| 研究課題/領域番号 |
24680031
|
|---|
| 研究種目 |
若手研究(A)
|
| 研究機関 | 東京大学 |
|---|
研究代表者 |
浜田 道昭 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 特任准教授 (00596538)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
|
| キーワード | RNA / 2次構造予測 / 修飾塩基 / 機械学習 |
|---|
| 研究概要 |
平成24年度の主な成果は以下である。
1.SHAPE法やPARS法などの、実験情報を考慮した、新しいRNA2次構造予測アルゴリズムの提案を行った。本技術は、実験情報と組み合わせて、2次構造を精度よく同定するための基盤技術である。この技術を用いて、今後は、修飾塩基を含むRNA配列の2次構造を同定することを計画している。ここで、同定された2次構造は、次に述べる、RNAの2次構造モデルの学習データとして利用することが可能である。
2.半教師有学習を用いた、RNAの2次構造予測のためのアルゴリズムを考案し、実装した。この手法を用いることにより、2次構造が既知のRNA配列データと同時に、2次構造が未知のデータを用いて、効果的に2次構造の確率モデルを学習することが可能となる。これは、教師データが極めて少ない、修飾塩基を含むRNAの2次構造を予測する手法の基盤となる技術であると考えている。
3.もう一つの技術基盤である、MDを用いたエネルギーパラメタの決定に関しては、現在、研究を進めているところである。H25年度中には、まとまった成果として発表可能であると考えている。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
修飾塩基を含むRNAの2次構造予測手法開発のための基盤技術である、「半教師有学習を用いた2次構造予測手法の開発」および「実験情報を組み合わせた2次構造予測手法の開発」に成功したため。
|
| 今後の研究の推進方策 |
MDによるエネルギーパラメタの決定に関しては、産総研CBRCの亀田博士と密接に連携を取りながら行う計である。
|
| 次年度の研究費の使用計画 |
基金分の残額に関しては、学生のアルバイト等に対する謝金として使用する計画である。
|
