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2018 年度 実績報告書

クライオ電子顕微鏡による生体分子モーターの立体構造と機能の解明

研究課題

研究課題/領域番号 25000013
研究機関大阪大学

研究代表者

難波 啓一  大阪大学, 生命機能研究科, 特任教授

研究期間 (年度) 2013 – 2018
キーワードナノマシン / べん毛モーター / クライオ電子顕微鏡 / 単粒子像解析 / Cリング構造 / 回転スイッチ機構 / MSリング構造 / 輸送ゲート構造
研究実績の概要

べん毛モーターの回転機構の解明をめざして進めてきたべん毛基部体のクライオ電子顕微鏡による構造解析では、昨年から一層の進捗があった。信号タンパク質CheY-Pの非存在下では反時計回りにのみ回転する野生型モーターと、時計回りにのみ回転する変異型モーターの、2つの構造モデルを構築して精密化し、回転スイッチに関わる構造変化を明らかにしたとともに、モーター回転子のコア部分で膜貫通型タンパク質FliF複合体のMSリング、その中心部に結合する3種類の膜タンパク質FliP, FliQ, FliRからなる3型べん毛タンパク質輸送ゲートのらせん状複合体、そしてさらにその上に5種類のタンパク質FliE, FlgB, FlgC, FlgF, FlgGが順番にらせん状に重合してドライブシャフトとして働くロッドの構造についても、この巨大な複合体の全体構造を5Å分解能で解析し、各構成タンパク質の結晶構造やクライオ電顕による高分解能MSリング構造を組合わせて、分子モデルを構築することに成功した。両成果ともに投稿論文作成中である。
心筋のトロポミオシン・トロポニン・アクチン繊維からなる細いフィラメントのクライオ電顕による構造解析では、トロポミオシンの全長の分子モデルを初めて構築してトロポミオシン間のジャンクション構造を明らかにするとともに、トロポニンを構成するの3種類のサブユニットがアクチン繊維の極めて広い領域にわたって結合する様子を解明した。また、Caイオン存在下と非存在下における2状態の構造を明らかにし、筋収縮の制御のしくみを支える構造変化を明らかにした。
当該研究課題と並行して2010年から日本電子(株)と共同開発し、2016年夏にプロトタイプが完成した高度に自動化した新型クライオ電子顕微鏡CRYO ARM 200(加速電圧200kV)では、2017年夏に3日間の自動撮影で収集した約2500枚のβガラクトシダーゼの電顕像(35万粒子像)から2.4Å分解能を達成したが、その商用製品1号機として2018年6月に理研SPring-8センターに導入設置されたCRYO ARM 300(300kV)ではアポフェリチン球殻状構造のクライオ電顕像を撮影し、1日で自動撮影したわずか840枚の電顕像(12万粒子像)から、世界最高となる1.53Å分解能を達成した。この商用機はプロトタイプにはない冷陰極電界放射型電子銃(Cold FEG)が装備されているため電子線の干渉性がより高く、しかも300kVという高い加速電圧も寄与して電子光学系の解像度は1.0Å分解能に近いことがわかっている。今回得たアポフェリチンの3次元像マップでは、トリプトファン側鎖の五員環に孔が空き、メチオニン側鎖の炭素原子と硫黄原子のサイズに明確な違いが見えるなど、その解像度は原子分解能に近いもので、生体分子水溶液試料の構造解析における原子分解能の達成にむけて、Cold FEGを装備したクライオ電子顕微鏡の極めて大きなポテンシャルを示した。

  • 研究成果

    (87件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (66件) (うち国際学会 6件、 招待講演 19件) 図書 (8件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] オックスフォード大学/ニューカッスル大学/分子生物学研究所(イギリス)

    • 国名
      イギリス
    • 外国機関名
      オックスフォード大学/ニューカッスル大学/分子生物学研究所
  • [国際共同研究] ユタ大学(アメリカ合衆国)

    • 国名
      アメリカ合衆国
    • 外国機関名
      ユタ大学
  • [国際共同研究] フランス国立科学研究センター(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      フランス国立科学研究センター
  • [国際共同研究] メキシコ国立自治大学(メキシコ)

    • 国名
      メキシコ
    • 外国機関名
      メキシコ国立自治大学
  • [国際共同研究] ニューサウスウェールズ大学(オーストラリア)

    • 国名
      オーストラリア
    • 外国機関名
      ニューサウスウェールズ大学
  • [国際共同研究]

