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2014 年度 実績報告書

クライオ電子顕微鏡による生体分子モーターの立体構造と機能の解明

研究課題

研究課題/領域番号 25000013
研究機関大阪大学

研究代表者

難波 啓一  大阪大学, 生命機能研究科, 教授 (30346142)

研究分担者 川岸 郁朗  法政大学, 生命科学部, 教授 (80234037)
研究期間 (年度) 2013-04-26 – 2018-03-31
キーワードナノマシン / 分子モーター / クライオ電子顕微鏡 / 単粒子像解析 / 立体構造 / 光学顕微ナノ計測 / べん毛モーター / ブラウン・ラチェット
研究実績の概要

導入した電子線直接検知型CMOSカメラは安定稼働し、高感度・高解像度・高速画像記録を活かして格段に高解像度の電子顕微鏡像データ収集が可能になった。ロンドンCancer Centerグループとの共同研究では、免疫センサーであるタンパク質受容体DNGR-1とアクチン繊維の複合体の構造から損傷細胞のアクチン繊維を認識する分子機構を解明。論文はImmunityに掲載予定である。ダイニンストーク微小管複合体の構造解析ではモーターの一方向運動に必須なチューブリンのアミノ酸残基が一対の逆向き分子間イオン結合に関与することを同定。論文はJ. Cell Biol.に掲載された。骨格筋の細いフィラメントでは、効率のよい単離精製条件と急速凍結氷包埋によってもトロポミオシン・トロポニンが解離しない緩やかな化学架橋法を確立し、構造解析を進めた結果トロポニンの構造が見え始め、その結合部位のアクチンにも大きな構造変化を見いだした。トロポニンへのCaイオン結合によるアクチン・ミオシン相互作用のOn-Off制御にアクチンの構造変化も関与することを示しており、筋収縮のCa制御機構に大きな手掛かりを得た。アクチン・ミオシン複合体の構造では、ミオシンへのATPの結合解離と共役したアクチン・ミオシンの結合解離の仕組みを解明し、弱結合構造がブラウン・ラチェットとして働く仕組みを発見した。べん毛モーターの固定子プロトンチャネル複合体については、特殊な界面活性剤を活用して単離精製法を確立し、構造解析に向けて大きな進展があった。べん毛モーターの機能解析では、超高速カメラとレーザー光学系による高時間空間分解能の回転ナノ計測により高速回転ステップの速度分布の計測に成功し、固定子なしで回転ブラウン運動するモーターの速度分布との類似性からブラウン・ラチェットとしてトルクを発生する仕組みに強い手掛かりを得た。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

初年度に設計仕様を固めたクライオ電子顕微鏡の低温試料ステージと電子光学系の改造については、当初の計画どおり平成26年度中に装置の製作を完了し、電子顕微鏡への実装は平成27年5月の予定で、高解像度像データの自動収集が可能になる。超分子の構造解析では、骨格筋の細いフィラメント(トロポミオシン・トロポニンの結合したアクチン繊維複合体)の構造解析が当初の計画より早く進展し、予想外の構造が見え始めたことは大きな成果である。高速カメラとレーザー光学系を組合せた光学顕微ナノ計測システムによるべん毛モーター高速回転ステップの速度計測は、当初の計画では平成27年度に実施の予定であったが、開発した光学顕微装置が高精度で安定稼働し多くの高分解能計測データが収集できたため、定量的なステップ速度分布からブラウン・ラチェット機構を示す確かな手掛かりを得ることができた。アクチン・ミオシン複合体の構造から、ミオシンへのATPの結合解離と共役したアクチン・ミオシンの結合解離の仕組みを解明し、弱結合構造がブラウン・ラチェットとして働く仕組みを発見できたことも計画にはなかったことである。

