| 研究課題/領域番号 |
24770070
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| 研究機関 | 沖縄科学技術大学院大学 |
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研究代表者 |
井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, 数理生物学ユニット, 研究員 (10596779)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2016-03-31
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| キーワード | 全ゲノム重複 / 真骨類 / 分子系統 |
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| 研究実績の概要 |
本研究課題の目的は，1) 条鰭類ゲノムデータから高次系統の分子分析に有用なオーソロガス遺伝子を選定する解析パイプラインを構築する点にある．もしこの目的を達成した場合は，2) 魚類系統の解明に不可欠な条鰭類下位群数種のトランスクリプトームデータを解読すること，そして 3) パイプラインを用いて作成したデータベースとあたらに得られたゲノムデータから系統解析に有用な遺伝子を選抜して，下位条鰭類の時間軸付き系統樹を推定する，ことを目的とした．
1) [相同遺伝子選定パイプラインの完成] 前年度までに作成したパイプラインをいくつかのデータセットで解析を行い，より精度を上げた．
2) [トランスクリプトームデータ解読] 今年度は解析と論文作成に集中するために，データ解読は行わなかった．
3) [系統解析とデータの配信] トランスクリプトームデータを用いた下位条鰭類主要系統間の分子分析は行っていない．一方で，新たに浮上した問題である「真骨類魚類ゲノム進化の解明」に関する解析を終えて，論文として投稿した．
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
1) [相同遺伝子選定パイプラインの完成] 達成した．
2) [トランスクリプトームデータ解読] 今年度は解析と論文作成に集中するため，および解析機器がまだ不十分であると判断したために，データ解読は行わなかった．
3) [系統解析とデータの配信] トランスクリプトームデータを用いた下位条鰭類主要系統間の分子分析は行っていない．これは 2 の理由により，データがそろっていない為である．一方で，新たに浮上した問題である「真骨類魚類ゲノム進化の解明」に関する解析を終えて，論文として投稿した．この点では予想を上回る成果を得た．
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| 今後の研究の推進方策 |
1) [相同遺伝子選定パイプラインの完成] 脊椎動物全体を視野に入れたパイプラインを作成中である．
2) [トランスクリプトームデータ解読] 一年間の延長を行ったので，下位条鰭類のいくつかの種についてトランスクリプトームデータの解読を計画している．
3) [系統解析とデータの配信] 2 のデータ解読次第で系統解析を行う．論文として公開されればデータベースが利用可能になるため，ユーザーの要望に応える形に改善を行う．
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| 次年度使用額が生じた理由 |
トランスクリプトームデータ解読を，次年度以降に行うよう計画を変更したため．
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| 次年度使用額の使用計画 |
アミアやアロワナ，ウナギ類などのトランスクリプトームデータ解読を行う．これにともなう消耗品代金として予算を使う．これまでの経験としては，1 種につき 20 万円弱の消耗品費用がかかると予想される．解析を行う種数は，使用可能な予算に合わせて決める予定である．
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