| 研究課題/領域番号 |
24780044
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| 研究機関 | 宮崎大学 |
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研究代表者 |
菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2016-03-31
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| キーワード | ゲノム / 線虫 / 寄生虫 |
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| 研究実績の概要 |
多くの寄生性線虫における難培養性はゲノム解析時の大きな障害となっている。１個体からの全ゲノム増幅‐次世代シーケンサーの組み合わせによる解析は、寄生性線虫におけるゲノム研究に大きな進歩をもたらすと期待される。本研究では寄生性線虫における効率の良いゲノム解析を行うための全ゲノム増幅（WGA）－次世代シーケンシング法を開発し、線虫個体間の比較ゲノム解析に用いることで寄生線虫の病原性関連遺伝子の解明を目指す。今年度は、昨年度までにモデル線虫で確立した1個体からのWGAシーケンシング法を他線虫に適応し、集団における個体の多様性を全ゲノムレベルで検出することを試みた。動物寄生線虫であるStrongyloides ratti, Strongyloides venezuelensis線虫に感染したラットの糞を２％寒天培地上でインキュベートし這い出した感染幼虫をワームピッカーを用いてWorm Lysis Solutionを含むチューブに各1個体ずつ移動した。線虫溶解液の一部をWGA反応に供し、得られた増幅DNAを用いてシーケンスライブラリ（Nextera）を作成した。次世代シーケンサー（Miseq、Ilumina)で獲得したリードをリファレンスゲノムにマッピングし、SNP、Indel、CNVの検出を行うことができた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
モデル線虫で確立した手法を他の線虫種にも適用することで個体レベルの多様性解析を行うことができた。当初の達成目標はおおむねクリアできている。
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| 今後の研究の推進方策 |
次世代シーケンサーの解析が混雑しているためデータの獲得までに時間を要し、研究期間延長を行った。今年度は解析用サンプルを前倒しで準備することで、早めのデータ獲得を行う。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
次世代シーケンサーの解析が混雑しているためデータの獲得までに時間を要したため、次年度使用額と研究期間延長を行った。
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| 次年度使用額の使用計画 |
今年度は解析用サンプルを前倒しで準備することで、早めのデータ獲得を行う。
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