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2014 年度 実績報告書

分子集合体からプロトセルへの物理

研究課題

研究課題/領域番号 25247070
研究機関東北大学

研究代表者

今井 正幸  東北大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (60251485)

研究分担者 佐久間 由香  東北大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (40630801)
浦上 直人  山口大学, 理工学研究科, 准教授 (50314795)
鈴木 健太郎  神奈川大学, 理学部, その他 (60512324)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワードプロトセル / ベシクル / 化学刺激 / 膜分子合成 / 分子シミュレーション
研究実績の概要

本基盤研究では、分子集合体(ベシクル)がプロトセルと呼ばれる最小限の生命機能を有するシステムへと発展する機構の解明を目指している。平成26年度は1)ベシクルの機能発現を化学的に制御する機構、2)ベシクルの自己生産過程のシミュレーション、3)膜分子合成系と結合したベシクルの自己生産系の開発を中心に研究を進めた。
1)ベシクルの機能発現を化学的に制御する機構:外部からの化学刺激に応答して変形、駆動、融合などの様々な生命機能に関連したダイナミクスを示すベシクル系の開発とその機構の解明を行った。特に重要なのは化学刺激により膜分子の表面張力や分子断面積が変化することにより、様々な機能を化学的に制御できることが明らかになったことである。また、そのような変形を3次元解析することにより、そのキネティクスを定量的に評価し、flip-flopの速度定数・イオン結合による分子断面積の定量化などの物理的なパラメーターの定量化も可能なことを明らかにした。
2)ベシクルの自己生産過程のシミュレーション:全原子モデルから粗視化モデルまで幅広く扱える分子動力学法を用いて、今までのモデル実験から明らかになっているシリンダー型と逆コーン型の2種類の脂質分子で構成したベシクルの自己生産過程をシミュレーションした。ベシクルが球状から棒状、ダンベル型に変形するに伴い、逆コーン型の脂質が内側に多く分布する傾向が観察された。
3)膜分子合成系と結合したベシクルの自己生産系の開発:昨年度構築した、種々の疎水鎖を持つホモ型リン脂質の合成法を利用して、本年度は、様々な化学反応の起点となり得るベンズアルデヒド部位を疎水部末端に持つリン脂質を合成することに成功した。この脂質が水中で形成するベシクルは、分散媒として純水を用いた場合不安定であったが、嵩高い置換基を有するアミンの水溶液を用いた場合は安定であった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本計画研究は、ソフトマター物理(実験とシミュレーション)および合成化学の連携により、分子集合体(ベシクル)がプロトセルと呼ばれる最小限の生命機能を有するシステムへと発展する機構の解明を目指している。計画研究全体としては、今までほとんど知られていなかった分子集合体への化学作用により、様々なダイナミクスが誘起されることが明らかになり、そのようなダイナミクスの中には生命機能と密接な関係があるベシクルの融合や成長が含まれている。また、その過程のシミュレーションによるモデル化や、その知見を利用した合成化学の立場からの分子設計など、今までのソフトマター物理にはないアプローチが発展しており、全体として計画は順調に進んでいる。各プロジェクトの達成状況は以下に示す。
1)ベシクルの機能発現を化学的に制御する機構:ベシクルの駆動、変形、融合などの基本的な機能を支配する機構がほぼ明らかになり、さらに予備的な検討によりベシクルのfeedingによる成長の可能性も視野に入ってきた。このような化学刺激によるベシクルダイナミクスの制御の道筋が見えてきたのは大きな進歩である。
2)ベシクルの自己生産過程のシミュレーション:当初からベシクルの分裂をシミュレーションで再現することは難しいことが予想されている中で、様々な問題点を順調に解決することができているため。
3)膜分子合成系と結合したベシクルの自己生産系の開発:提案書に記載した分子を合成することに成功した。また、導入した疎水部末端の置換基が、設計通り、アミン類とイミン結合が形成可能なことも確認できた。

