喫煙者・非喫煙者各3例）でシーケンスを行った。これまでの報告と同様、喫煙者のミスセンス変異は平均280 (102-491), 非喫煙者は平均75個（24-154個）と前者で多かった。固有抗原同定システム解析では、ミスセンス変異由来の候補となる固有抗原の数(IC50<500)は、喫煙者で平均535個（421-716）、非喫煙者で平均140個（51-212）であった。
将来個別化がん免疫治療を行っていく準備段階としての抗原同定システムを構築し、肺癌6例で固有抗原の候補を同定することが可能であった。
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