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2013 年度 実績報告書

進化分子工学を基盤とする分子標的化合物の新しい設計法

研究課題

研究課題/領域番号 25242068
研究種目

基盤研究(A)

研究機関大阪府立大学

研究代表者

藤井 郁雄  大阪府立大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (70189984)

研究分担者 円谷 健  大阪府立大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (00372855)
藤原 大佑  大阪府立大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (30611420)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード生体分子 / 医療・福祉福祉 / ナノバイオ / 蛋白質 / 有機化学
研究概要

研究目的:進化分子工学(細胞表層ディスプレイ技術)とペプチド構造構築理論を組み合わせることにより,分子標的化合物の新しい設計法を開発する。すなわち,強固な立体構造をもつペプチド(ヘリックス構造など)の細胞表層提示ライブラリーを構築し,標的タンパク質に結合するペプチド(マイクロ抗体と呼ぶ)をスクリーニングする。得られるペプチドは立体構造を持っているので,結合活性アミノ酸(ファーマコフォア)の空間配置を容易に決定することができる。そこで,この立体構造情報をもとに分子標的化合物を設計する。
研究計画・方法:本研究では,ヘリックス-ループ-ヘリックス構造ペプチドを土台分子として,4つの戦略で分子標的化合物の作製技術を検討する。①試験管内進化によるマイクロ抗体の開発,②立体構造情報に基づくマイクロ抗体の開発,③親和性,生物活性,生体内での安定性,膜透過性,体内動態,抗原性: ④分子標的低分子化合物の設計と合成および生物活性
平成25年度の研究実績概要:当該年度は,①試験管内進化によるマイクロ抗体の開発を行った。さまざまなタンパク質-タンパク質相互作用のトポロジーを考慮し,α-ヘリックス部分のライブラリー以外に,ヘリックス+ループ部分ライブラリーを作製した。本ライブラリーをファージ表層上に提示させファージライブラリーを構築したのち,本ライブラリーを用いて血管内皮細胞増殖因子(VEGF)に対してバイオパンニングを行い,高結合活性の抗VEGFマイクロ抗体の獲得に成功した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

(1)立体構造規制ペプチドライブラリーの構築:さまざまなタンパク質-タンパク質相互作用のトポロジーを考慮し,α-ヘリックス部分のライブラリー以外に,ヘリックス+ループ部分ライブラリー(α-helix+loop)を構築した。C末端ヘリックスに位置する6残基のアミノ酸と11残基のループの9残基をランダム化し,さらにN末端とC末端にシステイン残基を導入しジスルフィド結合を形成するマイクロ抗体ライブラリー (ΔPTA-6Rloop11-C) を作製した。
(2) 立体構造規制ペプチドライブラリーのスクリーニング:ΔPTA-6Rloop11-CライブラリーをM13ファージ表層に提示させたファージライブラリーを用いて血管内皮細胞増殖因子(VEGF)に対してバイオパンニングを行い,結合性ペプチドのスクリーニングを行った。ストレプトアビジン修飾磁気ビースを使用し、ビオチン化VEGFと結合しているファージを回収した。バイオパンニングは4ラウンド行った。3ラウンドのバイオパニングで回収されたファージの塩基配列を解析したところ,ループ部位に3種類のコンセンサス配列を観測した。
3) 立体構造規制ペプチド(マイクロ抗体)の結合活性:ファージミドベクターよりペプチドをコードする遺伝子を切り取り、3種のチオレドキシン融合ペプチド(Trx-41, Trx-42, Trx-49)を作製した。これら融合ペプチドの解離定数 (Kd) は表面プラズモン共鳴法で測定した。その結果,いずれの融合ペプチドもVEGFに対して高い結合活性を示し,特異的に結合することが明らかとなった(Kd値Trx-41: 602 nM, Trx-42: 333 nM, Trx-49: 0.67 nM)。さらに,VEGF-受容体相互作用の阻害活性を行ったところ,いずれのペプチドもVEGFとその受容体との結合を阻害することが明らかとなった。

今後の研究の推進方策

本研究では,ヘリックス-ループ-ヘリックス構造ペプチドを土台分子として,4つの戦略で分子標的化合物の作製技術を検討する。今後は,以下の3つの研究課題について検討する。
②立体構造情報に基づくマイクロ抗体の開発:X線構造から得られる立体構造情報をもとに,分子認識に必要なアミノ酸残基を土台分子に移植することにより,目的のマイクロ抗体を取得する。
③親和性,生物活性,生体内での安定性,膜透過性,体内動態,抗原性:生体内(血清中など)での安定性,細胞膜透過性や抗原性および生物活性(細胞試験)について検討する。
④分子標的低分子化合物の設計と合成および生物活性:ペプチド(マイクロ抗体)の立体構造から得られる活性アミノ酸残基の3次元構造情報をもとに分子標的低分子化合物の設計し,合成して生物活性を検討する。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (14件) (うち招待講演 9件)