今後の研究の推進方策

最終年度であるので、ここの研究を進めながらそれらを統合してベシクルからプロとセルへの道の一里塚を築く。最大の目標は外部からの分子供給(化学刺激)を利用して自己生産するベシクル系の開発である。今までの研究から、どのようにすれば外部の分子を膜内に取り込むことができるのか、その分子をどのように設計すればいいのか、自己生産するためには取り込まれた分子がどのように振る舞えばいいのかが見えてきた。これらの情報を統合して、自己生産するベシクル系の開発を進める。
1)ベシクルの機能発現を化学的に制御する機構:昨年度、脂肪酸ベシクルを特定のpH環境下におくと、溶液中の脂肪酸分子を吸収して(feeding)、ベシクルが成長する現象を予備的に見出した。この現象をうまく利用して分子供給系を有するベシクルの自己生産系の構築を目指す。このアプローチの中でベシクルが自己生産するための物理的条件を明確にし、シミュレーション、合成化学からのアプローチと統合してプロトセルへの道を一歩進める。
2)ベシクルの自己生産過程のシミュレーション:分子動力学シミュレーションにより、シリンダー型と逆コーン型の2種類脂質分子で構成されたベシクルの分裂過程の再現を行う。また、同時にベシクル内部にゲスト分子を配置することで、ベシクルの形状変化過程を調べる。そして、ゲスト分子によりベシクルの形状変化と分裂の関係を明らかにする予定である。
3)膜分子合成系と結合したベシクルの自己生産系の開発:合成した分子からなるベシクルにアミン類を添加した際の、形態変化を顕微鏡観察する。さらに、二分子膜内での化学反応の効率を、分光学的手法で明確にし、ベシクル形態と化学反応との関連性を調べる。これと平行して、この分子系からなる自己生産系の構築に必要な双頭極性型脂質を合成する。

  • 研究成果

    (41件)

すべて 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 5件、 謝辞記載あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (29件) (うち招待講演 7件) 図書 (2件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Shape transformations of toroidal vesicles2015

    • 著者名/発表者名
      H. Noguchi, A. Sakashita and M. Imai
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 11 ページ: 193-201

    • DOI

      10.1039/c4sm01890g

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulation for shape change of water-in-oil droplets2015

    • 著者名/発表者名
      N. Urakami, A. Kakai, M. Imai and T. Yamamoto
    • 雑誌名

      Molecular Simulation

      巻: 41 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1080/08927022.2014.931582

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] From Vesicles to Protocells: The Roles of Amphiphilic Molecules2015

    • 著者名/発表者名
      Y. Sakuma and M. Imai
    • 雑誌名

      Life

      巻: 5 ページ: 651-675

    • DOI

      10.3390/life5010651

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Morphological variation of a lipid vesicle confined in a spherical vesicle2014

    • 著者名/発表者名
      A. Sakashita, M. Imai, and H. Noguchi
    • 雑誌名

      Phys. Rev. E

      巻: 89 ページ: 040701(1-4)

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.89.040701

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Magnetic Manipulation of Nucleic Acid Base Microcrystals for DNA Sensing2014

    • 著者名/発表者名
      Y. Mizukawa, K. Suzuki, S. Yamamura, Y. Sugawara, T. Sugawara, M. Iwasaka
    • 雑誌名

      IEEE Trans. Magn.

      巻: 50 ページ: 5001904(1-4)

    • DOI

      10.1109/TMAG.2014.2328633

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 自らが増殖する人工細胞の化学構築2014

    • 著者名/発表者名
      菅原正, 鈴木健太郎
    • 雑誌名

      高分子

      巻: 63 ページ: 382-384

  • [学会発表] DNA添加によるカチオン性ベシクル表面状態の変化2015

    • 著者名/発表者名
      亀田恵介・廣石達也・鈴木健太郎・菅原正
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学、千葉
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] 紫外線応答型二重ベシクル2015

    • 著者名/発表者名
      町田巧太郎・伊藤愼弥・中島拓磨・鈴木健太郎・山口和夫・菅原正
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学、千葉
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] How Self-proliferative Vesicle-based Protocell Acquire Responsibility and Recursibility2015

    • 著者名/発表者名
      T. Sugawara, K. Kurihara, K. Suzuki, T. Toyota, M. Matsuo
    • 学会等名
      BIT's 1st Annual World Congress of Smart Material-2015
    • 発表場所
      Busan, Korea
    • 年月日
      2015-03-23 – 2015-03-25
    • 招待講演
  • [学会発表] 変形を伴うリン脂質分子集合体の自己駆動現象2015

    • 著者名/発表者名
      諸橋博昭・豊田太郎・今井正幸
    • 学会等名
      日本物理学会第70回年次大会
    • 発表場所
      早稲田大学、東京
    • 年月日
      2015-03-21 – 2015-03-24
  • [学会発表] 化学作用に対する膜の応答ダイナミクス2015

    • 著者名/発表者名
      今井正幸
    • 学会等名
      公開シンポジウム「ソフトマターを基盤とするバイオ系の構築」
    • 発表場所
      首都大学東京、東京
    • 年月日
      2015-03-19 – 2015-03-19
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子レベルの外場応答が導くマクロ集合体のモルフォロジー2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木健太郎
    • 学会等名
      第一回 ミクロとマクロをつなぐ次世代科学
    • 発表場所
      神奈川大学、神奈川
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-16
    • 招待講演
  • [学会発表] リン脂質ベシクルの化学駆動2015