    • 他の国数
      3
  • [雑誌論文] Novel insights into conformational rearrangements of the bacterial flagellar switch complex.2019

    • 著者名/発表者名
      Sakai, T., Miyata, T., Terahara, N., Mori, K., Inoue, Y., Morimoto, Y. V., Kato, T., Namba, K. & Minamino, T.
    • 雑誌名

      mBio

      巻: 10 ページ: e00079-19

    • DOI

      10.1128/mBio.00079-19

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural insights into the substrate specificity switching mechanism of the type Ⅲ protein export apparatus.2019

    • 著者名/発表者名
      Inoue, Y., Ogawa, Y., Kinoshita, M., Shimada, M., Kodera, N., Ando, T., Namba, K, Kitao, A., Imada, K. & Minamino, T.
    • 雑誌名

      Structure

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Insight into structural remodeling of the FlhA ring responsible for bacterial flagellar type Ⅲ protein export.2018

    • 著者名/発表者名
      Terahara, N., Inoue, Y., Kodera, N., Morimoto, Y. V., Uchihashi, T., Imada, K., Ando, T., Namba, K. & Minamino, T.
    • 雑誌名

      Sciences Advances

      巻: 4 ページ: eaao7054

    • DOI

      10.1126/sciadv.aao7054

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] In vitro reconstitution of functional type Ⅲ protein export and insights into flagellar assembly.2018

    • 著者名/発表者名
      Terashima, H., Kawamoto, A., Tatsumi, C., Namba, K., Minamino, T. & Imada, K.
    • 雑誌名

      mBio

      巻: 9 号: 3 ページ: e00988-18

    • DOI

      10.1128/mBio.00988-18

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Autonomous control mechanism of stator assembly in the bacterial flagellar motor in response to changes in the environment.2018

    • 著者名/発表者名
      Minamino, T., Terahara, N., Kojima, S. & Namba, K.
    • 雑誌名

      Mol. Microbiol.

      巻: 10 ページ: 723-734

    • DOI

      10.1111/mmi.14092

    • 査読あり
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡による生体分子立体構造解析法の原子分解能をめざした技術開発.2019

    • 著者名/発表者名
      難波啓一
    • 学会等名
      大阪大学先導的学際研究機構創薬サイエンス部門・生命医科学融合フロンティア研究部門合同シンポジウム「未来医療を推進する革新的技術のフロンティア」
    • 招待講演
  • [学会発表] Salmonella typhimuriumべん毛たんぱく質FljBの構造とその特徴2019

    • 著者名/発表者名
      山口智子, 寺原直矢, 加藤貴之, 當間頌子, 宮田知子, 難波啓一.
    • 学会等名
      2019年生体運動研究合同班会議
  • [学会発表] べん毛モーター固定子のイオン透過性を向上させる回転子FliGの変異2019

    • 著者名/発表者名
      寺原直矢, 難波啓一, 南野徹.
    • 学会等名
      2019年生体運動研究合同班会議
  • [学会発表] サルモネラフックの“自然”な構造の解析.2019

    • 著者名/発表者名
      加藤貴之, 宮田知子, Peter Horvath, 難波啓一
    • 学会等名
      2018年度べん毛研究交流会
  • [学会発表] 細菌べん毛モーターの回転方向スイッチ機構の解明.2019

    • 著者名/発表者名
      宮田知子, 加藤貴之, 川本晃大, 牧野文信, 難波啓一.
    • 学会等名
      2018年度べん毛研究交流会
  • [学会発表] SalmonellaのFljBべん毛繊維とFliCべん毛繊維の比較.2019

    • 著者名/発表者名
      山口智子, 加藤貴之, 當間頌子, 宮田知子, 難波啓一
    • 学会等名
      2018年度べん毛研究交流会
  • [学会発表] 固定子複合体のペリプラズミックドメインにおけるイオン選択性.2019

    • 著者名/発表者名
      寺原直矢, 小寺哲幸, 安藤敏夫, 難波啓一, 南野徹
    • 学会等名
      2018年度べん毛研究交流会
  • [学会発表] Recent progress and future of electron cryomicroscopy for the structural analysis of protein assemblies at the atomic level.2018

    • 著者名/発表者名
      Namba, K.
    • 学会等名
      Lectureship in Biological Sciences, Texas A&M University
    • 招待講演
  • [学会発表] Structure and dynamics of macromolecular motors revealed by electron cryomicroscopy and optical nanophotometry.2018