  • [雑誌論文] Peptide-based immunoadsorbents: Molecular grafting of Ig/Fc-binding epitopes of Protein A onto a de novo-designedhelix-loop-helix peptide2014

    • 著者名/発表者名
      K. Kawabata , H. Nagai , N. Konishi , D. Fujiwara, R. Sasaki, T. Ichikawa, I. Fujii
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry

      巻: 22 ページ: 1845-1849

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2014.01.053

    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-throughput de novo screening of receptor agonists with an automated single-cell analysis and isolation system2014

    • 著者名/発表者名
      N. Yoshimoto, K. Tatematsu, M. Iijima, T. Niimi, A. D. Maturana, I. Fujii, A. Kondo, K. Tanizawa, S. Kuroda
    • 雑誌名

      SCIENTIFIC REPORTS

      巻: 4 ページ: 4242-4251

    • DOI

      10.1038/srep04242

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Directed Evolution of Hydrolytic Antibodiesin Phage-displayed Combinatorial Libraries2014

    • 著者名/発表者名
      T. Tsumuraya and I. Fujii
    • 雑誌名

      Chem. Lett.

      巻: 43 ページ: 272-280

    • DOI

      10.1246/cl.131220

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Preparation of Anti-Ciguatoxin Monoclonal Antibdodies Using Synthetic Haptens: Sandwichi ELISA Detection of Ciguatoxins2014

    • 著者名/発表者名
      T. Tsumuraya, I. Fujii, and M. Hirama
    • 雑誌名

      J. AOAC Int.

      巻: 97 ページ: 373-379

    • DOI

      10.5740/jaoacint.SGETsumuraya

  • [雑誌論文] An automated system for high-throughput single cell-based breeding2013

    • 著者名/発表者名
      N. Yoshimoto, A. Kida, X. Jie, M. Kurokawa, M. Iijima, T. Niimi, A. D. Maturana, I. Nikaido, H. R. Ueda, K. Tatematsu, K. Tanizawa, A. Kondo, I. Fujii, S. Kuroda
    • 雑誌名

      SCIENTIFIC REPORTS

      巻: 3 ページ: 1191-1200

    • DOI

      10.1038/srep01191

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The crystal structure of multidrug-resistance regulator RamR with multiple drugs2013

    • 著者名/発表者名
      S. Yamasaki, E. Nikaido, R. Nakashima, K. Sakurai, D. Fujiwara, I. Fujii, K. Nishino
    • 雑誌名

      Nat Commun

      巻: 4 ページ: 2078-2085

    • DOI

      10.1038/ncomms3078

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Antibody-catalyzed decarboxylation and aldol reactions using a primary amine molecule as a functionalized small nonprotein component2013

    • 著者名/発表者名
      F. Ishikawa, K. Uno, M. Nishikawa, T. Tsumuraya, I. Fujii
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry

      巻: 21 ページ: 171-194

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2013.09.015

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chemical Synthesis and Modification of Cyclic Helix-Loop-Helix Peptides by Click Chemistry and Intramolecular Bis-Thioether Linkage2013

    • 著者名/発表者名
      T. Nishihara, H. Kitada, D. Fujiwara, and I. Fuji
    • 雑誌名

      Peptide Science

      巻: 2013 ページ: 135-136

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chemically Modified Phage-displayed Peptide Libraries: Tethering Biotin to the Displayed Peptides2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakamura, D. Fujiwara, and I. Fujii
    • 雑誌名

      Peptide Science

      巻: 2013 ページ: 353-354

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phage Selection of Peptide “Microantibodies2013

    • 著者名/発表者名
      D. Fujiwara and I. Fujii
    • 雑誌名

      Protocols in Chemical Biology

      巻: 5 ページ: 171-194

    • DOI

      10.1002/9780470559277.ch130039

    • 査読あり
  • [学会発表] 次世代抗体医薬 “マイクロ抗体”:進化分子工学による分子標的ペプチドの創出2014

    • 著者名/発表者名
      藤井 郁雄
    • 学会等名
      新適塾 - 「未来創薬への誘い」第25回会合
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      20140114-20140114
    • 招待講演
  • [学会発表] ホロ酵素型抗体酵素はどのようにして反応を触媒するのか?2014

