イオンチャネル関連疾患における遺伝型‐表現型予測法の開発に関する研究

2013 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 24790336
• 研究機関: 浜松医科大学
• 研究代表者: 吉田 秀一 浜松医科大学, 医学部, 助教 (10580574)
• キーワード: 表現型予測 / SCN1A / 遺伝子診断 / 確率モデル

研究概要

本研究課題では、発症時の臨床症状が極めて酷似し、ともに電位依存性Na+チャネル（Nav1.1チャネル）をコードするSCN1A遺伝子変異に起因する2疾患、SCN1A関連てんかん性脳症(SRIEE)（Dravet症候群, Lennox-Gastaut症候群など）と全般てんかん熱性けいれんプラス（GEFS+）の遺伝子型-表現型相関解析を通して、遺伝性疾患における遺伝子型-表現型予測への情報学的手法（データマイニングおよび機械学習法・確率モデル）の応用を模索している。この中で本年度は、サポートベクタマシン, ランダムフォレスト, 決定木などから本研究課題に適合する確率モデルの評価を行った。加えて、アミノ酸の生物物理学・生化学的特性データベースに対する上記疾患由来変異のデータマイニング解析により、野生型Nav1.1チャネルとGain-of-function/Loss-of-functionを呈す変異型Nav1.1チャネル間では疎水性・等電荷点において統計的に有意な変化を示すといった、対象2疾患における遺伝子型-表現型相関の一端を解明した。

研究成果

• [雑誌論文] Anger in epilepsy patients with depression and patients with idiopathic major depression: A comparison study (2014)
  • 著者名/発表者名: Mori Y, Kanemoto K, Onuma T, Tanaka M, Oshima T, Kato H, Tachimori H, Wada K, Kikuchi T, Tomita T, Chen L, Liu F, Yoshida S, Kato M, Kaneko S
  • 雑誌名: The Tohoku Journal of Experimental Medicine 巻: 232 ページ: 123-128
  • DOI: doi: 10.1620/tjem.232.000
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel prophylactic effect of furosemide treatment on autosomal dominant nocturnal frontal lobe epilepsy (ADNFLE) (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamada J, Zhu G, Okada M, Hirose S, Yoshida S, Shiba Y, Migita K, Mori F, Sugawara T, Chen L, Liu F, Yoshida S, Ueno S, Kaneko S
  • 雑誌名: Epilepsy Research 巻: 107 ページ: 127-137
  • DOI: doi: 10.1016/j.eplepsyres.2013.08.018.
  • 査読あり
• [雑誌論文] てんかんとイオンチャネル（特集：イオンチャネル病のすべて） (2013)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀一, 兼子 直
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 巻: 245 ページ: 740-744
• [学会発表] A Computational Approach for Predicting SCN1A-related Epilepsy Phenotypes based on Physico-chemical Property Changes (2013)
  • 著者名/発表者名: Yoshida S, Kaneko S, Nishio T
  • 学会等名: The 24th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: Singapore
  • 年月日: 20131213-20131215
• [図書] 別冊 医学のあゆみ (2014)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀一, 兼子 直
  • 総ページ数: 5
  • 出版者: 医歯薬出版