    • 著者名/発表者名
      Namba, K.
    • 学会等名
      Lectureship in Biological Sciences, Texas A&M University
    • 招待講演
  • [学会発表] Assembly and activation mechanism of the transmembrane stator complex in the bacterial flagellar motor.2018

    • 著者名/発表者名
      Minamino, T.
    • 学会等名
      The 23rd Biophysics Conference, National Chung Hsing University
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 新型クライオ電子顕微鏡“CryoARM”の開発.2018

    • 著者名/発表者名
      加藤貴之, 難波啓一
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第74回学術講演会
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡で解き明かす細菌べん毛モーター回転子の立体構造と回転対象性.2018

    • 著者名/発表者名
      川本晃大, 宮田知子, 木下実紀, 南野徹, 加藤貴之, 難波啓一.
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第74回学術講演会
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡による構造解析法の原子分解能をめざした技術開発.2018

    • 著者名/発表者名
      難波啓一.
    • 学会等名
      原子・分子・光科学(AMO)討論会
    • 招待講演
  • [学会発表] 生体分子の原子レベルの立体構造解析法として進歩したクライオ電子顕微鏡法の最近の動向.2018

    • 著者名/発表者名
      難波啓一.
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡を用いたグルタミン酸脱水素酵素ドメイン運動の解明.2018

    • 著者名/発表者名
      大出真央, 加藤貴之, 笹口友隆, 難波啓一, 中迫雅由
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] べん毛先端のキャップ構造.2018

    • 著者名/発表者名
      牧野文信, 木田葵, 木下実紀, 宮田知子, 加藤貴之, 南野徹, 難波啓一, 今田勝巳
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡で解き明かす細菌べん毛モーター回転子の立体構造と回転対象性.2018

    • 著者名/発表者名
      川本晃大, 宮田知子, 木下実紀, 南野徹, 加藤貴之, 難波啓一.
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] Recent progress and future of electron cryomicroscopy for the structural analysis of protein assemblies at the atomic level.2018

    • 著者名/発表者名
      Namba, K.
    • 学会等名
      2018 Kuo Symposium on 3D-EM of macromolecules and cells
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生体超分子モーターの高効率なエネルギー変換のメカニズム2018

    • 著者名/発表者名
      難波啓一
    • 学会等名
      生物物理若手の会第58回夏の学校
    • 招待講演
  • [学会発表] Recent progress and future of electron cryomicroscopy f or the structural analysis of protein assemblies at the atomic level.2018

    • 著者名/発表者名
      Namba, K.
    • 学会等名
      Academia Sinica Cryo-EM Grand Opening Symposium & Workshop
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生体分子の原子レベルの立体構造解析法として進歩したクライオ電子顕微鏡法の最近の動向2018

    • 著者名/発表者名
      難波啓一
    • 学会等名
      JASIS2018ライフサイエンスイノベーション
    • 招待講演
  • [学会発表] On the fly analysis for screening thin ice samples.2018

    • 著者名/発表者名
      Kato, T.
    • 学会等名
      Academia Sinica Cryo-EM Grand Opening Symposium & Workshop
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structures and dynamics of skeletal muscle actomyosin and bacterial flagellar motor.2018

    • 著者名/発表者名
      Namba, K.
    • 学会等名
      Scottish Centre for Macromolecular Imaging Opening Symposium Cryogenic-Electron Microscopy-Seeing the Machinery of Life
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Common features and mechanisms of skeletal muscle actomyosin and bacterial flagellar motor revealed by electron cryomicroscopy and optical nanophotometry.2018

    • 著者名/発表者名
      Namba, K.
    • 学会等名
      Seminar, MRC-LMB
    • 招待講演
  • [学会発表] Recent development and its future potential of a JEOL electron cryomicroscope for the structural analysis of protein assemblies at atomic level.2018

    • 著者名/発表者名
      Namba, K.
    • 学会等名
      Seminar, MRC-LMB
    • 招待講演
  • [学会発表] 最新クライオ電子顕微鏡による構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      加藤貴之
    • 学会等名
      第79回応用物理学会秋季学術講演会分科企画シンポジウム“クライオ電子顕微鏡最前線”
    • 招待講演
  • [学会発表] バクテリアべん毛モーターの固定子再編成における自律的制御.2018

    • 著者名/発表者名
      南野徹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] 細菌べん毛モーターの回転速度と構成ユニット数の関係.2018

