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2013 年度 実績報告書

位置特異的スコアおよび機械学習を用いたGPI修飾タンパク質予測とデータベース構築

研究課題

研究課題/領域番号 24700298
研究機関明治大学

研究代表者

池田 有理  明治大学, 理工学部, 准教授 (30371082)

キーワードバイオインフォマティクス / タンパク質 / 翻訳後修飾 / GPIアンカー / PSSM / 機械学習 / データベース
研究概要

本研究では、位置特異的アミノ酸スコアマトリクス (PSSM) と誤差逆伝播型ニューラルネットワーク (BP-ANN) を用いて、高精度のGPIアンカー型タンパク質判別方法を開発することができた。また、GPIが修飾される位置(オメガサイト)と園周辺のアミノ酸配列の物理化学的特徴を抽出し、オメガサイト位置を高精度に予測することもできた。また、ヒト・マウス・ウシのORFから新規のGPIアンカー型タンパク質候補遺伝子を予測し、データベース化した。本研究を通して得られた知見から、タンパク質の糖鎖修飾予測法の開発、人工GPIアンカー型タンパク質の作製など、新しい複数の研究に発展させることができた。

  • 研究成果

    (25件)

すべて 2013 その他

すべて 雑誌論文 (4件) 学会発表 (21件)

  • [雑誌論文] Discrimination of xylose O-glycosylation sites in mammalian proteins2013

    • 著者名/発表者名
      K. Etchuya, R. Nambu, Y. Mukai
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 42, 9 ページ: 1043-1045

  • [雑誌論文] Sugar type discrimination in O-glycosylation based on protein primary sequences2013

    • 著者名/発表者名
      K. Etchuya, Y. Mukai
    • 雑誌名

      Journal of Biomechanical Science and Engineering

      巻: 8, 3 ページ: 225-232

  • [雑誌論文] Discrimination of mammalian GPI-anchored proteins by their hydropathy and amino acid propensities2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Mukai, M. Ikeda, H. Tanaka, T. Konishi, O. Oura, T. Sasaki
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 77, 3 ページ: 526-533

  • [雑誌論文] Correlation between Proline-Proline/hydroxy-Proline in collagen proteins and the moisture content of the stratum corneum after oral ingestion2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Mukai, K. Machino, K. Etchuya, H. Tanaka, T. Sasaki
    • 雑誌名

      International Journal on Applied Bioengineering

      巻: 7, 1 ページ: 71-75

  • [学会発表] Structural aspects of proteins modified by oligosaccharides

    • 著者名/発表者名
      Kenji Etchuya, Yuri Mukai
    • 学会等名
      10th International Conference on Flow Dynamics
    • 発表場所
      Sendai, Japan
  • [学会発表] Correlations between protein secondary structure and glycosylation

    • 著者名/発表者名
      Kenji Etchuya, Yuri Mukai
    • 学会等名
      21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 12th European Conference on Computational Biology
    • 発表場所
      Berlin, Germany
  • [学会発表] Sequence analysis and discrimination of subcellular localization of type II membrane proteins

    • 著者名/発表者名
      Ryohei Nambu, Yuri Mukai
    • 学会等名
      21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 12th European Conference on Computational Biology
    • 発表場所
      Berlin, Germany
  • [学会発表] Characteristics for sugar modification from protein structure

    • 著者名/発表者名
      Kenji Etchuya, Yuri Mukai
    • 学会等名
      38th FEBS Congress
    • 発表場所
      St. Petersburg, Russia
  • [学会発表] Sequence analysis around transmembrane regions and discrimination of subcellular localization of type II membrane proteins

    • 著者名/発表者名
      Ryohei Nambu, Yuri Mukai
    • 学会等名
      38th FEBS Congress
    • 発表場所
      St. Petersburg, Russia
  • [学会発表] Physicochemical properties around cleavage sites by Caspase family proteases

