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2000年分権改革以前は、都道府県教委が指導行政の主体であり、市町村教委への指導主事配置率は30％未満であったが、市町村合併の影響もあり、2011年は61.6%となっている。市町村教委への指導主事配置が増加する一方で県の出先機関である教育事務所は統廃合され、指導主事配置数も減少傾向にある。県・事務所レベルから市町村レベルへ指導行政の主体がシフトしつつある。
これまで県・事務所レベルで担っていた教職員への「指導助言活動」はもちろんのこと「学校経営支援」さらには「自治体独自の教育施策の立案・調整」が指導主事の職務として位置づけられ、自治体独自のカリキュラム改革を推進し、学力向上に取り組んでいる。
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