    • 著者名/発表者名
      石田翼, 吉多美祐, 南野徹, 曽和義幸.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] Gwatch : クライオ電顕におけるハイスループット評価システムの構築と評価.2018

    • 著者名/発表者名
      牧野文信, 加藤貴之, 深川竜郎, 難波啓一
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] 細菌べん毛繊維の成長端の構造.2018

    • 著者名/発表者名
      木田 葵, 牧野文信, 木下実紀, 宮田知子, 加藤貴之, 南野徹, 難波啓一, 今田勝巳.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡で解き明かす細菌べん毛モーターのトルク伝達に重要な回転対称構造.2018

    • 著者名/発表者名
      川本晃大, 宮田知子, 木下実紀, 南野徹, 今田勝巳, 加藤貴之, 難波啓一.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡における高分解能構造解析のためのスクリーニング法の検討.2018

    • 著者名/発表者名
      加藤貴之, 寺原直矢, 宮田知子, 難波啓一.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] Effect of pH on rotation of the proton-driven bacterial flagellar motor under near zero load.2018

    • 著者名/発表者名
      花泉裕大, 中村修一, 森本雄祐, 南野徹, 難波啓一.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] サルモネラ菌べん毛タンパク質FliCとFljBで構成された繊維構造の比較と機能の違い.2018

    • 著者名/発表者名
      山口智子, 加藤貴之, 寺原直矢, 當間頌子, 難波啓一.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡によるグルタミン酸脱水素酵素ドメイン運動の可視化.2018

    • 著者名/発表者名
      大出真央, 加藤貴之, 苙口友隆, 難波啓一, 中迫雅由.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] 細菌べん毛モーターの回転方向変換制御機構の解明.2018

    • 著者名/発表者名
      宮田知子, 加藤貴之, 川本晃大, 牧野文信, 難波啓一.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] Assignment of subunit components in motor evolved from F-ATPase for Mycoplasma mobile gliding.2018

    • 著者名/発表者名
      豊永拓真, 加藤貴之, 川本晃大, 古寺哲幸, 安藤敏夫, 難波啓一, 宮田真人.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] Feedback regulation of the ion channel activity of the flagellar motor stator complex.2018

    • 著者名/発表者名
      寺原直矢, 難波啓一, 南野徹.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] バクテリアべん毛輸送ゲート複合体の構造機能解析.2018

    • 著者名/発表者名
      木下実紀, 宮田知子, 川本晃大, 加藤貴之, 難波啓一, 南野徹.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
  • [学会発表] Structure and Dynamics of Macromolecular Motors Revealed by Electron Cryomicroscopy and Optical Nanophotometry.2018

    • 著者名/発表者名
      Namba, K.
    • 学会等名
      6th International Life-Science Symposium for young scientist
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生体超分子モーターの高効率なエネルギー変換メカニズム2018

    • 著者名/発表者名
      難波啓一
    • 学会等名
      2018年度東京大学生物生産工学研究センターシンポジウム「タンパク質の構造・機能研究の最先端」
    • 招待講演
  • [学会発表] 超分子モーターの構造と高効率なエネルギー変換機構2018

    • 著者名/発表者名
      難波啓一
    • 学会等名
      片岡幹雄先生ご退職記念研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 生体分子ナノマシンの立体構造解析に原子レベルで迫る!2018

    • 著者名/発表者名
      難波啓一
    • 学会等名
      第18回「大学リレーセミナー」
    • 招待講演
  • [学会発表] バクテリアべん毛輸送ゲート複合体の膜電位依存的活性化機構2018

    • 著者名/発表者名
      南野徹
    • 学会等名
      日本生体エネルギー研究会第44回討論会
  • [学会発表] べん毛モーターの回転速度が「速くなった」変異株の単離と回転計測によるモーター特性の解析2018

    • 著者名/発表者名
      寺原直矢, 難波啓一, 南野徹.
    • 学会等名
      日本生体エネルギー研究会第44回討論会
  • [学会発表] Development of the new CryoEM, named “CryoARM”.

  • [学会発表] Structure and rotational symmetry of the rotor of the bacterial flagellar motor revealed by electron cryomicroscopy.

  • [学会発表] Towards atomic resolution structural analysis of biomolecules by electron cryomicroscopy.

  • [学会発表] Recent progress of electron cryomicroscopy for structural analysis of biomolecular assemblies at atomic level.

  • [学会発表] Cryo-electron microscopy study toward detecting domain motion of glutamate dehydrogenase.

  • [学会発表] The cap structure of the bacterial flagellar filament.

