天然変性タンパク質の相互作用解析による新規分子認識モデルの創成

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 24750166
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生体関連化学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 長門石 曉 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 助教 (30550248)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: 天然変性型蛋白質 / 熱力学 / 相互作用 / 核酸

研究概要

本研究では、IDPと核酸間の相互作用のメカニズムの解明を目指し、ヒト由来のY-box binding protein 1 (YB-1) をモデル蛋白質として取り上げた。本研究における熱量解析の結果より、YB-1はC-term1をDNA結合部位として機能させていることが示された。一方、YB-1のCSD領域はRNAと特異的な相互作用をする部位であることが分った。これらの結論は、YB-1を欠損体から評価できたこと、さらに分子環境変化に基づく物理化学的解析によって明らかになったことがポイントとして挙げられる。このように、本研究課題に掲げた分子環境と分子認識との深い関連性を示唆する研究成果が得られた。

研究成果

• [雑誌論文] Affinity Improvement of a Therapeutic Antibody by Structure-Based Computational Design : Generation of Electrostatic Interactions in the Transition State Stabilizes the Antibody-Antigen Complex (2014)
  • 著者名/発表者名: M. Kiyoshi, J. M. M. Caaveiro, E. Miura, S. Nagatoishi, M. Nakakido, S. Soga, H. Shirai, S. Kawabata and K. Tsumoto
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 9 ページ: e87099
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0087099
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dissecting the contribution of thrombin exosite I in the recognition of thrombin binding aptamer (2013)
  • 著者名/発表者名: A. Pica, I. Russo Krauss, A. Merlino, S. Nagatoishi, N. Sugimoto and F. Sica
  • 雑誌名: FEBS J. 巻: 280 ページ: 6581–6588
  • DOI: 10.1111/febs.12561
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hyperthin nanochains composed of self-polymerizing protein shackles (2013)
  • 著者名/発表者名: R. Matsunaga, S. Yanaka, S. Nagatoishi and K. Tsumoto
  • 雑誌名: Nat. Commun. 巻: 4 ページ: 2211
  • DOI: 10.1038/ncomms3211
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification and characterization of the X-dimer of human P-cadherin : Implications for homophilic cell adhesion (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Kudo, J. M. M. Caaveiro, S. Goda, S. Nagatoishi, K. Ishii, T. Matsuura, Y. Sudou, T. Kodama, T. Hamakubo and K. Tsumoto
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 53 ページ: 1742–1752
  • DOI: 10.1021/bi401341g
  • 査読あり
• [雑誌論文] Interaction of water with G-quadruplex loop contributes to the binding energy of G-quadruplex to protein (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Nagatoishi and N. Sugimoto
  • 雑誌名: Mol. BioSyst. 巻: 8 ページ: 2766–2770
  • DOI: 10.1039/C2MB25234A
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural and functional characterization of RecG helicase under dilute and molecular crowding conditions (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Saxena, S. Nagatoishi, D. Miyoshi and N. Sugimoto
  • 雑誌名: J. Nucleic acids 巻: 2012 ページ: 392039
  • DOI: 10.1155/2012/392039
  • 査読あり
• [学会発表] 生命分子相互作用解析 : ITCとSPR (2014)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉・津本浩平
  • 学会等名: 日本薬学会第134年会
  • 発表場所: くまもと県民交流会館パレアホール(熊本県熊本市)
  • 年月日: 2014-03-30
• [学会発表] 天然変性型蛋白質の機能制御へ向けた核酸結合蛋白質YB-1の物理化学的解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉・田邊裕美子・西方敬人・杉本直己・津本浩平
  • 学会等名: 第7回バイオ関連化学シンポジウム
  • 発表場所: 名古屋大学東山キャンパス(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2013-09-28
• [学会発表] 分子間相互作用をミクロに捕らえる表面プラズモン共鳴法と熱測定の活用 (2013)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉・津本浩平
  • 学会等名: 第17回コロイド・界面フォーラム
  • 発表場所: KKR江の島ニュー向洋(神奈川県藤沢市)
  • 年月日: 2013-07-18
• [学会発表] 癌関連蛋白質Y-box binding protein 1の物理化学的手法を用いた機能解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田邊裕美子・長門石曉、西方敬人、杉本直己、津本浩平
  • 学会等名: 第13回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: とりぎん文化会館(鳥取市)
  • 年月日: 2013-06-12
• [学会発表] Y-box binding protein 1(YB-1)の物性とDNA結合メカニズムの解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田邊裕美子・長門石曉・西方敬人・杉本直己・津本浩平
  • 学会等名: 日本化学会第93春季年会
  • 発表場所: 立命館大学びわこ・くさつキャンパス(草津市)
  • 年月日: 2013-03-22
• [学会発表] Physicochemical studies of YB-1 functions and structures (2013)
  • 著者名/発表者名: Satoru Nagatoishi, Yumiko Tanabe, Kouhei Tsumoto
  • 学会等名: Biophysical Society 58th Annual Meeting
  • 発表場所: Moscone Center (San Francisco, CA)
  • 年月日: 2013-02-18
• [学会発表] Effects of a thymine residue deletion in TT loops on thrombin-‐TBA recognition interactions : a crystallographic study (2012)
  • 著者名/発表者名: Irene Russo Krauss, Andrea Pica, Antonello Merlino, Satoru Nagatoishi, Naoki Sugimoto, Lelio Mazzarella and Filomena Sica
  • 学会等名: CONFORMATIONAL DIVERSITY AND APPLICATIONS OF G-QUADRUPLEXES
  • 発表場所: Spain
  • 年月日: 20121006-08
• [学会発表] Thermodynamics and hydration effects on the interaction between DNA G-quadruplex and thrombin (2012)
  • 著者名/発表者名: Satoru Nagatoishi, Naoki Sugimoto
  • 学会等名: The Second Asian Chemical Biology Conference, ACBC2012
  • 発表場所: Okinawa
  • 年月日: 20120704-06
• [図書] 「等温滴定型カロリメトリー」ぶんせき (2012)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉・津本浩平
  • 出版者: 日本分析化学会
• [備考]
  • URL: http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/phys-biochem/