| 研究課題/領域番号 |
25240044
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
浅井 潔 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)
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| 研究分担者 |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (00596538)
亀田 倫史 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 創薬基盤研究部門, 主任研究員 (40415774)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| キーワード | RNA・タンパク質相互作用 / RNA２次構造 / RNA立体構造 |
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| 研究実績の概要 |
（１）RNA・タンパク質相互作用予測手法の改良。RNA・タンパク質相互作用を正確に予測するためには、RNA構造を精密に予測することが必要である。RNA2次構造情報である塩基対確率行列のみを特徴量とする方式では、RNA・タンパク質相互作用の予測で十分な制度が得られないことが示唆された。そのため、当初の計画を変更し、相互作用予測手法改良方法を検討し、分子動力学計算を実施した。具体的には、新たにより精密な2次構造情報を得るため、RNA分子単独で分子動力学計算を行い、その結果を利用して相互作用界面を予測したが、そのため、計画が約9か月遅れることとなった。
（２）RNA・タンパク質複合体構造の評価。項目（１）の実施が遅れたため、繰越を行って平成27年４月から、RNA・タンパク室複合構造の評価を行った。RNA・タンパク質複合体構造を精密に解析し、粗視化モデル等で予測された複合体構造が安定な構造であるかどうかを評価した。
（３）RNA・タンパク質相互作用知的基盤の構築と公開。既に公開を開始したRNA・タンパク質相互作用データベースを更新し、成果を順次付け加えて公開する予定であったが、研究計画が遅れたため、約９か月遅れでデータベースの更新を行った。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
4: 遅れている
理由
RNA・タンパク質相互作用を正確に予測するためには、RNA構造を精密に予測することが必要である。RNA2次構造情報である塩基対確率行列のみを特徴量とする方式では、RNA・タンパク質相互作用の予測で十分な精度が得られないことが示唆された。そのため、当初の計画を変更し、相互作用予測手法改良方法を検討し、分子動力学計算を実施した。具体的には、新たにより精密な2次構造情報を得るため、RNA分子単独で分子動力学計算を行い、その結果を利用して相互作用界面を予測したが、そのため、計画が約9か月遅れることとなった。
そのため、その後に行った、RNA・タンパク質複合体構造の評価、およびRNA・タンパク質相互作用知的基盤の構築と公開も約９か月遅れることとなった。
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| 今後の研究の推進方策 |
今後は、RNA構造予測をさらに精密化し、RNA・タンパク質複合体構造の評価を適切に行ったうえで、予測したRNA・タンパク質相互作用についての知的基盤お構築と公開に注力する。
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