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2015 年度 実績報告書

核ゲノムデータを用いた条鰭類の系統解析に向けて:相同遺伝子選定パイプラインの構築

研究課題

研究課題/領域番号 24770070
研究機関沖縄科学技術大学院大学

研究代表者

井上 潤  沖縄科学技術大学院大学, Mathematical Biology, 研究員 (10596779)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2016-03-31
キーワード全ゲノム重複 / 真骨魚類 / 分子系統
研究実績の概要

本研究課題は,核ゲノムデータを用いた条鰭類の系統解析に向けたデータ解析方法の開発を目標した.この最終目標に向けて,より短期的な目標として以下 3 点を掲げた:1) 条鰭類ゲノムデータから高次系統の分子分析に有用なオーソロガス遺伝子を選定する解析パイプラインを構築する.2) 魚類系統の解明に不可欠な条鰭類下位群数種のトランスクリプトームデータを解読する.3) 開発したパイプラインを用いて解読したゲノムデータから系統解析に有用な遺伝子を選抜してデータベース化し,下位条鰭類の時間軸付き系統樹を作成する.
1) [相同遺伝子選定パイプライン] 信頼性の高いゲノムデータを解読するパイプラインを完成させた.
2) [トランスクリプトームデータの解読] 予備的な解析を行った結果,データ解読は将来的な課題として残すことにした.
3) [系統解析とデータの配信] データベースをウェブサイトから配信した.時間軸付き系統樹の作成と公開は将来の課題とした.
以上の手順から得られた結果を論文としてまとめた.

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2015 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Rapid genome reshaping by multiple-gene loss after whole-genome duplication in teleost fish suggested by mathematical modeling.2015

    • 著者名/発表者名
      Inoue J, Sato Y, Sinclair R, Tsukamoto K, Nishida M.
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 112 ページ: 14918-14923

    • DOI

      10.1073/pnas.1507669112

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Identification of phylogenetic marker gene considering whole genome duplication and species tree2015

    • 著者名/発表者名
      Inoue J., Sato, Y., Sinclair, R., Nishida, M.
    • 学会等名
      Introduction to the analysis of molecular evolution in the genomic era.
    • 発表場所
      Fudan University, Shanghai
    • 年月日
      2015-11-06 – 2015-11-07
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 全ゲノム重複と種の系統樹を考慮した系統解析マーカ遺伝子の選定2015

    • 著者名/発表者名
      井上 潤,佐藤 行人,シンクレア ロバート,塚本 勝巳,西田 睦
    • 学会等名
      日本進化学会年会
    • 発表場所
      中央大学,東京
    • 年月日
      2015-08-20 – 2015-08-23
    • 招待講演
  • [備考] FishOrthoDB

    • URL

      http://fish-evol.unit.oist.jp/cgi-bin/TGD.cgi

URL: 

公開日: 2017-01-06  

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