ゲノム比較による細菌病原性の進化の解明

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 24790412
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 細菌学(含真菌学)
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 古田 芳一 東京大学, 新領域創成科学研究科, 特任助教 (40613667)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: ゲノム比較解析 / ピロリ菌 / 次世代シークエンサー / ゲノム再編 / de novo assembly / Mate-pairライブラリ / ゲノム進化

研究概要

本研究により、次世代シークエンサーを用いて高精度・高速にピロリ菌の完全長のゲノム配列を解読する手法を確立した。ピロリ菌東アジア株30株について実際に解読に成功し、ゲノム比較解析を行うことで東アジア株にoipA遺伝子の重複やモリブデン代謝遺伝子の欠失、六通りのゲノムの逆位など、地域特異的な遺伝子の有無やゲノムの逆位など過去の少数株比較の結果で得られていたものと同様の特徴を多数株についても見いだした。

研究成果

• [雑誌論文] Chromosome painting in silico in a bacterial species reveals fine population structure (2013)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Yoshikazu Furuta, Kenshiro Oshima, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Masahira Hattori, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol 巻: 30(6) ページ: 1454-1464
  • DOI: 10.1093/molbev/mst055
  • 査読あり
• [学会発表] Chromosome painting in silico in a bacterial species reveals fine population structure (2014)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Yoshikazu Furuta, Masahira Hattori, Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: 第87回日本細菌学会総会
  • 発表場所: タワーホール船堀、東京都
  • 年月日: 2014-03-26
• [学会発表] Chromosome painting in silico in a bacterial species reveals fine population structure (2014)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Yoshikazu Furuta, Kenshiro Oshima, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Masahira Hattori, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: 第8回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京農業大学、東京都
  • 年月日: 2014-03-07
• [学会発表] 種内集団構造のインシリコ染色体ペインティングによる解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 矢原耕史、古田芳一、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、小林一三
  • 学会等名: 日本遺伝学会第85回大会
  • 発表場所: 慶應義塾大学、神奈川県
  • 年月日: 2013-09-21
• [学会発表] 種内集団構造のインシリコ染色体ペインティングによる解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 矢原耕史、古田芳一、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、小林一三
  • 学会等名: 日本進化学会第15回大会
  • 発表場所: 茨城大学、茨城県
  • 年月日: 2013-08-29