今後の研究の推進方策

クライオ電子顕微鏡による構造解析法に一段と工夫を加え、当初の計画に沿って様々な超分子モーターの立体構造解析を進める。骨格筋の細いフィラメントではCaイオン非存在下でミオシンの結合できないOff構造の構造解析を進め、2次構造の見える分解能を目指すとともに、Caイオン存在下のOn構造の像データ収集も開始する。べん毛モーター固定子プロトンチャネルについても、まずはヘリックスの配置が見える分解能での構造解析をめざす。べん毛基部体やニードル複合体についても固定子の可溶化・安定化に用いた特殊な界面活性剤を活用し、単分散した急速凍結氷包埋試料の作成法を早期に確立して高分解能での構造解析を目指す。
べん毛モーターのトルク発生とその制御機構の解明をめざす光学顕微ナノ計測では、昨年度中に高速回転ステップの計測が可能になり、ブラウン・ラチェットとして働くメカニズムに手掛かりが得られたことから、今後は様々な変異モーターについての計測や、温度や細胞内プロトン濃度の変化の影響を定量的に計測してデータを蓄積し、ブラウン・ラチェット機構の一層明確な基盤の確立を目指す。

  • 研究成果

    (48件)

すべて 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (36件) (うち招待講演 9件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Three-dimensional reconstruction from electron microscopy images combined with cysteine-mediated crosslinking provide a model of T3SS needle tip complex2015

    • 著者名/発表者名
      Cheung, M., Shen, D.-K., Makino, F., Kato, T., Roehrich, A.D., Martinez-Argudo, I., Walker, M.L, Murillo, I., Liu, X., Pain, M., Brown, J., Frazer, G., Mantell, J., Mina, P., Todd, T., Sessions, R.B., Namba, K. and Blocker
    • 雑誌名

      Molecular Microbiol

      巻: 95 ページ: 31-50

    • DOI

      10.1111/mmi.12843

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The unexpected role of polyubiquitin chains in the formation of fibrillar aggregates2015

    • 著者名/発表者名
      Morimoto, D., Walinda, E., Fukada, H., Sou, Y.-S., Kageyama, S., Hoshino, M., Fujii, T., Tsuchiya, H., Saeki, Y., Arita, K., Ariyoshi, M., Tochio, H., Iwai, K., Namba, K., Komatsu, M., Tanaka, K. & Shirakawa, M.
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 6 ページ: 6116

    • DOI

      10.1038/ncomms7116

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Importance of the monomer-dimer-tetramer interconversion of the clock protein KaiB in the generation of circadian oscillations in cyanobacteria2015

    • 著者名/発表者名
      Iida, T., Mutoh, R., Onai, K., Morishita, M., Furukawa, Y., Namba, K., Ishiura, M.
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 20 ページ: 173-190

    • DOI

      10.1111/gtc.12211

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hypoxia-induced localization of chemotaxis-related signaling proteins in Vibrio cholerae2015

    • 著者名/発表者名
      Hiremath G, Hyakutake A, Yamamoto K, Ebisawa T, Nakamura T, Nishiyama S, Homma M, Kawagishi I.
    • 雑誌名

      Mol Microbiol

      巻: 95 ページ: 780-790

    • DOI

      10.1111/mmi.12887

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Liquid-based iterative recombineering method tolerant to counter-selection escapes2015

    • 著者名/発表者名
      Tominaga M, Kawai-Noma S, Kawagishi I, Sowa Y, Saito K, Umeno D.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 5 ページ: e0119818

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0119818

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A putative porin gene of Burkholderia sp. NK8 involved in chemotaxis toward β-ketoadipate2015

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto-Tamura K, Kawagishi I, Ogawa N, Fujii T.
    • 雑誌名

      Biosci Biotechnol Biochem.

      巻: 5

    • DOI

      10.1080/09168451.2015.1006571

    • 説明
      印刷中
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of the MotB(D33N)mutation on stator assembly and rotation of the proton-driven bacterial flagellar motor2014

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, S., Minamino, T., Kami-ike, N., Kudo, S. & Namba, K.
    • 雑誌名

      BIOPHYSICS

      巻: 10 ページ: 35-41

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray analysis of the periplasmic domain of FliP, an integral membrane component of the bacterial flagellar type III protein export apparatus2014

    • 著者名/発表者名
      Fukumura, T., Furukawa, Y., Kawaguchi, T., Saijo-Hamano, Y., Namba, K., Imada, K. & Minamino, T.
    • 雑誌名

      Acta Cryst

      巻: F70 ページ: 1-5

    • DOI

      10.1107/S2053230X14014678

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Assembly dynamics and the roles of FliI ATPase of the bacterial flagellar export apparatus2014

    • 著者名/発表者名
      Bai, F., Morimoto, Y.V., Yoshimura, S.D. J., Hara, N., Kami-ike, N., Namba, K. & Minamino, T.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 4 ページ: 6528

