• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2013 年度 実績報告書

天然変性タンパク質の相互作用解析による新規分子認識モデルの創成

研究課題

研究課題/領域番号 24750166
研究機関東京大学

研究代表者

長門石 曉  東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 助教 (30550248)

キーワード天然変性蛋白質 / 物理化学解析 / 溶媒和 / 核酸
研究概要

当該年度では、熱力学的、及び分光学的手法を用いて、YB-1の核酸結合メカニズムを物理化学的に解析した。さらにYB-1の核酸結合部位を同定するために、YB-1の欠損体を作製し核酸との結合を調べた。
既に結合することが分かっているY-box配列DNAの一本鎖 (cY-box DNA) とYB-1の非翻訳領域RNA (YmRNA) を用いて等温滴定型熱量計ITCによる結合解析を行った。DNAとの結合実験より、DNAの主な結合部位はC末端領域(C-term1)であることが示された。一方RNAとの結合実験では、N末端領域(CSD)に対して強い発熱反応を示した。これはCSDがRNAとの結合に重要であることを示唆した。さらに塩濃度変化と比熱容量解析の結果より、C-term1とDNAは非静電的な結合で、疎水面からの脱水和が起きていることが示唆された。一方、CSDとRNA間の結合は静電的な特徴を有した特異的な結合である可能性が示された。
本研究より、YB-1はDNAとRNAの結合に対して、それぞれC-term1とCSDが重要な結合ドメインであり、核酸間で異なる結合メカニズムを有していることが明らかとなった。DNAに対する非静電的な結合は、YB-1が二重鎖DNAをほどいて転写を抑制する機能と関与する可能性が考えられる。一方でCSDはRNAに対して特異的な結合を示し、mRNAに対する翻訳制御に関与しているかもしれない。このように、YB-1と核酸間の物理化学的な定量解析により、YB-1の分子レベルでの機能を明らかにすることに成功した。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Affinity Improvement of a Therapeutic Antibody by Structure-Based Computational Design: Generation of Electrostatic Interactions in the Transition State Stabilizes the Antibody-Antigen Complex.2014

    • 著者名/発表者名
      M. Kiyoshi, J. M. M. Caaveiro, E. Miura, S. Nagatoishi, M. Nakakido, S. Soga, H. Shirai, S. Kawabata and K. Tsumoto
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 9 ページ: e87099

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0087099

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification and characterization of the X-dimer of human P-cadherin: Implications for homophilic cell adhesion.2014

    • 著者名/発表者名
      S. Kudo, J. M. M. Caaveiro, S. Goda, S. Nagatoishi, K. Ishii, T. Matsuura, Y. Sudou, T. Kodama, T. Hamakubo and K. Tsumoto
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 53 ページ: 1742-1752

    • DOI

      10.1021/bi401341g

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dissecting the contribution of thrombin exosite I in the recognition of thrombin binding aptamer.2013

    • 著者名/発表者名
      A. Pica, I. Russo Krauss, A. Merlino, S. Nagatoishi, N. Sugimoto and F. Sica
    • 雑誌名

      FEBS J.

      巻: 280 ページ: 6581-6588

    • DOI

      10.1111/febs.12561

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hyperthin nanochains composed of self-polymerizing protein shackles.2013

    • 著者名/発表者名
      R. Matsunaga, S. Yanaka, S. Nagatoishi and K. Tsumoto
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 4 ページ: 2211

    • DOI

      10.1038/ncomms3211

    • 査読あり
  • [学会発表] 癌関連蛋白質Y-box binding protein 1の物理化学的手法を用いた機能解析2014

    • 著者名/発表者名
      田邊裕美子、長門石曉、西方敬人、杉本直己、津本 浩平
    • 学会等名
      第13回 日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館(鳥取市)
    • 年月日
      20140612-20140614
  • [学会発表] 生命分子相互作用解析:ITC とSPR2014

    • 著者名/発表者名
      長門石曉、津本浩平
    • 学会等名
      日本薬学会第134年会
    • 発表場所
      くまもと県民交流会館パレアホール(熊本県熊本市)
    • 年月日
      20140327-20140330
  • [学会発表] 天然変性型蛋白質の機能制御へ向けた核酸結合蛋白質YB-1の物理化学的解析2013

    • 著者名/発表者名
      長門石曉、田邊 裕美子、西方 敬人、杉本 直己、津本 浩平
    • 学会等名
      第7回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      20130927-20130929
  • [学会発表] 分子間相互作用をミクロに捕らえる 表面プラズモン共鳴法と熱測定の活用

    • 著者名/発表者名
      長門石曉、津本浩平
    • 学会等名
      第17回コロイド・界面フォーラム
    • 発表場所
      KKR江の島ニュー向洋(神奈川県藤沢市)
    • 招待講演

URL: 

公開日: 2015-05-28  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi