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2014 年度 実績報告書

ヌクレオフォスミンの新規ターゲットの探索と解明

研究課題

研究課題/領域番号 24700974
研究機関北陸先端科学技術大学院大学

研究代表者

鈴木 仁  北陸先端科学技術大学院大学, マテリアルサイエンス研究科, 特任助教 (00447690)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
キーワード選択的スプライシング / ヌクレオフォスミン / 細胞周期
研究実績の概要

T199リン酸化NPM(ヌクレオフォスミン)の標的エキソンを探索するため、NPM依存的な選択的スプライシングを細胞内で人為的に誘導する必要がある。平成24年度、T199リン酸化NPMを模倣する活性化型NPM(T199D-NPM)とその不活性型NPM(T199A-NPM)の発現ベクターを調製した。これらをHEK293細胞に導入して過剰発現を行いtotal RNAを抽出した。そして、細胞内で発生したスプライシングの変化をエキソンアレイにより解析した。平成25年度、エキソンアレイ解析を元に生物情報解析を行い、NPM依存的に細胞膜関連遺伝子群の発現変化が示唆される結果を得た。選択的スプライシングでは、標的エキソン候補群から無作為にRT-PCRによる検証を行なった。しかし、変化が認められる選択的エキソンは少数であった。
そのため平成26年度は、T199D-NPMとT199A-NPMの比較において、顕著なスプライシングが期待できる標的エキソンを同定する事とした。特に、アレイ解析の生物学的duplicateで矛盾しないスプライシングを示唆する事、既知の選択的エキソンである事を確認し、平均値として大きなSI値(スプライシングインデック)を示した選択的エキソンから順次RT-PCRによる検証を行なった。その結果、SI値が5以上を示す選択的エキソン群では、約半数のエキソンで変化が確認された。その後、プライマー設計が容易なSI値1.6までの候補エキソンを検証したが、急激に擬陽性率が増大した。最も顕著な変化は、白血病関連の転写因子で検出され、活性化型NPMによりC末側を欠失したアイソフォームの増大が示唆された。選択的スプライシングにおけるNPMを検証する上で興味深い標的エキソンが得られたといえる。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2014

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] A View of Pre-mRNA Splicing from RNase R Resistant RNAs2014

    • 著者名/発表者名
      Suzuki H, Tsukahara T
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 15 ページ: 9331-9342

    • DOI

      10.3390/ijms15069331

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Alternative splicing regulation of APP exon 7 by RBFox proteins2014

    • 著者名/発表者名
      Alam S, Suzuki H, Tsukahara T
    • 雑誌名

      Neurochem. Int.

      巻: 78 ページ: 7-17

    • DOI

      10.1016/j.neuint.2014.08.001

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Computational extraction of a neural molecular network through alternative splicing2014

    • 著者名/発表者名
      Alam S, Phan HT, Okazaki M, Takagi M, Kawahara K, Tsukahara T, Suzuki H
    • 雑誌名

      BMC Res. Notes

      巻: 7 ページ: 934

    • DOI

      10.1186/1756-0500-7-934

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 環状型転写産物の包括的理解に向けたDMD遺伝子ホットスポットの解析2014

    • 著者名/発表者名
      鈴木 仁、亀山俊樹、前田 明、塚原俊文
    • 学会等名
      第37回 日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜 (神奈川県 横浜市)
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [学会発表] Circular RNAとスプライシング2014

    • 著者名/発表者名
      鈴木 仁
    • 学会等名
      第一回北陸エピジェネティクス研究会
    • 発表場所
      金沢大学付属医学部図書館 十全記念スタジオ (石川県 金沢市)
    • 年月日
      2014-11-18 – 2014-11-19
    • 招待講演
  • [学会発表] Circular RNA and multiexon-skipping in the DMD gene hotspot2014

    • 著者名/発表者名
      Suzuki H
    • 学会等名
      RIKEN Symposium/15 th Tokyo RNA Club, Noncoding RNA Regulation
    • 発表場所
      理化学研究所和光キャンパス 鈴木梅太郎ホール (埼玉県 和光市)
    • 年月日
      2014-10-01
    • 招待講演
  • [学会発表] RBFoxによるAPP遺伝子exon7のスプライシング制御2014

    • 著者名/発表者名
      アラム シャフュール、鈴木 仁、塚原俊文
    • 学会等名
      第16回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      ウインクあいち(愛知県 名古屋市)
    • 年月日
      2014-07-22 – 2014-07-24

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公開日: 2016-06-01  

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