大腸癌の発癌や進展に深く関与しうる長鎖ｎｃＲＮＡの量的・質的な異常の探索

2014 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 24680092
• 研究機関: 札幌医科大学
• 研究代表者: 丸山 玲緒 札幌医科大学, 医学部, 准教授 (60607985)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• キーワード: 長鎖nRNA / 大腸癌 / ヒストン修飾 / DNAメチル化

研究実績の概要

本研究課題は内視鏡によって得られる臨床検体を、次世代シークエンサーを用いて分子レベルで統合的・包括的に解析することにより、大腸癌において重要な役割を果たす長鎖非コードRNA(ncRNA)の量的・質的な異常を同定することを最終的な目的とした。初めに微量な内視鏡検体を次世代シークエンサーで解析するための基盤技術を確立した。これまでに大腸内視鏡検体39検体のヒストン修飾に関するChIPSeqデータ(H3K4me3, H3K27me3)を収集した。さらにTCGAやENCODEプロジェクト等の公共データベースが提供するRNASeqやメチル化データを用いて統合解析を行い、大腸癌において特異的に活性化・不活性化している長鎖ncRNAのリストを作成した。
それらに関して多数の臨床検体でメチル化や発現状態の確認を行った。さらに癌細胞株を用いた分子細胞生物学的な実験により、それら長鎖ncRNAが細胞に及ぼす影響を検証した。これらの一連の解析により、大腸癌において普遍的にDNAメチル化により不活性化している長鎖ncRNAや、癌で高発現しており発癌に関与しうる長鎖ncRNAを同定できた。
また長鎖ncRNAの質的異常を検索する目的で、新学術領域「ゲノム支援」の支援を頂き、長鎖ncRNA領域を含む全エキソン解析を50検体で施行し、癌患者において変異を認める長鎖ncRNAのリストを作成した。いくつかの候補に関しては、より多くの臨床検体を用いた検証作業を行い、ある一定の頻度で変異を認めることを確認した。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額が生じた理由

26年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額の使用計画

26年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Analysis of DNA methylation in bowel lavage fluid for detection of colorectal cancer (2014)
  • 著者名/発表者名: Harada T, Yamamoto E, Yamano HO, Nojima M, Maruyama R, Kumegawa K, Ashida M, Yoshikawa K, Kimura T, Harada E, Takagi R, Tanaka Y, Aoki H, Nishizono M, Nakaoka M, Tsuyada A, Niinuma T, Kai M, Shimoda K, Shinomura Y, Sugai T, Imai K, Suzuki H
  • 雑誌名: Cancer prevention research 巻: 7 ページ: 1002-1010
  • DOI: 10.1158/1940-6207
  • 査読あり
• [学会発表] Systematic identification of long non-coding RNAs involved in gastritis and gastric tumorigenesis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Maruyama R, Kitajima H, Yamamoto E, Niinuma T, Yorozu A, Kumegawa K, Nishiyama K, Tsuyada A, Suzuki R, Kai M, Tokino T, Shinomura Y, Suzuki H.
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] Systematic identification of long non-coding RNAs involved in gastritis and gastric tumorigenesis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Maruyama R, Kitajima H, Yamamoto E, Niinuma T, Yorozu A, Kumegawa K, Tsuyada A, Suzuki R, Kai M, Tokino T, Shinomura Y, Suzuki H.
  • 学会等名: 第73回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Genome-wide identification of lincRNAs epigenetically silenced by DNA methylation in colon cancer (2014)
  • 著者名/発表者名: Igarashi T, Kumegawa K, Maruyama R, Yamamoto E, Tsuyada A, Suzuki R, Niinuma T, Kai M, Yamano H, Sugai T, Tokino T, Shinomura Y, Suzuki H.
  • 学会等名: 第73回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27