    • 著者名/発表者名
      兒玉篤治, 佐久間由香, 今井正幸, 川勝年洋, Nicolas Puff, Miglena I. Angelova
    • 学会等名
      新学術領域「ゆらぎと構造の協奏」研究会「アクティブ・マター研究の過去・現在・未来」
    • 発表場所
      東北大学、仙台
    • 年月日
      2015-03-14 – 2015-03-15
  • [学会発表] リン脂質分子集合体の自己駆動現象2015

    • 著者名/発表者名
      諸橋博昭・豊田太郎・今井正幸
    • 学会等名
      新学術領域「ゆらぎと構造の協奏」研究会「アクティブ・マター研究の過去・現在・未来」
    • 発表場所
      東北大学、仙台
    • 年月日
      2015-03-14 – 2015-03-14
  • [学会発表] 分子が探る水和水の構造とダイナミクス2015

    • 著者名/発表者名
      菅原正, 鈴木健太郎
    • 学会等名
      新世代研究所主催 水和ナノ構造研究会
    • 発表場所
      新世代研究所、東京
    • 年月日
      2015-03-12 – 2015-03-12
    • 招待講演
  • [学会発表] 化学刺激に誘起される分子集合体の自己駆動2015

    • 著者名/発表者名
      諸橋博昭・豊田太郎・今井正幸
    • 学会等名
      第8回東北大学理学研究科6専攻合同シンポジウム
    • 発表場所
      東北大学、仙台
    • 年月日
      2015-02-20 – 2015-02-20
  • [学会発表] 三次元画像解析による二成分ベシクル自己生産機構の研究2015

    • 著者名/発表者名
      神保岳大, 佐久間由香, Primoz Ziherl, 今井正幸
    • 学会等名
      第4回ソフトマター研究会
    • 発表場所
      名古屋大学、名古屋
    • 年月日
      2015-01-06 – 2015-01-08
  • [学会発表] リン脂質ベシクルの化学駆動とそれに伴う変形と破裂2015

    • 著者名/発表者名
      兒玉篤治, 佐久間由香, 今井正幸, 川勝年洋, Nicolas Puff, Miglena I. Angelova
    • 学会等名
      第4回ソフトマター研究会
    • 発表場所
      名古屋大学、名古屋
    • 年月日
      2015-01-06 – 2015-01-08
  • [学会発表] 多細胞系モデルの形態変化2015

    • 著者名/発表者名
      河野拓馬, 佐久間由香, 今井正幸, Primoz Ziherl
    • 学会等名
      第4回ソフトマター研究会
    • 発表場所
      名古屋大学、名古屋
    • 年月日
      2015-01-06 – 2015-01-08
  • [学会発表] ソフトな粒子の結晶化とガラス形成におけるスローダイナミクス2015

    • 著者名/発表者名
      原田朋佳 今井正幸
    • 学会等名
      第4回ソフトマター研究会
    • 発表場所
      名古屋大学、名古屋
    • 年月日
      2015-01-06 – 2015-01-08
  • [学会発表] ベシクルの形状変化メカニズムの解析2015

    • 著者名/発表者名
      大藤義之・浦上直人・今井正幸・山本隆
    • 学会等名
      第4回ソフトマター研究会
    • 発表場所
      名古屋大学、名古屋
    • 年月日
      2015-01-06 – 2015-01-08
  • [学会発表] How could a model protocell acquire identity as life through autonomous responses towards external stimuli?2014

    • 著者名/発表者名
      T. Sugawara, K. Kurihara, M. Matsuo, T. Toyota, K. Suzuki
    • 学会等名
      4th Symposium on Artificial Life and Biomimetic Functional Materials
    • 発表場所
      University of Tokyo, Tokyo
    • 年月日
      2014-11-28 – 2014-11-28
    • 招待講演
  • [学会発表] Self-driven motion of oil droplets launched by UV irradiation2014

    • 著者名/発表者名
      K. Suzuki, N. Nakayama, T. Sugawara
    • 学会等名
      4th Symposium on Artificial Life and Biomimetic Functional Materials
    • 発表場所
      University of Tokyo, Tokyo
    • 年月日
      2014-11-28 – 2014-11-28
    • 招待講演
  • [学会発表] 散逸粒子動力学法によるベシクルの形状変化メカニズムの解析2014

    • 著者名/発表者名
      大藤義之・浦上直人・今井正幸・山本隆
    • 学会等名
      第29回中国四国地区高分子若手研究会
    • 発表場所
      サンポートホール高松、高松
    • 年月日
      2014-10-30 – 2014-10-31
  • [学会発表] 散逸粒子動力学法によるベシクルの形状変化2014

    • 著者名/発表者名
      大藤義之・浦上直人・今井正幸・山本隆
    • 学会等名
      第63回高分子討論会
    • 発表場所
      長崎大学、長崎
    • 年月日
      2014-09-24 – 2014-09-26
  • [学会発表] ケージドオレイン酸油滴に見られる特異な自発運動ダイナミクス2014