    • DOI

      10.1038/srep06528

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The bacterial flagellar protein export apparatus processively transports flagellar proteins even with extremely infrequent ATP hydrolysis2014

    • 著者名/発表者名
      Minamino, T., Morimoto, Y.V., Kinoshita, M., Aldridge, P.D. and Namba, K.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 4 ページ: 7579

    • DOI

      10.1038/srep07579

    • 査読あり
  • [学会発表] マイコプラズマ・モービレの滑走装置の内部構造とその変化2015

    • 著者名/発表者名
      西川実志, 中根大介, 川元晃大, 加藤貴之, 難波啓一, 宮田真人
    • 学会等名
      第88回日本細菌学会総会
    • 発表場所
      長良川国際会議場(岐阜県)
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-27
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] 細菌べん毛のIII型分泌装置の再構築2015

    • 著者名/発表者名
      寺島浩行, 川本晃大, 巽千夏, 南野徹, 難波啓一, 今田勝巳
    • 学会等名
      第88回日本細菌学会総会
    • 発表場所
      長良川国際会議場(岐阜県)
    • 年月日
      2015-03-26
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] 固定子複合体MotPSのクライオ電子顕微鏡による構造解析2015

    • 著者名/発表者名
      寺原直矢
    • 学会等名
      2014年度べん毛研究交流会
    • 発表場所
      合歓の郷リゾートホテル(三重県)
    • 年月日
      2015-03-02
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] サルモネラ菌におけるFljBとFliCのべん毛繊維の構造比較2015

    • 著者名/発表者名
      當間頌子
    • 学会等名
      2014年度べん毛研究交流会
    • 発表場所
      合歓の郷リゾートホテル(三重県)
    • 年月日
      2015-03-02
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] べん毛蛋白質輸送システムのロバストネスを支える分子機構2015

    • 著者名/発表者名
      南野徹
    • 学会等名
      2014年度べん毛研究交流会
    • 発表場所
      合歓の郷リゾートホテル(三重県)
    • 年月日
      2015-03-02
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] FlgNシャベロンの機能制御スイッチの同定2015

    • 著者名/発表者名
      木下実紀
    • 学会等名
      2014年度べん毛研究交流会
    • 発表場所
      合歓の郷リゾートホテル(三重県)
    • 年月日
      2015-03-02
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] 細菌べん毛モーターの回転方向制御に関わる構造2015

    • 著者名/発表者名
      宮田知子
    • 学会等名
      2014年度べん毛研究交流会
    • 発表場所
      合歓の郷リゾートホテル(三重県)
    • 年月日
      2015-03-02
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] 大腸菌べん毛モーター回転に対する高圧力の影響2015

    • 著者名/発表者名
      高木智彦, 青木里菜, 沢田孝, 梅村徹, 曽和義幸, 西山雅祥, 川岸郁朗
    • 学会等名
      2014年度べん毛研究交流会
    • 発表場所
      合歓の郷リゾートホテル(三重県)
    • 年月日
      2015-03-01
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] Molecular basis for dynamic structural properties of the C ring in the bacterial flagellar motor2015

    • 著者名/発表者名
      Minamino, T.
    • 学会等名
      HFSP Japan Meeting
    • 発表場所
      ルスツリゾート(北海道)
    • 年月日
      2015-02-24
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] Identification of a structural switch of FlgN to control its chaperone activity2015

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita, M.
    • 学会等名
      HFSP Japan Meeting
    • 発表場所
      ルスツリゾート(北海道)
    • 年月日
      2015-02-24
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] GFP labeling for single particle analysis with cryoEM2015

    • 著者名/発表者名
      Kato, T.
    • 学会等名
      HFSP Japan Meeting
    • 発表場所
      ルスツリゾート(北海道)
    • 年月日
      2015-02-24
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] Purification and structural analysis of FliF2015

    • 著者名/発表者名
      Kawamoto, A.
    • 学会等名
      HFSP Japan Meeting
    • 発表場所
      ルスツリゾート(北海道)
    • 年月日
      2015-02-23
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] Structure analysis of the flagellar hook-basal body with the C ring by electron cryo-microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Miyata, T.
    • 学会等名
      HFSP Japan Meeting
    • 発表場所
      ルスツリゾート(北海道)
    • 年月日
      2015-02-23
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] Structural characterization of FliP, a component of the type III flagellar protein export apparatus2015