    • 著者名/発表者名
      円谷 健,武 綾香,多田俊治,山口亜佐子,藤井郁雄
    • 学会等名
      第16回生命化学研究会
    • 発表場所
      熱海
    • 年月日
      20140109-20140110
  • [学会発表] Post-antibody Medicines “MicroAntibodies”: Generation of Molecular-targeting Peptides by Directed Evolution in Phage-displayed Libraries2013

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fujii
    • 学会等名
      The First OPU-TKU International Symposium on Frontier hemistry and Materials for the 21st Century
    • 発表場所
      大阪府立大学
    • 年月日
      20131118-20131119
    • 招待講演
  • [学会発表] Post Antibody Medicines ”MicroAntibody”: Generation of Molecular-targeting Peptides by Directed Evolution2013

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fujii
    • 学会等名
      7th International Symposium on Nanomedicine
    • 発表場所
      九州工業大学
    • 年月日
      20131107-20131110
    • 招待講演
  • [学会発表] Chemical Modification of Peptide Libraries: Tethering Small Organic Compounds to Peptides on Phage Surface2013

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Nakamura, Daisuke Fujiwara, and Ikuo Fujii
    • 学会等名
      APIPS 2013 4th Asia-Pacific International Peptide Symposium
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      20131106-20131109
  • [学会発表] CHEMICAL SYNTHESIS AND MODIFICATION OF CYCLIC HELIX-LOOP-HELIX PEPTIDES BY CLICK CHEMISTRY AND INTRAMOLECULAR BIS-THIOETHER LINKAGE2013

    • 著者名/発表者名
      Toshio Nishhara, Hidekazu Kitada, Daisuke Fujiwara, Ikuo Fujii
    • 学会等名
      APIPS 2013 4th Asia-Pacific International Peptide Symposium
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      20131106-20131109
  • [学会発表] Design of Molecular-targeting Peptides and Peptidomimetics Based on Directed Evolution in Phage-displayed Libraries of Conformationally Constrained Peptides2013

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fujii
    • 学会等名
      7th International Symposium on Computational Mcthods in Toxicology and Pharmacology Integration Internet Resources
    • 発表場所
      Seoul, Korea
    • 年月日
      20131009-20131013
    • 招待講演
  • [学会発表] ホロ酵素型抗体酵素27C1の構造解析と触媒機構2013

    • 著者名/発表者名
      円谷 健,武 綾香,多田俊治,山口亜佐子,藤井郁雄
    • 学会等名
      第7回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      20130927-20130929
  • [学会発表] Post-antibody Medicines “MicroAntibodies”: Generation of Molecular-targeting Peptides by Directed Evolution2013

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fujii
    • 学会等名
      10th Australian Peptide Conference
    • 発表場所
      Penang, Malaysia
    • 年月日
      20130908-20130913
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular Basis for Transition-state Stabilization in Catalytic Antibodies2013

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fujii
    • 学会等名
      有機合成化学協会中国四国支部 パネル討論会 「分子をつくる方法論」
    • 発表場所
      鳥取大学
    • 年月日
      20130613-20130613
    • 招待講演
  • [学会発表] 次世代抗体医薬:分子進化工学に抗体様分子標的ペプチドのデザインと創出2013

    • 著者名/発表者名
      藤井 郁雄
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質化学会年会
    • 発表場所
      鳥取
    • 年月日
      20130612-20130615
    • 招待講演
  • [学会発表] ホロ酵素型抗体酵素27C1の構造解析と反応機構2013

    • 著者名/発表者名
      円谷 健,武 綾香,多田俊治,山口亜佐子,藤井郁雄
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質化学会年会
    • 発表場所
      鳥取
    • 年月日
      20130612-20130615
  • [学会発表] PRODUCTION OF ANTI-CIGUATOXIN MONOCLONAL ANTIBODIES USING SYNTHETIC HAPTENS: SANDWICH ELISA DETECTION OF CIGUATOXINS2013

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Tsumuraya, Takeshi Sato, Masahiro Hirama, Ikuo Fujii
    • 学会等名
      MARINE AND FRESHWATER TOXINS ANALYSIS 4TH Joint Symposium & Task Force Meeting
    • 発表場所
      Baiona, Spain
    • 年月日
      20130505-20130509
    • 招待講演
  • [学会発表] Post-antibody Medicines “MicroAntibodies”: Generation of Molecular-targeting Peptides by Directed Evolution in Phage-displayed Libraries2013

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fujii
    • 学会等名
      Korean Chemiscal Society 2013
    • 発表場所
      Seoul, Korea
    • 年月日
      20130416-20130419
    • 招待講演

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公開日: 2015-05-28  

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