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2013 年度 実績報告書

レオウイルスの感染・増殖機構の理解を目指した原子構造と分子間ネットワークの解明

研究課題

研究課題/領域番号 25251009
研究種目

基盤研究(A)

研究機関大阪大学

研究代表者

中川 敦史  大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (20188890)

研究分担者 岩崎 憲治  大阪大学, たんぱく質研究所, 准教授 (20342751)
一木 珠樹  独立行政法人農業生物資源研究所, その他部局等, 研究員 (70355501)
宮崎 直幸  生理学研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 研究員 (00634677)
研究期間 (年度) 2013-05-31 – 2016-03-31
キーワードウイルスの細胞内動態 / 分子認識および相互作用 / クライオ電子顕微鏡 / 電子顕微鏡トモグラフィー / X線結晶構造解析
研究概要

平成25年度は以下の研究を行った.
1.ウイルス粒子の構造解析 P2 蛋白質を有したRDV 粒子については,結晶化条件の検討を進めたが結晶を得ることはできていない.一方,クライオ電子顕微鏡を用いた単粒子解析による低分解能構造解析により,5回軸周りにP2蛋白質と思われる構造を観察することができた.この構造はP2蛋白質のおよそ半分の体積を持つと考えられる.このことと,単独で発現させたP2蛋白質の電子顕微鏡による観察でP2がほぼ中央付近で大きく折れ曲がる構造を示すことから,P2がウイルス表面に柔軟な突起構造を作り,昆虫の細胞と相互作用するモデルが考えられる.この成果は現在論文としてまとめている.RGDV 粒子に関しては,大量調製の条件検討を進めたが,構造解析に十分は収量は得られていない.
2.ウイルス各蛋白質の大量調製及び構造解析 RDVのバイロプラズマ構成蛋白質Pns12の結晶構造解析を,セレノメチオニン置換体を利用した多波長異常分散法や重原子同形置換法により進めたが,現時点で位相問題の解決に至っていない.重原子同形置換体のスクリーニングと平行して,電子顕微鏡による低分解能構造を基にした分子置換法を適用するために,電子顕微鏡観察を行った.現在2次元平均構造の取得を進めており,その後に3次元モデル構築と分子置換法を行う予定である.それ以外のウイルス蛋白質についても,平行して発現系の構築を進めている.
3.ウイルスの細胞内動態の解析 クライオ電子顕微鏡トモグラフィーによりウイルスを感染させた細胞の観察を行い,昆虫細胞および植物細胞内での局在および感染過程の観察に成功し,論文に報告した.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

クライオ電子顕微鏡トモグラフィーによる感染細胞観察が順調に進展し,成果をあげることができた.H26年度以降,さらに時間軸を加えた解析を進めることで,当初計画の達成を目指す.一方,P2を保持したウイルス粒子の結晶化に難航しているが,クライオ電子顕微鏡を用いることで構造情報を得ることができた. P2を欠損したウイルス粒子については1つの結晶から4A以上の分解能のフルデータセットの収集に成功した.2.7A以上の分解能の回折像は得られているので,より大きな結晶が得られれば,高分解能データ収集は可能と考えている.今後電子顕微鏡による高分解能構造解析も視野に入れて,計画の遂行を目指す.RDV由来のPns12蛋白質のネイティブデータ収集は終了し,構造解析を進めている.以上の理由により,「おおむね順調に進展している」とした.

今後の研究の推進方策

今年度より新たな研究員および学生2名をプロジェクトに加え,Pns12,P7のX線結晶構造解析を中心に,ウイルス蛋白質の構造解析を加速させる.電子顕微鏡に関しては,時間軸を加えた解析を積極的に進める.P2を保持したウイルス粒子についてはクライオ電子顕微鏡を用いた解析とともに,P2単体の構造解析を進め,その結果と合わせることで.全体像の解明を目ざす.P2を欠損したウイルス粒子については,高分解能データ収集を目指してより大きな結晶の作製を進めるとともに,高分解能データが得られるデータ処理法を検討する.

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (9件) (うち招待講演 5件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Cryo-electron tomography: moving towards revealing the viral life cycle of Rice dwarf virus2013

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Miyazaki, Fusamichi Akita, Atsushi Nakagawa, Kazuyoshi Murata, Toshihiro Omura, Kenji Iwasaki
    • 雑誌名

      Journal of Synchrotron Radiation

      巻: 20 ページ: 826-828

    • DOI

      10.1107/S090904951302219X

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Life cycle of phytoreoviruses visualized by electron microscopy and tomography2013

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Miyazaki, Atsushi Nakagawa, Kenji Iwasaki
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 4 (306) ページ: 1-9

    • DOI

      10.3389/fmicb.2013.00306

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detection and diagnosis of rice-infecting viruses2013

