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日本および周辺地域に共通して分布するとされるきのこの種を文献・データベース等から洗い出し、約200種類について集中的にサンプリングした。また、その他の種についても既知種・未記載種を問わず採集し、そのほぼ全てについて新鮮な状態の写真、DNA、その他標本情報をデータベース化した。１年間に日本・海外合わせて3000点の標本を得ることを目標としたが、本プロジェクト期間の４年間で得られた標本数は15,000点以上にのぼり、当初の目標を大幅に超える成果を得ることができた。得られたデータの一部は国立科学博物館のホームページ「筑波実験植物園きのこ図鑑」として公開した。
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