  • [学会発表] Structure and rotational symmetry of the rotor of the bacterial flagellar motor revealed by electron cryomicroscopy.

  • [学会発表] Autonomous stator remodeling mechanism of the bacterial flagellar motor.

  • [学会発表] The dependence of the speed of the bacterial flagellar motor on the number of stator units.

  • [学会発表] Gwatch : the pipeline program for quick evaluation of sample quality in CryoEM.

  • [学会発表] Structure of the growing end of the bacterial flagellar filament.

  • [学会発表] Rotational symmetry structure of the bacterial flagellar motor for torque transmission revealed by electron cryomicroscopy.

  • [学会発表] Screening method for samples for high resolution structural analysis by cryoEM.

  • [学会発表] Structural comparison between Salmonella flagellar filaments consisting of FliC and FljB and the implication for their functions.

  • [学会発表] Visualizing the domain motion of Glutamate Dehydrogenase by using cryo-electron microscopy.

  • [学会発表] Elucidation of the directional switching mechanism of the bacterial flagellar motor by electron cryomicroscopy.

  • [学会発表] Structural and functional analyses of the bacterial flagellar type Ⅲ export gate complex.

  • [学会発表] Structural analysis of Salmonella's “native” hook.

  • [学会発表] Elucidation of the directional switching mechanism of the bacterial flagellar motor by electron cryomicroscopy.

  • [学会発表] Comparison of Salmonella flagellar filaments composed of FljB and FliC.

  • [学会発表] Ion selectivity in the periplasmic domain of the stator complex.

  • [図書] Salmonella flagellum.2018

    • 著者名/発表者名
      Minamino, T., Morimoto, Y. V., Kawamoto, A., Terashima, H. & Imada, K.
    • ページ
      3-18
    • 総ページ数
      120
    • 出版者
      INTECHOPEN LIMITED
  • [図書] 生化学第90巻第2号「細菌べん毛特異的輸送シャペロンFlgNの構造と機能」2018

    • 著者名/発表者名
      南野徹, 木下実紀
    • ページ
      203-206
    • 総ページ数
      131
    • 出版者
      日本生化学会
  • [図書] 顕微鏡Vol. 53 No. 1「生命を解き明かすクライオ電子顕微鏡法の新時代 最新クライオ電子顕微鏡CRYO ARMの開発」2018

    • 著者名/発表者名
      加藤貴之, 難波啓一.
    • ページ
      13-17
    • 総ページ数
      54
    • 出版者
      日本顕微鏡学会
  • [図書] 日本電子newsVol. 50 No. 1「クライオ電子顕微鏡法の技術開発と生命科学への貢献」2018

    • 著者名/発表者名
      難波啓一, 加藤貴之.
    • ページ
      2-7
    • 総ページ数
      50
    • 出版者
      日本電子株式会社
  • [図書] JEOL NEWS, Vol. 53, No. 1 "Technical Development of Electron Cryomicroscopy and Contributions to Life Sciences."2018

    • 著者名/発表者名
      Namba, K., Kato, T.
    • ページ
      18-24
    • 総ページ数
      63
    • 出版者
      日本電子株式会社
  • [図書] Encyclopedia of Biophysics "Electron Microscopy of Motor Structure and Possible Mechanisms"2018

    • 著者名/発表者名
      Minamino, T., Kato, T., Makino, F., Horvath, P., Miyata, T, & Namba, K.
    • ページ
      18
    • 総ページ数
      73
    • 出版者
      Springer-Verlag Berlin Heidelberg
  • [図書] FEMS Microbiology letters Vol. 365, No. 12 "Hierarchical protein export mechanism of the bacterial flagellar type Ⅲ protein export apparatus"2018

    • 著者名/発表者名
      Minamino, T.
    • 出版者
      OXFORD ACADEMIC
  • [図書] Integrative Structural Biology with Hybrid Methods, Advances in Experimental Medicine and Biology 1105, Chapter 4 "Complementary use of electron cryomicroscopy and X-ray crystallography : structural studies of actin and actomyosin filaments."2018

    • 著者名/発表者名
      Fujii, T., Namba, K.
    • ページ
      25-42
    • 総ページ数
      272
    • 出版者
      Springer Nature Singapore Pte Ltd.
  • [備考] 日本電子YOKOGUSHI協働研究所<難波特任教授>

    • URL

      http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/general/lab/02/result/

  • [備考]

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公開日: 2021-07-06  

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