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2012 年度 実施状況報告書

血管内皮細胞分化におけるエピジェネティクス解析

研究課題

研究課題/領域番号 24710227
研究機関東京大学

研究代表者

神吉 康晴  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (00534869)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
キーワード血管内皮細胞 / 転写因子 / 細胞分化
研究概要

マウスES細胞を分化誘導させ、VEGF(血管内皮増殖因子)受容体2(Flk、別名Kdr)陽性の中胚葉群をソート後、VEGFを48時間作用させることで血管内皮細胞を高い効率で誘導できる。この実験系において、ES細胞、Flkソート直後、VEGF刺激後6、12、24、48時間後のRNAを回収し、マイクロアレイ解析を行い、VEGFを作用させない群と比較して、有意に発現上昇する遺伝子群を経時的に抽出した。この中には、血管内皮細胞分化に必要であることが既に報告されているEtv2が含まれていることからも妥当な実験結果が得られている。特に早期に発現が誘導されてくる遺伝子は血管分化にとって重要であることが推測され、超早期群としてT, Etv2、早期群としてGata2, Fli1, Sox18等を抽出した。更に、上記分化系においてヒストン修飾抗体を用いたChIP-sequence解析を行った。アクティブなマークであるH3K4me3、抑制系マークであるH3K27me3修飾の両者が同時に入るbivalent geneは分化におけるマスター因子である可能性が高いことから経時的なbivalent geneの同定を行っている。上記マイクロアレイで抽出した遺伝子、及びbivalent geneの変動からGata2, Fli1, Sox7, Sox18といった遺伝子が協調的に血管内皮細胞を形成している可能性が示唆された。この可能性を検証するために、si-RNAを用いたノックダウン実験を行ったところ、4つの因子を阻害すると、有意差をもって内皮分化を阻害され、更に4因子を同時にノックダウンすると血管内皮細胞分化はほぼ完全に抑制されることを見出した。これらの結果は、特定の分化系において、遺伝子発現パターンとヒストン修飾変化から、マスター因子を同定する可能性を示唆している。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

本申請書の研究目的は、血管内皮細胞分化におけるエピゲノム情報を取得すること、転写因子GATA2の役割を解析すること、血管内皮細胞分化におけるマスター因子を同定すること、である。当初の計画では初年度は、分化における経時的なマイクロアレイ解析を行い、ヒストン修飾抗体を用いてChIP-sequenceを行うことであった。平成24年度は実際にマウスES細胞からの血管内皮細胞分化系を立ち上げ、マイクロアレイ解析、ChIP-sequence解析を既に終えている。更に、それらデータを統合することで、転写因子GATA2以外にEts転写因子ファミリータンパク質であるFli1, Erg, Sox転写因子ファミリーであるSox7, Sox18を新たにマスター因子候補として同定した。更に、これら因子をsi-RNAを用いてノックダウンすることで、内皮細胞分化効率が下がることも見出した。以上の実験を平成24年度に完了したことにより、当初の計画以上に進行している。

今後の研究の推進方策

平成25年度は上記知見を更に発展させ、ヒストン修飾抗体を用いたChIP-sequenceをより詳細なタイムコースで行う。具体的には、H3K4me3, H3K27me3修飾のみならず、H3K4me1, H3K27ac, 及びFAIRE-seqを行う。このことにより、内皮細胞が構築されて行く際の機能的なエンハンサーを同定することが期待できる。更に、本申請書の目的の一つである転写因子GATA2については、成熟血管内皮細胞ではその結合領域がほとんど非遺伝子部分であることからも、分化においても非遺伝子部分を制御しているという仮説を立てている。従って、上記仮説を検証するために、非遺伝子部分のエンハンサー、及び、non coding RNAを網羅的に解析し、GATA2のChIP-sequenceデータと統合する予定である。

次年度の研究費の使用計画

本研究における実験はマウスES細胞を用いる。細胞の培養には増殖因子を含む専用の培地が必要であり、特に使用頻度が高い。また、クロマチン免疫沈降に用いるビーズ等の試薬、各種ヒストン抗体が必要である。更に本研究で用いるillumina社のsolexa高速シークエンサーに検体をかけるためには、特にフローセルと呼ばれるガラス表面に結合させるためのリンカー結合の試薬、またフローセル自体を購入する必要がある。
また、ES細胞分化に関して連携研究者の所属する京都大学とデータ及び実験の相談をするための打ち合せ費用も計上した。
本年度は最終年度にあたり、上記にあるように、分化系において経時的なヒストン修飾変化を解析する。従って、結果を発表するための学会費用、出版費用も計上している。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2013 2012

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (10件)

  • [雑誌論文] Dynamic change of chromatin conformation in response to hypoxia enhances the expression of GLUT3 (SLC2A3) by cooperative interaction of hypoxia-inducible factor 1 and KDM3A.2012

    • 著者名/発表者名
      Mimura I, Nangaku M, Kanki Y,,,,et al
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol

      巻: 32(15) ページ: 3018-32

    • DOI

      10.1128/MCB.06643-11

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Alternative splicing of CD44 mRNA by ESRP1 enhances lung colonization of metastatic cancer cell.2012

