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2015 年度 研究成果報告書

絶対寄生性線虫の全ゲノム増幅による次世代シーケンシング解析

研究課題

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研究課題/領域番号 24780044
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 植物病理学
研究機関宮崎大学

研究代表者

菊地 泰生  宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2016-03-31
キーワード寄生虫 / ゲノム / ゲノム増幅
研究成果の概要

寄生性線虫における難培養性はゲノム解析時の大きな障害となる。本研究では寄生性線虫における効率の良いゲノム解析を行うための全ゲノム増幅(WGA)-次世代シーケンシング法を開発することを目指した。既存の全ゲノム増幅シーケンシングデータを用いて問題点を抽出し、この問題を解消する3種のWGA方法を考案した。それぞれの方法をモデル線虫C. elegansを使用し、増幅均一性、一塩基多型、キメラ構造DNAの生成について検証した。その結果、いずれのゲノム増幅法も一塩基多型への影響はあまり大きくないこと、大きなサイズのライブラリーには増幅時に作成されるキメラDNAが品質に大きな影響を与えることを明らかにした。

自由記述の分野

寄生虫ゲノミクス

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公開日: 2017-05-10  

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