    • 著者名/発表者名
      鈴木健太郎・中山直之・菅原正
    • 学会等名
      第8回 分子科学討論会
    • 発表場所
      広島大学、東広島
    • 年月日
      2014-09-21 – 2014-09-24
  • [学会発表] 紫外線応答型ベシクルを目指した珪藻土吸着法によるリン脂質合成2014

    • 著者名/発表者名
      町田巧太郎・伊藤愼弥・中島拓磨・鈴木健太郎・菅原正
    • 学会等名
      第25回 基礎有機化学討論会
    • 発表場所
      東北大学、仙台
    • 年月日
      2014-09-07 – 2014-09-09
  • [学会発表] 分子集合体からプロトセルに向けて2014

    • 著者名/発表者名
      今井正幸
    • 学会等名
      新学術領域「ゆらぎと構造の協奏」第2回領域研究会
    • 発表場所
      北海道大学、札幌
    • 年月日
      2014-08-29 – 2014-08-31
  • [学会発表] ベシクルの自己生産の三次元画像解析2014

    • 著者名/発表者名
      神保岳大, 佐久間由香, Primoz Ziherl, 今井正幸
    • 学会等名
      新学術領域「ゆらぎと構造の協奏」第2回領域研究会
    • 発表場所
      北海道大学、札幌
    • 年月日
      2014-08-29 – 2014-08-31
  • [学会発表] 化学刺激に対するイオン性リン脂質の振る舞い2014

    • 著者名/発表者名
      兒玉篤治, 佐久間由香, 今井正幸, 川勝年洋
    • 学会等名
      新学術領域「ゆらぎと構造の協奏」第2回領域研究会
    • 発表場所
      北海道大学、札幌
    • 年月日
      2014-08-29 – 2014-08-31
  • [学会発表] Physical background of self-reproduction of vesicles2014

    • 著者名/発表者名
      T. Jimbo, Y. Sakuma, P. Ziherl, and M. Imai
    • 学会等名
      Open Questions on the Origin of Life 2014
    • 発表場所
      International Institute for Advanced Studies, Kyoto
    • 年月日
      2014-07-12 – 2014-07-13
  • [学会発表] How Prebiotic Materials Collaborate in a Vesicle-based Protocell2014

    • 著者名/発表者名
      T. Sugawara, M. Matsuo, K. Kurihara, T. Toyota, K. Suzuki
    • 学会等名
      OQOL2014, Open Questions on the Origin of Life 2014
    • 発表場所
      International Institute for Advanced Studies, Kyoto
    • 年月日
      2014-07-12 – 2014-07-13
  • [学会発表] Constructive Approach towards a Vesicle-based Protcell2014

    • 著者名/発表者名
      T. Sugawara, M. Matsuo, K. Kurihara, T. Toyota, K. Suzuki
    • 学会等名
      Origins2014, 2nd ISSOL – The International Astrobiology Society and Bioastronomy (IAU C51) Joint International Conference
    • 発表場所
      Nara-ken New Public Hall, Nara
    • 年月日
      2014-07-06 – 2014-07-11
  • [学会発表] 散逸粒子動力学シミュレーションによるベシクルの形状変化メカニズム2014

    • 著者名/発表者名
      大藤義之・浦上直人・今井正幸・山本隆
    • 学会等名
      第63回高分子学会年次大会
    • 発表場所
      名古屋大学、名古屋
    • 年月日
      2014-05-28 – 2014-05-30
  • [学会発表] ベシクルからプロトセルへのアプローチ2014

    • 著者名/発表者名
      佐久間由香・今井正幸
    • 学会等名
      日本膜学会第36回年会
    • 発表場所
      早稲田大学、東京
    • 年月日
      2014-05-12 – 2014-05-13
    • 招待講演
  • [図書] Biomembrane as a Soft Matter2015

    • 著者名/発表者名
      Yuka Sakuma and Masayuki Imai
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      Springer-Verlag
  • [図書] 生体膜の分子機構 -リピッドワールドが先導する生命科学2014

    • 著者名/発表者名
      佐久間由香、今井正幸
    • 総ページ数
      34
    • 出版者
      化学同人
  • [備考] 東北大学理学研究科物理学専攻ソフトマター・生物物理研究室

    • URL

      http://www.bio.phys.tohoku.ac.jp/

  • [備考] 山口大学理工学研究科生体分子シミュレーション研究室

    • URL

      http://mms.sci.yamaguchi-u.ac.jp/~urakami/index.html

  • [備考] 神流川大学理学部化学科菅原研究室

    • URL

      http://www.chem.kanagawa-u.ac.jp/~sugawara/

  • [備考] 化学者 鈴木健太郎のページ

    • URL

      http://suzukiscientia.web.fc2.com

URL: 

公開日: 2016-06-01  

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