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本研究では，少量細胞（微量のDNA試料）におけるDNAメチローム解析手法の開発と，そのデータに内在するバイアスを補正することによる定量的なDNAメチル化状態の算出を目的とする．高速シークエンスをもちいたDNAメチローム解析にはバイサルファイト法やメチル化DNA濃縮などの方法によるものなどがあるが，本研究はメチル化感受性の制限酵素によって処理したDNA断片の末端を濃縮することによって，制限酵素サイト内のシトシンのメチル化レベルを算出する手法をベースとしている．これまでに同手法をベースとしてマイクロアレイによるプロファイリングをおこなっており，本研究ではより包括的なプロファイルを取得することを目的として開発を試みた．
はじめに少量の試料においてDNAメチロームデータを得るための高速シークエンス手法の開発（シークエンスライブラリ構築およびデータ解析）をおこない，同手法をマウス細胞分化系譜に適用した．メチル化依存性の制限酵素HpaIIで処理したDNAの末端配列を高速シークエンサーによって解析し，メチル化非依存性の制限酵素MspIで処理したDNA で取得したデータを標準としてもちいる．1サンプルあたり各々約5～6千万程度のリード深度で解析をおこない，これらをマウスのリファレンスゲノムにマッピングし，制限酵素部位のリード数の比からメチル化レベルを推定した．既存の手法（Reduced Representation Bisulfite Sequence法）の結果などとも比較し，その結果妥当性を検証した．
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