    • 著者名/発表者名
      Yae T, Tsuchihashi K, Ishimoto T, Motohara T, Yoshikawa M, Yoshida GJ, Wada T, Masuko T, Mogushi K, Tanaka H, Osawa T, Kanki Y, et al
    • 雑誌名

      Nat Commun

      巻: 6;3 ページ: 883

    • DOI

      10.1038/ncomms1892.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] TNFα signals through specialized factories where responsive coding and miRNA genes are transcribed.2012

    • 著者名/発表者名
      Papantonis A, Kohro T, Baboo S, Larkin JD, Deng B, Short P, Tsutsumi S, Taylor S, Kanki Y, Kobayashi M, Li G, Poh HM, Ruan X, Aburatani H, Ruan Y, Kodama T, Wada Y, Cook PR.
    • 雑誌名

      EMBO J

      巻: 31(23) ページ: 4404-14

    • DOI

      10.1038/emboj.2012.288

    • 査読あり
  • [学会発表] Comprehensive analyses revealed the epigenetic switch during the endothelial cell differentiation.2013

    • 著者名/発表者名
      Yasuharu Kanki, Taichi Matsunaga, Youichiro Wada, Jun Yamashita, Takashi Minami
    • 学会等名
      第12回日本再生医療学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      20130321-20130323
  • [学会発表] Three Dimensional Chromatin Architecture Correlates with Two Opposite Transcription Factors, which contributes the Cell Specificity2013

    • 著者名/発表者名
      Yasuharu Kanki
    • 学会等名
      The 5th HOPE meeting
    • 発表場所
      グランドプリンスホテル新高輪
    • 年月日
      20130225-20130302
  • [学会発表] Two transcription factors mediated opposite chromatin conformation correlates with endothelial cell specificity2012

    • 著者名/発表者名
      Yasuharu KANKI, Teppei Shimamura, Miyako Fujii, Imari Mimura, Tsuyoshi Inoue, Takao Hamakubo, Hiroyuki Aburatani, Satoru Miyano, Takashi Minami, Youichiro Wada, Tatsuhiko Kodama
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      20121211-20121214
  • [学会発表] Molecular mechanism about sustained VCAM-1 induction by the transcriptome and epigenomic analyses.2012

    • 著者名/発表者名
      Yasuharu Kanki
    • 学会等名
      第20回日本血管生物医学会学術集会 (The 10th Korea-Japan Joint Symposium on Vascular Biology)
    • 発表場所
      徳島あわぎんホール
    • 年月日
      20121205-20121207
  • [学会発表] The initiation step about the changes of transcription factor bindings and histone modifications is involved in sustained gene inductions.2012

    • 著者名/発表者名
      Yasuharu Kanki, Hideto Tozawa, Jun-ichi Suehiro, Shuichi Tsutsumi, Takahide Kohro, Hiroyuki Aburatani, Youichiro Wada, Takashi Minami, Takao Hamakubo, Tatsuhiko Kodama
    • 学会等名
      Keystone Symposia 2013 Aging and Diseases of Aging
    • 発表場所
      Sheraton Miyako Hotel Tokyo
    • 年月日
      20121022-20121027
  • [学会発表] Regulation of the Endothelial-Mesenchymal Transition (EndMT)2012

    • 著者名/発表者名
      YASUHARU KANKI, Shuing Jiang, Shuichi Tstsumi, Takahide Kohro, Imari Mimura, Tatsuhiko Kodama, Makoto Naito, Hiroyuki Aburatani, Takashi Minami
    • 学会等名
      第71回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      札幌市教育文化会館
    • 年月日
      20120919-20120921
  • [学会発表] ChIP-sequence Reveals Functional Interleukin-4-Inducible STAT6 Binding to the Vascular Cell Adhesion Molecule 1 Promoter2012

    • 著者名/発表者名
      Yasuharu KANKI
    • 学会等名
      第12回東京大学生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学
    • 年月日
      20120630-20120630
  • [学会発表] Epigenetic Switch on the Differentiation of Mouse Vascular Endothelial Cells2012

    • 著者名/発表者名
      Yasuharu KANKI, Kohei Yamamizu, Jun Yamashita
    • 学会等名
      International Society for Stem Cell Research 10th Annual Meeting
    • 発表場所
      Pacifico Yokohama
    • 年月日
      20120613-20120616
  • [学会発表] ChIP-sequence Reveals Functional Interleukin-4-Inducible STAT6 Binding to the Vascular Cell Adhesion Molecule 1 Promoter2012

    • 著者名/発表者名
      Yasuharu Kanki
    • 学会等名
      NGS現場の会第2回研究会
    • 発表場所
      大阪ホテル阪急エキスポパーク
    • 年月日
      20120523-20120525
  • [学会発表] Epigenetically coordinated GATA2 bindings are necessary for the endothelial cell specificity2012

    • 著者名/発表者名
      Yasuharu Kanki, Takahide Kohro, Shuichi Tsutsumi, Imari Mimura, Takao Hamakubo, Takashi Minami, Youichiro Wada, Hiroyuki Aburatani, Tatsuhiko Kodama
    • 学会等名
      第6回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      東京都学術総合センター
    • 年月日
      20120514-20120515

URL: 

公開日: 2014-07-24  

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