南極氷床底面から検出された７２万年以上前の微生物探査

2013 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 24710020
• 研究機関: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター及びライフサイ
• 研究代表者: 瀬川 高弘 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター及びライフサイ, 大学共同利用機関等の部局等, 助教 (90425835)
• キーワード: アイスコア / 微生物 / 南極 / 極限微生物

研究概要

前年度に引き続き，クリーンルーム内でのコンタミネーションを極力排除した少数細胞からのゲノム解析をおこなうためのプロトコール確立や，アイスコア表面に付着しているコンタミネーションを排除するための融解装置の改良をおこなった．新しい全ゲノム増幅方法を開発させ，南極氷床下の微生物からゲノム増幅産物の取得し，ゲノム産物から新型のハイスループット・DNAシーケンサーによって大量配列を得ることに成功した．配列をアセンブルし，サンプル中のゲノム配列を再構成した200塩基以上のコンティグ群を得た．コンティグ群上で遺伝子を同定し，それら遺伝子群から微生物の相対的分布を決定した．その結果各種バクテリア，アーキアが検出でき，南極氷床底部試料には幅広い微生物群が含まれていることが明らかになった．

研究成果

• [雑誌論文] 雪氷中のバクテリアが語るもの (2014)
  • 著者名/発表者名: 瀬川高弘,牛田一成,幸島司郎
  • 雑誌名: 雪氷 巻: 76 ページ: 59-67
  • 査読あり
• [雑誌論文] Distribution of antibiotic resistance genes in glacier environments (2013)
  • 著者名/発表者名: Segawa,T., Takeuchi, N., Rivera, A., Yamada, A., Yoshimura, Y., Baraza, G., Shinbori, K., Motoyama, H., Kohshima, S., and Ushida, K
  • 雑誌名: Environmental Microbiology Report 巻: 5 ページ: 127-134
  • DOI: 10.1111/1758-2229.12011
  • 査読あり
• [雑誌論文] Simultaneous Quantification of Multiple Food and Waterborne Pathogens by Use of Microfluidic Quantitative PCR (2013)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Ishii, Takahiro Segawa, and Satoshi Okabe
  • 雑誌名: Applied and Environmental Microbiology 巻: 79 ページ: 2891-2898
  • DOI: 10.1128/AEM.00205-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Recent melting status at the upstream part of the Gangjoe La Glacier, Bhutan Himalayas, determined by pollen analysis of an ice core. (2013)
  • 著者名/発表者名: Fumio NAKAZAWA, Takahiro SEGAWA, Shiro KOHSHIMA, Lobzang GYENDEN, Toshiyuki FUJIKI and Karma TOEB
  • 雑誌名: Bulletin of Glaciological Research 巻: 31 ページ: 1-4
  • 査読あり
• [学会発表] Ancient DNA analysis method (2014)
  • 著者名/発表者名: Takahiro Segawa
  • 学会等名: International Workshop on Methods for Biodiversity Research
  • 発表場所: 中国、上海
  • 年月日: 20140311-20140312
  • 招待講演
• [学会発表] Reconstructions of past flora using DNA analysis from Greenland icecore samples (2013)
  • 著者名/発表者名: Takahiro Segawa, Shinji Kondo and Hideaki Motoyama
  • 学会等名: 極域科学シンポジウム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20131112-20131115
• [学会発表] 極氷床底面から検出された微生物解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 近藤伸二、瀬川高弘、本山秀明
  • 学会等名: 極域科学シンポジウム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20131112-20131115
• [学会発表] Nitrogen cycle in cryoconites: naturally-occurring nitrification-denitrification granules on a glacier in Central Asia (2013)
  • 著者名/発表者名: Takahiro Segawa, Satoshi Ishii, Nobuto Ohte, Zhongqin Li, Yuichi Hongoh, Nozomu Takeuchi.
  • 学会等名: 3rd International conference on Nitrification
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20130902-20130905
• [学会発表] キルギス・グレゴリア氷河のアイスコア試料を用いたメタゲノム解析による古環境復元 (2013)
  • 著者名/発表者名: 瀬川 高弘、近藤伸二、竹内 望
  • 学会等名: 地球惑星科学連合大会
  • 発表場所: 千葉
  • 年月日: 20130519-20130524
• [学会発表] Simultaneous Quantification of Multiple Food and Waterborne Pathogens by Use of Microfluidic Quantitative PCR (2013)
  • 著者名/発表者名: S. Ishii, T. Segawa, S. Okabe
  • 学会等名: ASM General Meeting
  • 発表場所: 米国、デンバー
  • 年月日: 20130518-20130521