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2015 年度 実績報告書

修飾・編集RNAの構造予測手法の研究開発

研究課題

研究課題/領域番号 24680031
研究機関早稲田大学

研究代表者

浜田 道昭  早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (00596538)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2016-03-31
キーワードRNA / 2次構造 / 半教師有学習 / 確率モデル
研究実績の概要

本年度は、以下の研究を行った。(1)次世代シークエンサーによるRNAの2次構造推定(DMS-seq, SHAPE-seq等)のデータセットの網羅的な収集・解析を行い、これらの実験情報を利用して構造予測を高精度に行うためのアルゴリズムの構築およびプロトタイプ実装を行った。さらに実装したプログラムの評価を行うことにより、アルゴリズムの有用性を確かめた。(2)さらに、本年度は、本研究の成果を長鎖ノンコーディングRNAの機能解析に応用するための研究を複数行った。具体的には、本研究で開発した手法を用いて、長鎖ノンコーディングRNAの機能を推定するための方法の検討を行った。その際に、英文と日本語の2本のレビュー論文を執筆した(Biochim Biophys Acta. 2016 Jan;1859(1):23-30; 日本生物物理学会論文誌)。(3)また、本年度は研究期間の最終年度であるため、開発したRNA構造解析技術を広く普及させるためにCentroidFold, CentroidHomfoldなど複数のRNAの配列情報解析技術を統合したWebサーバRtools(http://rtools.cbrc.jp/)を公開した。このWebサーバの論文がNucleic Acids Res.誌のWebサーバissueへ掲載が決定している。このWebサーバを通して、科研費の成果が実験生物学者などに広く普及することが期待される。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2016

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (1件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences2016

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      Nucl. Acids Res.

      巻: 未定 ページ: 未定

    • DOI

      10.1093/nar/gkw337

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Comprehensive prediction of lncRNA–RNA interactions in human transcriptome2016

    • 著者名/発表者名
      Goro Terai#, Junichi Iwakiri#, Tomoshi Kameda, Michiaki Hamada*, Kiyoshi Asai*
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 17 ページ: 12

    • DOI

      10.1186/s12864-015-2307-5

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Bioinformatics tools for lncRNA research2016

    • 著者名/発表者名
      Junichi Iwakiri#, Michiaki Hamada#, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta.

      巻: 1859 ページ: 23-30

    • DOI

      10.1016/j.bbagrm.2015.07.014

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 長鎖ノンコーディングRNAのためのバイオインフォマティクス2016

    • 著者名/発表者名
      岩切淳一、浜田道昭
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 未定 ページ: 未定

    • 査読あり
  • [学会発表] Comprehensive prediction of lncRNA–RNA interactions in human transcriptome2016

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada
    • 学会等名
      APBC2016
    • 発表場所
      サンフランシスコ
    • 年月日
      2016-01-12 – 2016-01-12
    • 国際学会

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公開日: 2017-01-06  

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