研究課題
本研究ではメチル化DNAに結合するRNAアプタマーを同定するために、メチル化CpGとメチル化二本鎖DNAを標的分子としてアプタマーのスクリーニングを実施した。メチル化CpGを標的分子として8ラウンドのスクリーニングを実施したところ、濃縮されたライブラリーは2種類の配列に収束した。それらを合成し、メチル化CpGに結合するか蛍光偏光解消法により解析した結果、両配列ともメチル化CpGに結合することが示唆された。しかし、得られたRNA配列は非メチル化CpGに対しても同様に結合することが示唆されたため、メチル化CpGのメチル基を特異的に認識していない可能性が考えられた。次にメチル化二本鎖DNAを標的分子として5ラウンドのスクリーニングを実施したところ、濃縮されたライブラリーは4種類の配列に収束した。そこで、同定したRNAを合成し、メチル化二本鎖DNAまたは非メチル化二本鎖DNAに結合するか検討したところ、同定したRNAは両DNAに解離定数10nM程度で結合した。今後同定されたアプタマーの特異性を改良することにより、メチル化DNA特異的なアプタマーの同定が期待でき、それを用いたメチル化DNA検出方法の開発が期待される。
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