    • 著者名/発表者名
      Tamaki Uehara-Ichiki, Takuya Shiba, Keiichiro Matsukura,Takanori Ueno, Masahiro Hirae, Takahide Sasaya
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 4 (289) ページ: 1-7

    • DOI

      10.3389/fmicb.2013.00289

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 電子直接検出カメラ(direct electron detector)のTEMへの応用2013

    • 著者名/発表者名
      宮崎直幸,村田和義
    • 雑誌名

      顕微鏡

      巻: 48 ページ: 57-60

    • 査読あり
  • [学会発表] X線自由電子レーザーを利用した球殻構造体の単粒子解析への取り組み2014

    • 著者名/発表者名
      日比真仁,竹田一旗,富崎友理子,花園祐矢,高場圭章,東浦彰史,村上満理奈,岩崎憲治,山下栄樹,中川敦史,三木邦夫
    • 学会等名
      第27回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      広島国際会議場,広島
    • 年月日
      20140111-20140113
  • [学会発表] Coherent Diffraction Imaging for Structure Determination of Spherical Biological Particles2013

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Nakagawa, Akifumi Higashiura, Kenji Iwasaki Marina Murakami, Eiki Yamashita, Kazuki Takeda, Yu Hirano, Yuya Hanazono, Kiyofumi Takaba Masahito Hibi, Yuriko Tomisaki, Kunio Miki
    • 学会等名
      The 12th Conference of the Asian Crystallographic Association
    • 発表場所
      Hong Kong University of Science and Technology, Hong Kong
    • 年月日
      20131207-20131210
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子線トモグラフィーによるウイルスの細胞内ナノ分解能観察2013

    • 著者名/発表者名
      宮崎直幸,大村敏博,村田和義,岩崎憲治
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会・関西支部 「若手の会」設立記念講演会
    • 発表場所
      KKRホテルびわこ,大津,滋賀
    • 年月日
      20131207-20131208
    • 招待講演
  • [学会発表] X線自由電子レーザーを利用した球状生体超分子複合体のコヒーレントX線イメージングへの取り組み2013

    • 著者名/発表者名
      東浦彰史,村上満理奈,岩崎憲治,山下栄樹,花園祐矢,高場圭章,日比真仁,富崎 Yuriko TOMISAKI, Kunio MIKI, Atsushi NAKAGAWA
    • 学会等名
      日本生物物理学会第51回年会
    • 発表場所
      京都国際会館,京都
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] X線自由電子レーザーを用いた球状生体超分子複合体の単粒子構造解析への取り組み2013

    • 著者名/発表者名
      東浦彰史,村上満理奈,岩崎憲治,山下栄樹,竹田一樹,花園祐矢,高場圭章,日比真仁,富崎友理子,三木邦夫,中川敦史
    • 学会等名
      平成25年度日本結晶学会年会
    • 発表場所
      熊本大学,熊本
    • 年月日
      20131012-20131013
  • [学会発表] Coherent Diffraction Imaging for Spherical Biological Particles2013

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Nakagawa
    • 学会等名
      The 28th European Crystallography Meeting
    • 発表場所
      Warick University, Coventry, UK
    • 年月日
      20130825-20130829
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of X-ray single particle analysis technique for structure determination of biological macromolecular assemblies using spherical particle2013

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Nakagawa, Akifumi Higashiura, Kenji Iwasaki, Marina Murakami, Eiki Yamashita, Kazuki Takeda, Yu Hirano, Yuya Hanazono, Kiyofumi Takaba, Masahito Hibi, Yurio Tomizaki, Kunio Miki
    • 学会等名
      International Conference on Structural Genomics 2013 - Structural Life Science
    • 発表場所
      Keio Plaza Hotel Sapporo, Sapporo
    • 年月日
      20130729-20130801
  • [学会発表] 構造生物学と放射光2013

    • 著者名/発表者名
      中川敦史
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館,鳥取
    • 年月日
      20130612-20130614
    • 招待講演
  • [学会発表] Structure determination of biological macromolecules using synchrotron radiation and X-ray free electron laser

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Nakagawa
    • 学会等名
      International Symposium on New Drug Discoveryand Developmen
    • 発表場所
      Chungbuk University, Cheongju, Korea
    • 招待講演
  • [図書] 製品中に含まれる(超)微量成分・不純物の同定・定量ノウハウ -試料前処理からデータ解釈まで- 第8章 菌・ウイルスの検出、同定 第6節 電子線トモグラフィーによるウイルスのナノ構造解析2014

    • 著者名/発表者名
      宮崎直幸,岩崎憲治
    • 総ページ数
      818
    • 出版者
      技術情報協会

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公開日: 2015-05-28  

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