系統樹の剪定による遺伝子配列データリサンプリングアルゴリズム

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 24700289
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 長浜バイオ大学
• 研究代表者: 米澤 弘毅 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 助手 (00374744)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: バイオインフォマティクス / 人獣共通感染症 / リサンプリング / 分子系統樹

研究概要

近年，インフルエンザを始め様々な病原体の遺伝子情報がデータベース上に大量に蓄積されている．しかし，データセットの巨大化に伴い，多重配列アラインメント，進化系統解析，相同性検索等の解析が困難になりつつある．また，各国における感染症サーベイランス能力の差異により，データセットにサンプリングバイアスを含んでいる可能性がある．
本研究では，サンプリング密度の濃い部分に存在する配列を適宜取り除くことによってリサンプリングを行うアルゴリズムを提案し，インフルエンザウイルスなどの病原体の遺伝子配列データに適用することにより，サンプリングバイアスの軽減能力を評価した．

研究成果

• [雑誌論文] Resampling nucleotide sequences with closest-neighbor trimming and its comparison to other methods (2013)
  • 著者名/発表者名: Kouki Yonezawa, Manabu Igarashi, Keisuke Ueno, Ayato Takada, Kimihito Ito
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8(2) ページ: e57684
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0057684
• [雑誌論文] A Trim Distance between Positions as Packaging Signals in H3N2 Influenza Viruses (2012)
  • 著者名/発表者名: Shunsuke Makino, Takaharu Shimada, Kouichi Hirata, Kouki Yonezawa, Kimihito Ito
  • 雑誌名: The 6th International Conference on Soft Computing and Intelligent Systems and the 13th International Symposium on Advanced Intelligent Systems
• [学会発表] Resampling of Large Nucleotide Sequence Datasets of Viruses with Closest-Neighbor Trimming Method (2013)
  • 著者名/発表者名: Kouki Yonezawa, Manabu Igarashi, Kimihito Ito
  • 学会等名: Annual Meeting of Society for Molecular Biology & Evolution (SMBE 2013)
  • 年月日: 20130707-11
• [学会発表] 近隣剪定法によるウイルス遺伝子配列のリサンプリング (2013)
  • 著者名/発表者名: 米澤弘毅,五十嵐学,伊藤公人
  • 学会等名: 第7回ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学
  • 年月日: 20130308-10
• [学会発表] 近隣剪定法によるウイルス遺伝子配列のリサンプリング (2013)
  • 著者名/発表者名: 米澤弘毅,五十嵐学,伊藤公人
  • 学会等名: 感染症若手フォーラム2013
  • 発表場所: 北広島クラッセホテル
  • 年月日: 20130228-0302
• [学会発表] Clustering of Positions in Nucleotide Sequences by Trim Distance (2013)
  • 著者名/発表者名: Takaharu Shimada, Shunsuke Makino, Kouichi Hirata, Kouki Yonezawa, Kimihito Ito
  • 学会等名: CSBB 2013
  • 発表場所: のがみプレジデントホテル
  • 年月日: 20130228-0301
• [学会発表] 近隣結合法による塩基配列データセットのリサンプリングとその性能評価 (2013)
  • 著者名/発表者名: 米澤弘毅,五十嵐学,伊藤公人
  • 学会等名: 第88回人工知能基本問題研究会
  • 発表場所: 石垣市民会館
  • 年月日: 20130124-25
• [学会発表] 近隣剪定法 : 進化系統樹を利用した配列リサンプリングアルゴリズム (2012)
  • 著者名/発表者名: 米澤弘毅,五十嵐学,伊藤公人
  • 学会等名: 第60回日本ウイルス学会学術集会
  • 発表場所: 大阪国際会議場
  • 年月日: 20121113-15
• [学会発表] 近隣剪定法 : 進化系統樹を利用した配列リサンプリングアルゴリズム (2012)
  • 著者名/発表者名: 米澤弘毅,五十嵐学,伊藤公人
  • 学会等名: 第29回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学
  • 年月日: 20120628-29
• [備考] Biological Sequence Resampling
  • URL: http://citrus.nagahama-i-bio.ac.jp/resampling/