    • 著者名/発表者名
      Tsubasa Ogawa, Kenji Etchuya, Ryohei Nambu, Yuri Mukai
    • 学会等名
      38th FEBS Congress
    • 発表場所
      St. Petersburg, Russia
  • [学会発表] Subcellular localization of GFP-signal sequence fusion proteins

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Takachio, Tatsuya Konishi, Hirotaka Takata, Takeo Terasaki, Noritaka Kato, Takanori Sasaki, Yuri Mukai
    • 学会等名
      38th FEBS Congress
    • 発表場所
      St. Petersburg, Russia
  • [学会発表] Prediction of secondary structure for loop domains in transmembrane proteins

    • 著者名/発表者名
      Sawako Tsunemoto, Ryohei Nambu, Kenji Etchuya, Yuri Mukai
    • 学会等名
      38th FEBS Congress
    • 発表場所
      St. Petersburg, Russia
  • [学会発表] Purification of Apoptosis Protein using II-D Cell Blot Method

    • 著者名/発表者名
      Keiya Nagashima, Takato Kimura, Yoshihiro Miyazaki, Yuri Mukai, Takeo Terasaki
    • 学会等名
      38th FEBS Congress
    • 発表場所
      St. Petersburg, Russia
  • [学会発表] Correlation between signal peptide sequences and physicochemical properties of mature formed proteins

    • 著者名/発表者名
      Kota Hamada, Kenji Etchuya, Ryohei Nambu, Yuri Mukai
    • 学会等名
      38th FEBS Congress
    • 発表場所
      St. Petersburg, Russia
  • [学会発表] 二次元セルブロット法の開発

    • 著者名/発表者名
      永島啓矢, シティ・マイサラ, 向井有理, 寺崎武夫
    • 学会等名
      第3回日本生物物理学会関東支部会
    • 発表場所
      東京
  • [学会発表] シグナルペプチド配列と成熟タンパク質の細胞内局在との相関性

    • 著者名/発表者名
      濱田康太, 越中谷賢治, 南部龍平, 向井有理
    • 学会等名
      第3回日本生物物理学会関東支部会
    • 発表場所
      東京
  • [学会発表] 糖転移酵素のタンパク質立体構造認識および糖鎖修飾の立体構造への影響

    • 著者名/発表者名
      越中谷賢治, 南部龍平, 向井有理
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
  • [学会発表] 膜タンパク質の膜貫通領域周辺のアミノ酸配列に着目した細胞内局在性解析

    • 著者名/発表者名
      南部龍平, 越中谷賢治, 向井有理
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
  • [学会発表] タンパク質のパルミトイル化要因の検討

    • 著者名/発表者名
      小川翼, 越中谷賢治, 向井有理
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
  • [学会発表] 人工シグナル配列を用いたGPIアンカー型タンパク質のGPI修飾能の調査

    • 著者名/発表者名
      高知尾尚志, 小西達也, 高田浩武, 寺崎武夫, 加藤徳剛, 佐々木貴規, 向井有理
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
  • [学会発表] 膜貫通タンパク質のループ領域二次構造予測のための条件検討

    • 著者名/発表者名
      常本沙和子, 南部龍平, 越中谷賢治, 向井有理
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
  • [学会発表] 二次元セルブロット法を用いたアポトーシスタンパク質の解析

    • 著者名/発表者名
      永島啓矢, シティ・マイサラ, 向井有理, 寺崎武夫
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
  • [学会発表] シグナルペプチド配列と成熟タンパク質の膜透過との相関

    • 著者名/発表者名
      濱田康太, 越中谷賢治, 南部龍平, 向井有理
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
  • [学会発表] 二次元セルブロット法を用いたアポトーシスタンパク質の分離

    • 著者名/発表者名
      永島啓矢, 木村尊斗, 宮崎吉弘, 池田(向井)有理, 寺崎武夫
    • 学会等名
      第13回蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取
  • [学会発表] タンパク質の二次構造と糖鎖修飾の相関性

    • 著者名/発表者名
      越中谷賢治, 池田(向井)有理
    • 学会等名
      第13回蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取

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公開日: 2015-05-28  

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