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2013 年度 研究成果報告書

メタボロームの統合化データベースの開発

研究課題

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研究課題/領域番号 24710215
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 ゲノム生物学
研究機関慶應義塾大学 (2013)
京都大学 (2012)

研究代表者

杉本 昌弘  慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 准教授 (30458963)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
キーワードメタボローム / データベース / パスウェイ / 可視化 / データ解析
研究概要

本研究ではデータの標準化が進んでいないメタボローム分野におけるデータの共有化と再利用を効率的に行うために、様々なユーザを想定した公開データベースと関連ツールの開発を行った。格納するデータは、定量値を利用するユーザ向けに代謝物プロファイル(代謝物の濃度パターン)、分子の同定を行う分析者向けに測定生データと、これらに関連した付帯情報(外部データへのリンクや、臨床サンプルなどを取り扱うための情報)を対象とする。また、代謝データを可視化するためのPathway可視化ツールの開発や、臨床情報の組み合わせによるデータ解析ツールも開発した。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (3件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Comparison of robustness against missing values of alternative decision tree and multiple logistic regression for predicting clinical data in primary breast cancer2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto, Masahiro Takada, Masakazu Toi
    • 雑誌名

      Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc

      ページ: 3054-3057

    • DOI

      10.1109/EMBC.2013.6610185

    • 査読あり
  • [学会発表] A challenge filling in the gap between experimental and theoretical biology2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto
    • 学会等名
      Complex Biodynamics & Networks
    • 発表場所
      Yamagata, Japan
    • 年月日
      2013-11-12
  • [学会発表] Bioinformatics provides novel insights into metabolomics2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto
    • 学会等名
      International Conference on Applied Informatics for Health and Life Science
    • 発表場所
      Istanbul, Turkey
    • 年月日
      2013-09-11
  • [学会発表] Comparison of robustness against missing values of alternative decision tree and multiple logistic regression for predicting clinical data in primary breast cancer2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto, Masahiro Takada, Masakazu Toi
    • 学会等名
      35^<th> Annual International IEEE EMBS Conference
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 年月日
      2013-07-05
  • [図書] システムバイオロジー:メタボロームの展開・生命のビッグデータ利用の最前線Frontier of Utilization of Big Data in Sciences(上田充美監修)2014

    • 著者名/発表者名
      杉本昌弘
    • 総ページ数
      32-40
    • 出版者
      シーエムシー出版社
  • [備考]

    • URL

      http://mmmdb.iab.keio.ac.jp/

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公開日: 2015-06-25  

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