    • 著者名/発表者名
      Fukumura, T., Makino, F., Kato, T., Imada, K., Namba, K. & Minamino, T.
    • 学会等名
      BLAST XIII
    • 発表場所
      Hilton Tucson East, USA
    • 年月日
      2015-01-18 – 2015-01-23
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] バクテリアベん毛蛋白質輸送におけるFliI ATPaseの作用機構2015

    • 著者名/発表者名
      南野徹, 森本雄祐, 木下実紀, 難波啓一
    • 学会等名
      2015年生体運動合同班会議
    • 発表場所
      学習院大学(東京都)
    • 年月日
      2015-01-09
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] 細菌べん毛モーターはサーマルラチェットか?2015

    • 著者名/発表者名
      中村修一, 森本雄祐, 上池伸徳, 曽和義幸, 南野徹, 難波啓一
    • 学会等名
      2015年生体運動合同班会議
    • 発表場所
      学習院大学(東京都)
    • 年月日
      2015-01-08
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] CryoEM image analysis of macromolecular motor assemblies2014

    • 著者名/発表者名
      Namba, K.
    • 学会等名
      Symposium-cumWorkshop “Frontiers in structural biology : New advances in X-ray diffraction and cryo-electron microscopy”
    • 発表場所
      Indian National Science Academy, New Delhi, India
    • 年月日
      2014-12-16
    • 説明
      【発表確定】
    • 招待講演
  • [学会発表] CryoEM image analysis of macromolecular motor assemblies2014

    • 著者名/発表者名
      Namba, K.
    • 学会等名
      FON' 14
    • 発表場所
      Miraikan Hall(東京都)
    • 年月日
      2014-11-27
    • 説明
      【発表確定】
    • 招待講演
  • [学会発表] 生体超分子モーターの構造と動作メカニズム2014

    • 著者名/発表者名
      難波啓一
    • 学会等名
      第67回東京大学物理学教室コロキウム
    • 発表場所
      東京大学(東京都)
    • 年月日
      2014-11-07
    • 説明
      【発表確定】
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌ヒストン様蛋白質H-NSによるべん毛モーター回転制御能の解析2014

    • 著者名/発表者名
      沢田孝, 梅村徹, 西山宗一郎, 山本兼由, 曽和義幸, 川岸郁朗
    • 学会等名
      第97回日本細菌学会関東支部総会
    • 発表場所
      東京ドームホテル(東京都)
    • 年月日
      2014-10-31
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] 生命を支える超分子ナノマシン2014

    • 著者名/発表者名
      難波啓一
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会市民講演会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • 年月日
      2014-09-28
    • 説明
      【発表確定】
    • 招待講演
  • [学会発表] 低温電子顕微鏡による単粒子像解析法におけるGFPラベル. GFP labeling for single Particle analysis with cryoEM2014

    • 著者名/発表者名
      Kato, T., Terahara, N., Miyata, T., Namba, K.
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • 年月日
      2014-09-26
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] 赤痢菌ニードル複合体の極低温電子顕微鏡による構造解析. Structural analysis of needle complex from shigella flexneri by cryo electron microscopy2014

    • 著者名/発表者名
      Kajimura, N., Makino, F., Cheung, M.P., Kato, T., Blocker, A.J., Namba, K.
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • 年月日
      2014-09-26
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] 海洋性細菌Vibrio alginolyticusのべん毛基部体T-ringの低温電子顕微鏡を用いた構造解析. Structural analysis of T-ring in the flagellar basal body of Vibrio alginolyticus by electron cryomicroscopy2014

    • 著者名/発表者名
      Hotta, H., Kawamoto, A., Inaba, S., Morimoto, Y.V., Nishioka, N., Kojima, S., Namba, K., Homma, M.
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • 年月日
      2014-09-26
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] Structure of the bacterial flagellar motor inv olved in the directional switching mechanism細菌べん毛モーターの回転方向変換制御に関わる構造2014

    • 著者名/発表者名
      宮田知子, 加藤貴之, 森本雄祐, 中村修一, 松波秀行, 難波啓一
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • 年月日
      2014-09-26
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] 低温電子顕微鏡による骨格筋の細いフィラメントの構造解析. Structural analysis of Ca2+ regulated thin filament from skeletal muscle by electron cryomicroscopy2014

    • 著者名/発表者名
      Yamada, Y., Fujii, T., Namba, K.
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • 年月日
      2014-09-25
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] 細菌III型分泌装置のin vitro輸送再構成系の構築. Construction of an in vitro transport assay system for the bacterial type III protein secretion2014

    • 著者名/発表者名
      Terashima, H. Kawamoto, A., Minamino, T., Namba, K., Imada, K.
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • 年月日
      2014-09-25
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡による生体超分子の機能構造の解明2014

    • 著者名/発表者名
      難波啓一
    • 学会等名
      第23回日本バイオイメージング学会学術集会
    • 発表場所
      大阪大学(大阪府)
    • 年月日
      2014-09-05
    • 説明
      【発表確定】
    • 招待講演
  • [学会発表] CryoEM image analysis of macromolecular motor assemblies2014

    • 著者名/発表者名
      Namba, K
    • 学会等名
      2014 International Biophysics Congress
    • 発表場所
      Brisbane Convention & Exhibition Centre, Brisbane, Australia
    • 年月日
      2014-08-04
    • 説明
      【発表確定】
    • 招待講演
  • [学会発表] In situ structures of Salmonella injectisome and flagellar type III secretion systems by electron cryotomography2014

    • 著者名/発表者名
      Kawamoto, A., Morimoto, Y.V., Miyata, T., Minamino, T. Hughes, K.T., Kato, T., Namba, K.
    • 学会等名
      2014 International Biophysics Congress
    • 発表場所
      Brisbane Convention & Exhibition Centre, Brisbane, Australia
    • 年月日
      2014-08-04
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] さまざまな運動超分子の構造と機能2014

    • 著者名/発表者名
      難波啓一
    • 学会等名
      新学術領域研究「運動超分子マシナリーが織りなす調和と多様性」第2回領域全体会議
    • 発表場所
      大雪クリスタルホール(北海道)
    • 年月日
      2014-06-16
    • 説明
      【発表確定】
    • 招待講演
  • [学会発表] CryoEM image analysis of macromolecular motor assemblies2014

    • 著者名/発表者名
      Namba, K
    • 学会等名
      The 5th Cold Spring Harbor Asia Symposium : Structural Biology from Atoms to Cells
    • 発表場所
      Suzhou Dushu Lake Conference Center, Suzhou, China
    • 年月日
      2014-06-12
    • 説明
      【発表確定】
    • 招待講演
  • [学会発表] 枯草菌べん毛モーターの性能は異なる2種類の固定子によって調節される2014

    • 著者名/発表者名
      寺原直矢, 野口有希奈, 中村修一, 上池伸徳, 南野徹, 伊藤政博, 難波啓一
    • 学会等名
      第11回21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      ホテル大観(岩手県)
    • 年月日
      2014-06-06
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] バクテリアベん毛モーターの回転に共役したプロトンの流れは固定子と回転子の相互作用により制御される2014

    • 著者名/発表者名
      森本雄祐, 平岡孝一, 上池伸徳, 難波啓一, 南野徹
    • 学会等名
      第11回21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      ホテル大観(岩手県)
    • 年月日
      2014-06-06
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] バクテリアベん毛蛋白質輸送ゲート構成因子Flipペリプラズムドメインのx線結晶構造解析2014

    • 著者名/発表者名
      福村拓真, 今田勝巳, 難波啓一, 南野徹
    • 学会等名
      第11回21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      ホテル大観(岩手県)
    • 年月日
      2014-06-05 – 2014-06-06
    • 説明
      【発表確定】
  • [学会発表] 生命を支える超分子ナノマシン2014

    • 著者名/発表者名
      難波啓一
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第70回市民公開講座
    • 発表場所
      東京大学(東京都)
    • 年月日
      2014-05-10
    • 説明
      【発表確定】
    • 招待講演
  • [図書] 実験医学2014

    • 著者名/発表者名
      難波啓一, 加藤貴之, 藤井高志
    • 総ページ数
      39-44
    • 出版者
      羊土社
    • 説明
      【発行確定】
  • [備考] プロトニックナノマシン研究室〈難波教授〉

    • URL

      http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/general/lab/02/result/

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公開日: 2016-06-01  

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